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9y81

Crystal structure of Glutamate-tRNA synthetase GluRS from Chlamydia pneumoniae

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 139.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate--tRNA ligase

Chlamydia pneumoniae

UniProt Q9Z7Z3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–505 链 B； UniProt 1–505 未记录 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；JCSG+ H7: 0.20 M ammonium sulfate, 0.10 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG 3350. ChpnA.01348.a.UX11.PS38780 at 9.1 mg/mL. plate 20178 H7 d2, Puck: PSL-1705, Cryo: 20% ethylene glycol + 80% crystallant 分辨率 2.08 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9Y81 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9Z2X Crystal structure of Glutamate-tRNA synthetase GluRS from Chlamydia pneumoniae (Orthorhombic C form) 提交 2025-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–505（505 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；0.1M NaCH3COO/CH3COOH pH 5.0, 2% PEG 4000, 15% MPD. ChpnA.01348.a.UX11.PS38780 at 8 mg/mL. 2 mM ATP added to the protein prior to crystallization. plate 20340 E8 drop 1, Puck: PSL-1216, Cryo: 25% MPD + 75% crystallant
分辨率 2.75 Å R-free 0.265
9Z2Y Crystal structure of Glutamate-tRNA synthetase GluRS from Chlamydia pneumoniae in complex with ATP 提交 2025-11-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–505（505 aa）
链 B 1–505（505 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；JCSG+ H7: 0.20 M ammonium sulfate, 0.10 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG 3350. ChpnA.01348.a.UX11.PS38780 at 8 mg/mL. 2 mM ATP added to the protein prior to crystallization. ATP only bound in one subunit. plate 20308 F10 drop2, Puck: PSL-0302, Cryo: 33% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.65 Å R-free 0.264
9Z2Z Crystal structure of Glutamate-tRNA synthetase GluRS from Chlamydia pneumoniae in complex with O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE 提交 2025-11-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–505（505 aa）
链 B 1–505（505 aa）
未记录 GSU O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Proplex F1: 0.1M HEPES pH 7.0, 20% PEG 8000. ChpnA.01348.a.UX11.PS38780 at 8 mg/mL. 2 mM GSU added to the protein prior to crystallization. 20179 F1 drop 1, Puck: PSL-0609, Cryo: 20% glycerol + 80% crystallant
分辨率 2.80 Å R-free 0.254

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYE_CHLPN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 22–526； UniProt 1–505 作者链 B； PDB构建体 22–526； UniProt 1–505

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9y81

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9y81
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9y81
沉积日期 deposition_date2025-09-11
最后修订 last_revision2025-09-24
结构标题 titleCrystal structure of Glutamate-tRNA synthetase GluRS from Chlamydia pneumoniae
关键词 keywordsSSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.88 Å
零角强度 I(0) i0178246000.00
分子量 molecular_weight111300.0 kDa
排除体积 excluded_volume140430 ų
包络体积 envelope_volume190320 ų
水化壳体积 shell_volume42421 ų
包络直径 envelope_diameter148.2 Å
壳层 Rg shell_rg41.80 Å
包络 Rg envelope_rg40.43 Å
形状 Rg shape_rg39.85 Å
总 Rg total_rg40.10 Å
总原子数 total_atoms7835
残基数 n_residues962
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.2 Å
Rg (实空间) rg_real40.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal178200000.0000
解质量估计 total_estimate0.5696
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.3 Å
偏度 Skewness skewness0.578
峰度 Kurtosis kurtosis-0.271
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20800000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.701; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.699; Smooth: 0.561
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)