SAXSdb — 9yg7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Group 1 truncated hemoglobin

Shewanella benthica KT99

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–117 链 B； UniProt 2–117 链 C； UniProt 2–117 链 D； UniProt 2–117	突变：H24I, C51S, C71S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CYN CYANIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1 mM Protein 10 mM KCN 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 27% PEG MME 2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YG7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7TT9 Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S Y34F variant 提交 2022-02-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–117（116 aa）链 B 2–117（116 aa）链 C 2–117（116 aa）链 D 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S, Y34F 突变：C51S, C71S, Y34F 突变：C51S, C71S, Y34F 突变：C51S, C71S, Y34F	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 28% w/v PEG2000 MME	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
8TLS Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S Y108A variant 提交 2023-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S, Y108A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CYN CYANIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；27% PEG MME 2000, 100 mM Bis-Tris pH 5.1, 10 mM KCN, Excluded from light	分辨率 1.70 Å R-free 0.214
8TLS Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S Y108A variant 提交 2023-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S, Y108A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CYN CYANIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；27% PEG MME 2000, 100 mM Bis-Tris pH 5.1, 10 mM KCN, Excluded from light	分辨率 1.70 Å R-free 0.214
8UGZ Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant 提交 2023-10-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–117（116 aa）链 B 2–117（116 aa）链 C 2–117（116 aa）链 D 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CYN CYANIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23% PEG MME 2000, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 10mM KCN, Excluded from light	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
8UZU Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin L80A C51S C71S variant 提交 2023-11-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–117（116 aa）链 B 2–117（116 aa）链 C 2–117（116 aa）链 D 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S, L80A 突变：C51S, C71S, L80A 突变：C51S, C71S, L80A 突变：C51S, C71S, L80A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CYN CYANIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；23% PEG MME 2000, 100 mM Bis-Tris pH 5.1, 10 mM KCN	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
8VIJ Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin Y34F C51S C71S variant (cyanomet) 提交 2024-01-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–117（116 aa）链 B 2–117（116 aa）链 C 2–117（116 aa）链 D 2–117（116 aa）	突变：Y34F, C51S, C71S 突变：Y34F, C51S, C71S 突变：Y34F, C51S, C71S 突变：Y34F, C51S, C71S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CYN CYANIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG MME 2000, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 10 mM KCN	分辨率 1.35 Å R-free 0.201
8VSH Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant with trans heme D 提交 2024-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–117（116 aa）链 B 2–117（116 aa）链 C 2–117（116 aa）链 D 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S	A1ADT {3-[(2R,5'R)-9',14'-diethenyl-5'-hydroxy-5',10',15',19'-tetramethyl-5-oxo-4,5-dihydro-3H-spiro[furan-2,4'-[21,22,23,24]tetraazapentacyclo[16.2.1.13,6.18,11.113,16]tetracosa[1,3(24),6,8,10,12,14,16(22),17,19]decaen]-20'-yl-kappa~4~N~21'~,N~22'~,N~23'~,N~24'~]propanoato}iron × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG MME 2000, 10 mM KCN, 18 days in the dark, 43 days exposed to laboratory ambient light	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
8W3A Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant with trans heme D 提交 2024-02-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–117（116 aa）链 B 2–117（116 aa）链 C 2–117（116 aa）链 D 2–117（116 aa）	突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S 突变：C51S, C71S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 A1ADT {3-[(2R,5'R)-9',14'-diethenyl-5'-hydroxy-5',10',15',19'-tetramethyl-5-oxo-4,5-dihydro-3H-spiro[furan-2,4'-[21,22,23,24]tetraazapentacyclo[16.2.1.13,6.18,11.113,16]tetracosa[1,3(24),6,8,10,12,14,16(22),17,19]decaen]-20'-yl-kappa~4~N~21'~,N~22'~,N~23'~,N~24'~]propanoato}iron × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG MME 2000, 10 mM KCN, 18 days in the dark, 43 days exposed to laboratory ambient light	分辨率 1.80 Å R-free 0.236

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A9DF82_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 2–117 作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 2–117 作者链 C； PDB构建体 1–116； UniProt 2–117 作者链 D； PDB构建体 1–116； UniProt 2–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yg7
沉积日期 deposition_date	2025-09-28
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Crystal structure of Shewanella benthica group 1 truncated hemoglobin H24I/C51S/ C71S variant
关键词 keywords	TRUNCATED HEMOGLOBIN, HEME BINDING PROTEIN, PSYCHROPIEZOPHILE, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.36 Å
零角强度 I(0) i0	49070300.00
分子量 molecular_weight	53740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66935 Å³
包络体积 envelope_volume	79672 Å³
水化壳体积 shell_volume	26216 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.53 Å
包络 Rg envelope_rg	25.42 Å
形状 Rg shape_rg	25.37 Å
总 Rg total_rg	26.14 Å
总原子数 total_atoms	3764
残基数 n_residues	464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9090
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Group 1 truncated hemoglobin
分子量 formula_weight	12813.4 kDa
突变 mutation	H24I, C51S, C71S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4607

SLYERLGGEQKIARIAADIFDTIATNPTVASRYKDSDRERVIKMVTEFLSAGTGGPQDYTGKSMPEAHRSMNINEAEYLAVIDDIMVALDKNEVGDQEKQELLMIAYSLKGEIIGA

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella benthica KT99
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	314608
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	355

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	27.593 Å
晶胞边长 b length_b	104.992 Å
晶胞边长 c length_c	150.977 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	22.860 Å
R 因子 r_factor	0.1772
R_work r_work	0.1764
R_free r_free	0.2009

fit	/app/data/saxs_computation/yg/9yg7/9yg7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yg/9yg7/9yg7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yg/9yg7/9yg7.dat

Crystal structure of Shewanella benthica group 1 truncated hemoglobin H24I/C51S/ C71S variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Group 1 truncated hemoglobin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction