SAXSdb — 9yfl

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 8 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–64 链 H； UniProt 1–64	未记录	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like × 2 （A0A7E5VBG0） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein × 2 （A0A7E5W3Q7） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit × 2 （A0A7E5WAP8） Modeled RNA (101-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YFL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YFM insect H/ACA snoRNP class II composite 提交 2025-09-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 F 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9YFN insect H/ACA snoRNP class III 提交 2025-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 F 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9YFO insect H/ACA snoRNP class IV 提交 2025-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 F 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7E5W2Q0_TRINI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64 作者链 H； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like

物种未注明

UniProt A0A7E5VBG0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 8 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–514 链 D； UniProt 1–514	未记录	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 2 （A0A7E5W2Q0） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein × 2 （A0A7E5W3Q7） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit × 2 （A0A7E5WAP8） Modeled RNA (101-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YFL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YFM insect H/ACA snoRNP class II composite 提交 2025-09-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 A 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9YFN insect H/ACA snoRNP class III 提交 2025-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9YFO insect H/ACA snoRNP class IV 提交 2025-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 A 1–514（514 aa）链 D 1–514（514 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7E5VBG0_TRINI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 D； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein

物种未注明

UniProt A0A7E5W3Q7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 8 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–156 链 G； UniProt 1–156	未记录	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 2 （A0A7E5W2Q0） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like × 2 （A0A7E5VBG0） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit × 2 （A0A7E5WAP8） Modeled RNA (101-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YFL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YFM insect H/ACA snoRNP class II composite 提交 2025-09-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 C 1–156（156 aa）链 G 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9YFN insect H/ACA snoRNP class III 提交 2025-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 G 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9YFO insect H/ACA snoRNP class IV 提交 2025-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 C 1–156（156 aa）链 G 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7E5W3Q7_TRINI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156 作者链 G； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit

物种未注明

UniProt A0A7E5WAP8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 8 RNA 1 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–233 链 E； UniProt 1–233	未记录	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 × 2 （A0A7E5W2Q0） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like × 2 （A0A7E5VBG0） H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein × 2 （A0A7E5W3Q7） Modeled RNA (101-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YFL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YFM insect H/ACA snoRNP class II composite 提交 2025-09-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 B 1–233（233 aa）链 E 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9YFN insect H/ACA snoRNP class III 提交 2025-09-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 B 1–233（233 aa）链 E 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9YFO insect H/ACA snoRNP class IV 提交 2025-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 B 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7E5WAP8_TRINI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 E； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yfl
沉积日期 deposition_date	2025-09-26
结构标题 title	insect H/ACA snoRNP class I
关键词 keywords	Pseudouridine synthase, enzyme complex, snoRNA, snoRNP, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.91 Å
零角强度 I(0) i0	576731000.00
分子量 molecular_weight	177100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	213590 Å³
包络体积 envelope_volume	300630 Å³
水化壳体积 shell_volume	61205 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.3 Å
壳层 Rg shell_rg	46.38 Å
包络 Rg envelope_rg	40.42 Å
形状 Rg shape_rg	40.89 Å
总 Rg total_rg	41.23 Å
总原子数 total_atoms	23832
残基数 n_residues	1374
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	576700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8744
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.323
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.211
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.883

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
分子量 formula_weight	7607.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H
原子数 atom_count	23832

MYLRYYLNENGDRQYTLATIDPYGKPTISAHPARFSPEDKYSRHRIIIKKRFGLLLTQQPEPIL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
分子量 formula_weight	57643.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MTEVLQPGAEVFSEKKKKKVKESKEGVSLGQFQKLGDFKIEPTESVTKLDTAYWPLLLKNFDRLNVRTNHYTPLPFGHSPLKRPIAEYVKAGFINVDKPSNPSSHEVVSWIKRILKVEKTGHSGTLDPKVTGCLIVCIDRATRLVKSQQNAGKEYVAVFSLHSAVENVKKVTQGLEKLRGALFQRPPLISAVKRQLRVRSVYDSKLLDFDKDRNIGVFWVSCEAGSYIRTMCVHLGLMLGVGGQMIELRRVRSGIQGEKEGMVTMHDILDAQWAYENHKDESYLRRVIKPLEGLLVAHKRIFIKDSAVNAVCYGAKVLLPGILRYEDGIEIDQEIVIVTTKGEAVALAIALMTTSTMASCDHGVAAKLKRVIMERDTYPRKWGLGPKASHKKSLISQGKLDKFGKPNENTPSEWLNSYVDYKKKDTNGDAEDDVGRKRTASTANADDPDNSVEVKSEKKKKKKKRDSEAADAVPEDGSGDATMEAETTTEADSSIRKEKKKKKKKDREQERVDE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
分子量 formula_weight	17704.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MGKIKQEPVEQEDQADVSVKNEPQSYDEKVDHCSVIAKPMAPKKLSKKIYKLIKKSTSHKNYIRNGLKIVQKQLRLGEKGIVFFAGDISPIEIMCHLPAVCEEKDIPYCYTPSRKDIGAAMGTMRGCVMVLVKEHDDYKDLFDEVRGEIKLLGHPI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
分子量 formula_weight	22800.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MSFRGRGGGGGGRGGYGGGGGGGGRGFGGRGGGGGRGGFGGRGGGRGGRGGGGGGFRQQDQGPPESVIPLGHYGWTVQDDLICKVDIEDVPYFNAPIFLENKEQIGKIDEIFGNLRDYFVSVKMGDNFKANSFKDGQQFYIDPAKLLPLKRFLPQPPGAKRGGGRGRGGPRGGRGGGGGFGRGGGGGGRGGGFGRGGGGGRGGFGRGGGGGYGGGGGGFNRGGGGFRGGRGGR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Modeled RNA (101-MER)
分子量 formula_weight	44371.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CCUGCGGCAAAAAAAGUGCACGUCCCAAAACUGGGACGUGCACCAAAAAAAAGGCCGCAGGAACAGCAACGGAGCGAGUAAAAAAAAUGCACGUCCCAAAACUGGGACGUGCACAAAAAAAAAACUCGCUCACACAU

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	760070

fit	/app/data/saxs_computation/yf/9yfl/9yfl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/9yfl/9yfl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/9yfl/9yfl.dat

insect H/ACA snoRNP class I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)