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9yfb

Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with UTP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

Bordetella pertussis Tohama I

UniProt Q7VTV0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–302 片段：26-302 MG MAGNESIUM ION × 4 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Berkeley B9: 100mM Bis-Tris/HCL pH 6.5, 200mM Magnesium chloride, 25% PEG 3550. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP + 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. plate 19925 B9 drop 1, Puck: PSL-0706, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol 分辨率 1.82 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9YFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9O90 Crystal structure of UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis 提交 2025-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–302（277 aa）
链 B 26–302（277 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 4 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Morpheus H5: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20K, 0.1M HEPES/MOPS, pH 7.5, 20mM each of DL-Alanine, Glycine, DL-Lysine, DL-Serine, DL-Glutamic acid. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. plate 19783 H5 drop 1, Puck: PSL-1103, Cryo: direct.
分辨率 1.93 Å R-free 0.215
9YFI Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE 提交 2025-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–302（277 aa）
链 B 26–302（277 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Berkeley B5: 200mM Lithium Sulfate, 20% PEG 3350. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE (UPG) + 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. plate 19925 B5 drop 2, Puck: PSL-0708, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol
分辨率 1.80 Å R-free 0.199
9YFK Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE (twinned lattice) 提交 2025-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–302（277 aa） 片段：26-302
链 B 26–302（277 aa） 片段：26-302
未记录 UPG URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Berkeley B1: 30% PEG 3350, 400 mM NaCl, 100 mM Tris, pH 8.5. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP, 2mM D-glucose-1-phosphate and 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. The product URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE (UPG) was bound. plate 19925 B1 drop 3, Puck: PSL-0713, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol
分辨率 1.68 Å R-free 0.204
9YGK Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis (sulfate bound) 提交 2025-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–302（277 aa） 片段：26-302
链 B 26–302（277 aa） 片段：26-302
未记录 SO4 SULFATE ION × 19 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Index B6: 0.1M HEPES pH 7.0, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. plate 19780 B6 drop 1, Puck: PSL-1201, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate
分辨率 1.95 Å R-free 0.223

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7VTV0_BORPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–285； UniProt 26–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9yfb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9yfb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9yfb
沉积日期 deposition_date2025-09-25
最后修订 last_revision2025-10-08
结构标题 titleCrystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with UTP
关键词 keywordsSSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.90 Å
零角强度 I(0) i015642200.00
分子量 molecular_weight29826.0 kDa
排除体积 excluded_volume37457 ų
包络体积 envelope_volume44445 ų
水化壳体积 shell_volume19759 ų
包络直径 envelope_diameter69.2 Å
壳层 Rg shell_rg25.43 Å
包络 Rg envelope_rg19.34 Å
形状 Rg shape_rg18.91 Å
总 Rg total_rg19.83 Å
总原子数 total_atoms2096
残基数 n_residues272
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.8 Å
Rg (实空间) rg_real20.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15640000.0000
解质量估计 total_estimate0.8522
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6 Å
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.018
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3449000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)