SAXSdb — 9yfz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KrKA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 3	beta-D-ribofuranose-(1-7)-methyl 3-deoxy-beta-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid × 3 CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid × 3 CHLORIDE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 3	beta-D-ribofuranose-(1-7)-methyl 3-deoxy-beta-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid × 3 CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid × 3 CHLORIDE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A854BIM6_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–356； UniProt 3–356 作者链 B； PDB构建体 3–356； UniProt 3–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yfz
沉积日期 deposition_date	2025-09-27
结构标题 title	KrkA D193C ternary complex
关键词 keywords	glycosyltransferase; capsule biosynthesis, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9yfz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9yfz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9yfz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.53 Å
Rg（电子密度）	33.94 Å
总 Rg	34.61 Å
原子数	17637
残基数	1041
排除体积	160000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9yfz__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9yfz__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KrKA
分子量 formula_weight	43532.4 kDa
突变 mutation	D193C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12086

MRHIYITSDFLMTSGEEQDNNIRWVYDFISRPIEIATSYDAKCFSTKKWNVLNFDRKHFFALSNIEYVEDKQFYYNERDINSESIKYIKSIIKNDIILVGYELSEQTRKILDKIKVTYIDIWLHPIRYMDDVLFGLKSNNEEINNKLYTFNIPSETYYLYADRLKVQNYRGYRKNKSYLKDNSALFVGQTLNCKAVFHNGKMLNLLDFKNVFEKVVKKYNHVYYSRHPFVKDGDEEIINYLKKFKNVTLNDDPTYHLLASKEIEYVFSISSSVVHEAKYFGKDVEFLYKPVITIGDHKKDYTSVMHEIFYGHFWASILSPLINVNNVPVVSYFSGKDKTRDALSFYWGYRNIDKVELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-ribofuranose-(1-7)-methyl 3-deoxy-beta-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid
分子量 formula_weight	384.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	323.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid
分子量 formula_weight	238.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	352

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晶胞边长 a length_a	121.719 Å
晶胞边长 b length_b	121.719 Å
晶胞边长 c length_c	131.962 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	41.180 Å
R 因子 r_factor	0.2231
R_work r_work	0.2216
R_free r_free	0.2532

KrkA D193C ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KrKA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yfz__assembly_1__model_1

9yfz__assembly_1__model_1 | I(q)

9yfz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

KrkA D193C ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KrKA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yfz__assembly_1__model_1

9yfz__assembly_1__model_1 | I(q)

9yfz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)