9y8p

Cryo-EM structure of Thermotoga maritima encapsulin shell

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 249.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–265 链 AA； UniProt 1–265 链 AB； UniProt 1–265 链 B； UniProt 1–265 链 BA； UniProt 1–265 链 BB； UniProt 1–265 链 C； UniProt 1–265 链 CA； UniProt 1–265 链 CB； UniProt 1–265 链 D； UniProt 1–265 链 DA； UniProt 1–265 链 DB； UniProt 1–265 链 E； UniProt 1–265 链 EA； UniProt 1–265 链 EB； UniProt 1–265 链 F； UniProt 1–265 链 FA； UniProt 1–265 链 FB； UniProt 1–265 链 G； UniProt 1–265 链 GA； UniProt 1–265 链 GB； UniProt 1–265 链 H； UniProt 1–265 链 HA； UniProt 1–265 链 HB； UniProt 1–265 链 I； UniProt 1–265 链 IA； UniProt 1–265 链 J； UniProt 1–265 链 JA； UniProt 1–265 链 K； UniProt 1–265 链 KA； UniProt 1–265 链 L； UniProt 1–265 链 LA； UniProt 1–265 链 M； UniProt 1–265 链 MA； UniProt 1–265 链 N； UniProt 1–265 链 NA； UniProt 1–265 链 O； UniProt 1–265 链 OA； UniProt 1–265 链 P； UniProt 1–265 链 PA； UniProt 1–265 链 Q； UniProt 1–265 链 QA； UniProt 1–265 链 R； UniProt 1–265 链 RA； UniProt 1–265 链 S； UniProt 1–265 链 SA； UniProt 1–265 链 T； UniProt 1–265 链 TA； UniProt 1–265 链 U； UniProt 1–265 链 UA； UniProt 1–265 链 V； UniProt 1–265 链 VA； UniProt 1–265 链 W； UniProt 1–265 链 WA； UniProt 1–265 链 X； UniProt 1–265 链 XA； UniProt 1–265 链 Y； UniProt 1–265 链 YA； UniProt 1–265 链 Z； UniProt 1–265 链 ZA； UniProt 1–265	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y8P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DKT Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin 提交 2008-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric	链 A 1–265（265 aa）链 B 1–265（265 aa）链 C 1–265（265 aa）链 D 1–265（265 aa）链 E 1–265（265 aa）链 F 1–265（265 aa）链 G 1–265（265 aa）链 H 1–265（265 aa）链 I 1–265（265 aa）链 J 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；0.1M citrate, 21.5% MPD (v/v), 0.25M ammonium acetate, pH5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.239
6WKV Cryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Thermotoga maritima (TmE) 提交 2020-04-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 0 1–265（265 aa）链 1 1–265（265 aa）链 2 1–265（265 aa）链 3 1–265（265 aa）链 4 1–265（265 aa）链 5 1–265（265 aa）链 6 1–265（265 aa）链 7 1–265（265 aa）链 8 1–265（265 aa）链 9 1–265（265 aa）链 A 1–265（265 aa）链 B 1–265（265 aa）链 C 1–265（265 aa）链 D 1–265（265 aa）链 E 1–265（265 aa）链 F 1–265（265 aa）链 G 1–265（265 aa）链 H 1–265（265 aa）链 I 1–265（265 aa）链 J 1–265（265 aa）链 K 1–265（265 aa）链 L 1–265（265 aa）链 M 1–265（265 aa）链 N 1–265（265 aa）链 O 1–265（265 aa）链 P 1–265（265 aa）链 Q 1–265（265 aa）链 R 1–265（265 aa）链 S 1–265（265 aa）链 T 1–265（265 aa）链 U 1–265（265 aa）链 V 1–265（265 aa）链 W 1–265（265 aa）链 X 1–265（265 aa）链 Y 1–265（265 aa）链 Z 1–265（265 aa）链 a 1–265（265 aa）链 b 1–265（265 aa）链 c 1–265（265 aa）链 d 1–265（265 aa）链 e 1–265（265 aa）链 f 1–265（265 aa）链 g 1–265（265 aa）链 h 1–265（265 aa）链 i 1–265（265 aa）链 j 1–265（265 aa）链 k 1–265（265 aa）链 l 1–265（265 aa）链 m 1–265（265 aa）链 n 1–265（265 aa）链 o 1–265（265 aa）链 p 1–265（265 aa）链 q 1–265（265 aa）链 r 1–265（265 aa）链 s 1–265（265 aa）链 t 1–265（265 aa）链 u 1–265（265 aa）链 v 1–265（265 aa）链 w 1–265（265 aa）链 x 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENCAP_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 AA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 AB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 BA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 BB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 CA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 CB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 D； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 DA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 DB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 E； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 EA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 EB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 F； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 FA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 FB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 G； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 GA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 GB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 H； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 HA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 HB； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 I； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 IA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 J； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 JA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 K； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 KA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 L； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 LA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 M； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 MA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 N； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 NA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 O； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 OA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 P； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 PA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 Q； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 QA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 R； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 RA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 S； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 SA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 T； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 TA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 U； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 UA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 V； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 VA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 W； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 WA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 X； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 XA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 Y； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 YA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 Z； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 ZA； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y8p
沉积日期 deposition_date	2025-09-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of Thermotoga maritima encapsulin shell
关键词 keywords	ENCAPSULIN SHELL, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	105.50 Å
零角强度 I(0) i0	42521000000.00
分子量 molecular_weight	1827900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2313700 Å³
包络体积 envelope_volume	6210100 Å³
水化壳体积 shell_volume	501530 Å³
包络直径 envelope_diameter	248.9 Å
壳层 Rg shell_rg	116.50 Å
包络 Rg envelope_rg	88.89 Å
形状 Rg shape_rg	105.50 Å
总 Rg total_rg	105.70 Å
总原子数 total_atoms	129180
残基数 n_residues	15900
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	249.0 Å
Rg (实空间) rg_real	106.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2560e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3590e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	115.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43910000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8600
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	182.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.608
角度范围 angular_range	— – 0.0750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.2500
最高正则化参数 α highest_alpha	8184000000000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	16
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 0.973; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	46110

描述 description	Type 1 encapsulin shell protein
分子量 formula_weight	30516.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	60

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;U,A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB ;
原子数 atom_count	129180

Cryo-EM structure of Thermotoga maritima encapsulin shell

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/y8/9y8p/9y8p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y8/9y8p/9y8p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y8/9y8p/9y8p.dat