SAXSdb — 9ybn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–3945	未记录	;RNA (5'-R(PUPCPUPCPAPAPAPGPAPAPAPUPAPCPUPUPGPCPGPGPCPAPCPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(CPGPUPGPCPCPGPCPCPAPCPUPAPUPAPUPCPUPUPUPGPAPGPA)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YBN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PHU OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus 提交 2010-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）片段：UNP residues 1-217	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.9M NaFormate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3PHU OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus 提交 2010-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–217（217 aa）片段：UNP residues 1-217	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.9M NaFormate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3PHW OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.27 M sodium phosphate dihydrogen, 1.53 M di-potassium phosphate hydrogen, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.278
3PHW OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.27 M sodium phosphate dihydrogen, 1.53 M di-potassium phosphate hydrogen, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.278
3PHW OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.27 M sodium phosphate dihydrogen, 1.53 M di-potassium phosphate hydrogen, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.278
3PHW OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.27 M sodium phosphate dihydrogen, 1.53 M di-potassium phosphate hydrogen, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.278
3PHX OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with ISG15 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	ZN ZINC ION × 12 ACY ACETIC ACID × 2 NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG8K, 0.2M zinc acetate, 0.1M MES sodium salt, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.192
3PHX OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with ISG15 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	ZN ZINC ION × 12 ACY ACETIC ACID × 2 NEH ETHANAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG8K, 0.2M zinc acetate, 0.1M MES sodium salt, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.192
3PRM Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–170（170 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-26% PEG 8000, 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3PRM Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–170（170 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-26% PEG 8000, 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3PRP Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–170（170 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
3PRP Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–170（170 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
3ZNH Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus OTU domain in complex with ubiquitin-propargyl. 提交 2013-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）片段：OTU DOMAIN, RESIDUES 1-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% PEG 8000, 100 MM NA CACODYLATE PH 6.5, 100 MM MG ACETATE, AND 2% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOSIDE.	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
5V5G OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.4 提交 2017-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M sodium chloride and Silver Bullet formulation #G1 (0.16% (w/v) each of 5-Sulfosalicylic acid dehydrate, dodecanedioic acid, hippuric acid, mellitic acid, oxalacetic acid, suberic acid and 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)	分辨率 2.10 Å R-free 0.229
5V5G OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.4 提交 2017-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–183（183 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M sodium chloride and Silver Bullet formulation #G1 (0.16% (w/v) each of 5-Sulfosalicylic acid dehydrate, dodecanedioic acid, hippuric acid, mellitic acid, oxalacetic acid, suberic acid and 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)	分辨率 2.10 Å R-free 0.229
5V5H OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.2 提交 2017-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–169（169 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；30% (w/v) PEG 4000, 0.2 M CaCl2 and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.178
5V5I OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.1 提交 2017-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–169（169 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；30% (w/v) PEG6000, 1.0M lithium chloride and 0.1M sodium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
5V5I OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.1 提交 2017-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–169（169 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；30% (w/v) PEG6000, 1.0M lithium chloride and 0.1M sodium acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
9XD4 Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9XD5 Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase in complex with the 5' vRNA 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å
9XD6 Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase in complex with the 3' vRNA 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
9XE6 Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase containing a 10-bp RNA product and incorporated 2FC 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	2KH 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9XE7 Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase containing a 10-bp RNA product and incorporated cytidine 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	2KH 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
9XE9 Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase containing a 15-bp RNA product 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4 2KH 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9XEC Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA polymerase containing a 9-bp RNA product 提交 2025-10-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4 2KH 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9YBM 2.62A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state) 提交 2025-09-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–3945（3945 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å

共 17 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L_CCHFI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–3945； UniProt 1–3945

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ybn
沉积日期 deposition_date	2025-09-17
结构标题 title	2.53A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (RNA bound)
关键词 keywords	;Crimean-Congo hemorrhagic fever virus, L protein, RNA-dependent RNA polymerase, PA-like, PB1-like, PB2-like, viral replication, RNA, VIRAL PROTEIN, TRANSFERASE, TRANSFERASE-RNA complex ;; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.50 Å
零角强度 I(0) i0	618469000.00
分子量 molecular_weight	199640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	248730 Å³
包络体积 envelope_volume	328840 Å³
水化壳体积 shell_volume	69345 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.42 Å
包络 Rg envelope_rg	37.05 Å
形状 Rg shape_rg	37.49 Å
总 Rg total_rg	38.05 Å
总原子数 total_atoms	13959
残基数 n_residues	1715
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	618600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9005
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.073
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	123100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.919

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase L
分子量 formula_weight	448527.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-,3.1.-.-,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13959

MDFLRSLDWTQVIAGQYVSNPRFNISDYFEIVRQPGDGNCFYHSIAELTMPNKTDHSYHYIKRLTESAARKYYQEEPEARLVGLSLEDYLKRMLSDNEWGSTLEASMLAKEMGITIIIWTVAASDEVEAGIKFGDGDVFTAVNLLHSGQTHFDALRILPQFETDTREALSLMDRVIAVDQLTSSSSDELQDYEDLALALTSAEESNRRSSLDEVTLSKKQAEILRQKASQLSKLVNKSQNIPTRVGRVLDCMFNCKLCVEISADTLILRPESKEKIGEIMSLRQLGHKLLTRDKQIKQEFSRMKLYVTKDLLDHLDVGGLLRAAFPGTGIERHMQLLHSEMILDICTVSLGVMLSTFLYGSNNKNKKKFITNCLLSTALSGKKVYKVLGNLGNELLYKAPRKALATVCSALFGKQINKLQNCFRTISPVSLLALRNLDFDCLSVQDYNGMIENMSKLDNTDVEFNHREIADLNQLTSRLITLRKEKDTDLLKQWFPESDLTRRSIRNAANAEEFVISEFFKKKDIMKFISTSGRAMSAGKIGNVLSYAHNLYLSKSSLNMTSEDISQLLIEIKRLYALQEDSEVEPIAIICDGIESNMKQLFAILPPDCARECEVLFDDIRNSPTHSTAWKHALRLKGTAYEGLFANCYGWQYIPEDIKPSLTMLIQTLFPDKFEDFLDRTQLHPEFRDLTPDFSLTQKVHFKRNQIPSVENVQISIDATLPESVEAVPVTERKMFPLPETPLSEVHSIERIMENFTRLMHGGRLSTKKRDGDPAEQGNQQSITEHESSSISAFKDYGERGIVEENHMKFSGEDQLETRQLLLVEVGFQTDIDGKIRTDHKKWKDILKLLELLGIKCSFIACADCSSTPPDRWWITEDRVRVLKNSVSFLFNKLSRNSPTEVTDIVVGAISTQKVRSYLKAGTATKTPVSTKDVLETWEKMKEHILNRPTGLTLPTSLEQAMRKGLVEGVVISKEGSESCINMLKENLDRITDEFERTKFKHELTQNITTSEKMLLSWLSEDIKSSRCGECLSNIKKAVDETANLSEKIELLAYNLQLTNHCSNCHPNGVNISNTSNVCKRCPKIEVVSHCENKGFEDSNECLTDLDRLVRLTLPGKTEKERRVKRNVEYLIKLMMSMSGIDCIKYPTGQLITHGRVSAKHNDGNLKDRSDDDQRLAEKIDTVRKELSESKLKDYSTYARGVISNSLKNLSRQGKSKCSVPRSWLEKVLFDLKVPTKDEEVLINIRNSLKARSEFVRNNDKLLIRSKEELKKCFDVQSFKLKKNKQPVPFQVDCILFKEVAAECMKRYIGTPYEGIVDTLVSLINVLTRFTWFQEVVLYGKICETFLRCCTEFNRSGVKLVKIRHCNINLSVKLPSNKKENMLCCLYSGNMELLQGPFYLNRRQAVLGSSYLYIVITLYIQVLQQYRCLEVINSVSEKTLQDIENHSMTLLEDSFREITFALEGRFEESYKIRTSRCRASGNFLNRSSRDHFISVVSGLNLVYGFLIKDNLLANSQQQNKQLQMLRFGMLAGLSRLVCPNELGKKFSTSCRRIEDNIARLYLQTSIYCSVRDVEDNVKHWKQRDLCPEVTIPCFTVYGTFVNSDRQLIFDIYNVHIYNKEMDNFDEGCISVLEETAERHMLWELDLMNSLCSDEKKDTRTARLLLGCPNVRKAANREGKKLLKLNSDTSTDTQSIASEVSDRRSYSSSKSRIRSIFGRYNSQKKPFELRSGLEVFNDPFNDYQQAITDICQFSEYTPNKESILKDCLQIIRKNPSHTMGSFELIQAISEFGMSKFPPENIDKARRDPKNWVSISEVTETTSIVASPRTHMMLKDCFKIILGTENKKIVKMLRGKLKKLGAISTNIEIGKRDCLDLLSTVDGLTDQQKENIVNGIFEPSKLSFYHWKELVKKNIDEVLLTEDGNLIFCWLKTISSSVKGSLKKRLKFMNIHSPELMPENCLFSSEEFNELIKLKKLLLNEQQDEQELKQDLLISSWIKCITACKDFASINDKIQKFIYHLSEELYDIRLQHLELSKLKQEHPSVSFTKEEVLIKRLEKNFLKQHNLEIMETVNLVFFAALSAPWCLHYKALESYLVRHPEILDCGSKEDCKLTLLDLSVSKLLVCLYQKDDEELINSSSLKLGFLVKYVVTLFTSNGEPFSLSLNDGGLDLDLHKTTDEKLLHQTKIVFAKIGLSGNSYDFIWTTQMIANSNFNVCKRLTGRSTGERLPRSVRSKVIYEMVKLVGETGMAILQQLAFAQALNYEHRFYAVLAPKAQLGGARDLLVQETGTKVMHATTEMFSRNLLKTTSDDGLTNPHLKETILNVGLDCLANMRNLDGKPISEGSNLVNFYKVICISGDNTKWGPIHCCSFFSGMMQQVLKNVPDWCSFYKLTFIKNLCRQVEIPAGSIKKILNVLRYRLCSKGGVEQHSEEDLRRLLTDNLDSWDGNDTVKFLVTTYISKGLMALNSYNHMGQGIHHATSSVLTSLAAVLFEELAIFYLKRSLPQTTVHVEHAGSSDDYAKCIVVTGILSKELYSQYDETFWKHACRLKNFTAAVQRCCQMKDSAKTLVSDCFLEFYSEFMMGYRVTPAVIKFMFTGLINSSVTSPQSLMQACQVSSQQAMYNSVPLVTNTAFTLLRQQIFFNHVEDFIRRYGILTLGTLSPFGRLFVPTYSGLVSSAVALEDAEVIARAAQTLQMNSVSIQSSSLTTLDSLGRSRTSSTAEDSSSVSDTTAASHDSGSSSSSFSFELNRPLSETELQFIKALSSLKSTQACEVIQNRITGLYCNSNEGPLDRHNVIYSSRMADSCDWLKDGKRRGNLELANRIQSVLCILIAGYYRSFGGEGTEKQVKASLNRDDNKIIEDPMIQLIPEKLRRELERLGVSRMEVDELMPSISPDDTLAQLVAKKLISLNVSTEEYSAEVSRLKQTLTARNVLHGLAGGIKELSLPIYTIFMKSYFFKDNVFLSLTDRWSTKHSTNYRDSCGKQLKGRIITKYTHWLDTFLGCSVSINRHTTVKEPSLFNPNIRCVNLITFEDGLRELSVIQSHLKVFENEFTNLNLQFSDPNRQKLRIVESRPAESELEANRAVIVKTKLFSATEQVRLSNNPAVVMGYLLDESAISEVKPTKVDFSNLLKDRFKIMQFFPSVFTLIKMLTDESSDSEKSGLSPDLQQVARYSNHLTLLSRMIQQAKPTVTVFYMLKGNLMNTEPTVAELVSYGIKEGRFFRLSDTGVDASTYSVKYWKILHCISAIGCLPLSQADKSSLLMSFLNWRVNMDIRTSDCPLSSHEASILSEFDGQVIANILASELSSVKRDSEREGLTDLLDYLNSPTELLKKKPYLGTTCKFNTWGDSNRSGKFTYSSRSGESIGIFIAGKLHIHLSSESVALLCETERQVLSWMSKRRTEVITKEQHQLFLSLLPQSHECLQKHKDGSALSVIPDSSNPRLLKFVPLKKGLAVVKIKKQILTVKKQVVFDAESEPRLQWGHGCLSIVYDETDTQTTYHENLLKVKHLVDCSTDRKKLLPQSVFSDSKVVLSRIKFKTELLLNSLTLLHCFLKHAPSDAIMEVESKSSLLHKYLKSGGVRQRNTEVLFREKLNKVVIKDNLEQGVEEEIEFCNNLTKTVSENPLPLSCWSEVQNYIEDIGFNNVLVNIDRNTVKSELLWKFTLDTNVSTTSTIKDVRTLVSYVSTETIPKFLLAFLLYEEVLMNLINQCKAVKELINSTGLSDLELESLLTLCAFYFQSECSKRDGPRCSFAALLSLIHEDWQRIGKNILVRANNELGDVSLKVNIVLVPLKDMSKPKSERVVMARRSLNHALSLMFLDEMSLPELKSLSVNCKMGNFEGQECFEFTILKDNSARLDYNKLIDHCVDMEKKREAVRAVEDLILMLTGRAVKPSAVTQFVHGDEQCQEQISLDDLMANDTVTDFPDREAEALKTGNLGFNWDSD

来源 Source

来源生物 organism	Crimean-Congo hemorrhagic fever virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652961
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPCPUPCPAPAPAPGPAPAPAPUPAPCPUPUPGPCPGPGPCPAPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	7676.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

UCUCAAAGAAAUACUUGCGGCACG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(CPGPUPGPCPCPGPCPCPAPCPUPAPUPAPUPCPUPUPUPGPAPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	7606.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGUGCCGCCACUAUAUCUUUGAGA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	494353

fit	/app/data/saxs_computation/yb/9ybn/9ybn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yb/9ybn/9ybn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yb/9ybn/9ybn.dat

2.53A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (RNA bound)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)