SAXSdb — 9yc6

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urokinase plasminogen activator surface receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 23–305	突变：H47C, N259C	Anti-uPAR antibody FL1 Fab light chain × 1 Anti-uPAR antibody FL1 Fab heavy chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YC6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 23–297（275 aa）片段：residues 23-297	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 23–297（275 aa）片段：residues 23-297	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 23–299（277 aa）片段：UPAR, residues 23-299	突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–299（277 aa）片段：UPAR, residues 23-299	突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 23–299（277 aa）片段：UPAR, residues 23-299	突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 23–299（277 aa）片段：UPAR, residues 23-299	突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
3BT1 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 23–303（281 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；12% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 23–303（281 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 23–303（281 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3U73 Crystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF 提交 2011-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 23–305（283 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH7.4, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K	分辨率 3.19 Å R-free 0.258
3U74 Crystal structure of stabilized human uPAR mutant 提交 2011-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 U 23–305（283 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 2% (w/v) PEG400, 2 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K	分辨率 2.39 Å R-free 0.252
4K24 Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR 提交 2013-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 23–303（281 aa）片段：UNP residues 23-303	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K	分辨率 4.50 Å R-free 0.275
4QTI Crystal structure of human uPAR in complex with anti-uPAR Fab 8B12 提交 2014-07-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 23–305（283 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；48% MPD, 100mM Tris, 100mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
7E17 Structure of dimeric uPAR 提交 2021-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–299（277 aa）链 B 23–299（277 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5oC5.2	分辨率 2.96 Å R-free 0.299
7V63 Structure of dimeric uPAR at low pH 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–299（277 aa）链 B 23–299（277 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5-5.2	分辨率 2.91 Å R-free 0.273
9YC5 Human uPAR bound to the Fab fragment of targeted cancer therapeutic antibody FL1 提交 2025-09-18	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–305（283 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UPAR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–283； UniProt 23–305

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yc6
沉积日期 deposition_date	2025-09-18
结构标题 title	Mutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cancer therapeutic antibody FL1
关键词 keywords	Complex, Targeted cancer therapy, Monoclonal anti-uPAR antibody FL1, Antibody-drug conjugate, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.94 Å
零角强度 I(0) i0	108714000.00
分子量 molecular_weight	78920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96860 Å³
包络体积 envelope_volume	133080 Å³
水化壳体积 shell_volume	34230 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.15 Å
包络 Rg envelope_rg	35.62 Å
形状 Rg shape_rg	35.86 Å
总 Rg total_rg	36.35 Å
总原子数 total_atoms	10788
残基数 n_residues	709
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	33.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.552
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5898000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.751; Smooth: 0.032

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Anti-uPAR antibody FL1 Fab light chain
分子量 formula_weight	24168.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	10788

DIVMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSVVSNNGKTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHVPWTFGGGTKLEVKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Urokinase plasminogen activator surface receptor
分子量 formula_weight	31455.4 kDa
突变 mutation	H47C, N259C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

LRCMQCKTNGDCRVEECALGQDLCRTTIVRLWEEGEELELVEKSCTCSEKTNRTLSYRTGLKITSLTEVVCGLDLCNQGNSGRAVTYSRSRYLECISCGSSDMSCERGRHQSLQCRSPEEQCLDVVTHWIQEGEEGRPKDDRHLRGCGYLPGCPGSNGFHNNDTFHFLKCCNTTKCNEGPILELENLPQNGRQCYSCKGNSTHGCSSEETFLIDCRGPMNQCLVATGTHEPKNQSYMVRGCATASMCQHAHLGDAFSMCHIDVSCCTKSGCNHPDLDVQYRSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Anti-uPAR antibody FL1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23581.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGSVLVRPGTSVNLSCKASGYTFTSYWMSWVKQRPGQGLEWIGEIFPKSGRINSNENFRGKATLTVDTSSSTAYINLSSLTSEDSAVYYCSPIYSGDYGFADWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	4.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86404

fit	/app/data/saxs_computation/yc/9yc6/9yc6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yc/9yc6/9yc6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yc/9yc6/9yc6.dat

Mutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cancer therapeutic antibody FL1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urokinase plasminogen activator surface receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)