9yd4
RNA primer non-enzymatic extension product with DNA substrate
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。
七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。
当前条目的 assembly 组成
| Assembly | 聚集状态 | 实体与构建体证据 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 纯核酸 不含蛋白 蛋白 0 / DNA 2 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric | 实体 1：;DNA/RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*G)-D(P*G)-3') ; × 2 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1CWA (2-azanylimidazol-1-yl)-[[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy]phosphinic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.05 M HEPES pH 7.0, 0.2 M Ammonium acetate, 0.15 M Magnesium acetate, 10% w/v Polyethylene glycol 6,000. | 分辨率 1.66 Å R-free 0.289 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 9yd4 |
| 沉积日期 deposition_date | 2025-09-21 |
| 结构标题 title | RNA primer non-enzymatic extension product with DNA substrate |
| 关键词 keywords | Nonenzymatic RNA primer extension, Product, RNA duplex, Origin of Life, RNA; RNA |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 15.12 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 14.81 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 7367870.00 |
| 分子量 molecular_weight | 10240.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 7982 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 14481 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 9376 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 52.8 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 18.71 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 14.74 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 14.79 Å |
| 总 Rg total_rg | 15.28 Å |
| 总原子数 total_atoms | 705 |
| 残基数 n_residues | 22 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 40.8 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 14.51 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.06 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 7.0750e+06 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 5.8290e+04 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 15.18 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 7368000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.6822 |
| 解质量评级 solution_quality | REASONABLE a REASONABLE solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 1 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 16.5 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.316 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.386 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 4.2910 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 236800.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 80 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 0.980; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000 |