BG505 MD39 SOSIP gp41
Human immunodeficiency virus 1
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 33 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 509–661 链 B； UniProt 509–661 链 C； UniProt 509–661 链 E； UniProt 32–510 链 F； UniProt 32–510 链 G； UniProt 32–510 | 未记录 | AM12-340 Fab heavy chain × 3 AM12-340 Fab light chain × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 | 分辨率 4.30 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9YHS | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3J5M Cryo-EM structure of the BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer with 3 PGV04 Fabs 提交 2013-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 E
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 I
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
|
突变：T332N,A501C 突变：T332N,A501C 突变：T332N,A501C | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
TBS；pH 7.5；TBS
cryo-EM玻璃化条件
Specimen was prepared for cryo-EM by applying 3 microliters of sample to a freshly plasma cleaned holey carbon C-flat grid (Protochips, Inc.), allowing the sample to adsorb to the grid for 30 seconds, followed by blotting with a small piece of filter paper and plunge-freezing into liquid ethane using a manual cryo-plunger in an ambient environment (4 C).；冷冻剂 ETHANE；3 uL sample applied to grid, adsorbed for 30 seconds, blotted, and plunge-frozen in liquid ethane
|
分辨率 5.80 Å |
| 4NCO Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Fab PGT122 提交 2013-10-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 E
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 I
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
|
突变：T332N,A501C 突变：T332N,A501C 突变：T332N,A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.70 Å R-free 0.389 |
| 4ZMJ Crystal Structure of Ligand-Free BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env Trimer 提交 2015-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–504（475 aa）
|
突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；26% PEG 400, 3.2% PEG 3350, and 0.1M sodium acetate pH 5.5
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.285 |
| 5ACO Cryo-EM structure of PGT128 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer 提交 2015-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：GP120, RESIDUES 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：GP41, RESIDUES 509-661
链 C
30–505（476 aa）
片段：GP120, RESIDUES 30-505
链 D
30–505（476 aa）
片段：GP120, RESIDUES 30-505
链 E
509–661（153 aa）
片段：GP41, RESIDUES 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：GP41, RESIDUES 509-661
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM TRIS, 150 MM NACL, 0.675 MM DDM；pH 7.4；50 MM TRIS, 150 MM NACL, 0.675 MM DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；FROZEN IN LIQUID ETHANE AT 4 DEGREES C.
|
分辨率 4.36 Å |
| 5C7K Crystal structure BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer bound to broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 提交 2015-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 C
30–507（478 aa）
片段：UNP Residues 30-507
链 D
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；280 K；0.05 M lithium sulfate, 0.05 M sodium sulfate, 26% (w/v) PEG 400 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.3
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.295 |
| 5CEZ Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with an early putative precursor of the PGT121 family at 3.0 Angstrom 提交 2015-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
31–508（478 aa）
片段：UNP residues 31-505
|
突变：N137A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2 M CaCl2, 28% (v/v) PEG 400 and 0.1 M Hepes pH 7.5
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.266 |
| 5CEZ Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with an early putative precursor of the PGT121 family at 3.0 Angstrom 提交 2015-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2 M CaCl2, 28% (v/v) PEG 400 and 0.1 M Hepes pH 7.5
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.266 |
| 5CJX Crystal structure of 8ANC195 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer 提交 2015-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 J
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 K
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 X
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Y
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
|
突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 15% PEG3350, 2% v/v 1,4-dioxane
|
分辨率 3.58 Å R-free 0.286 |
| 5D9Q Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Fab PGT122 and scFv NIH45-46 提交 2015-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
30–501（472 aa）
链 G
30–501（472 aa）
链 J
30–501（472 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.0
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.320 |
| 5FYL Crystal Structure at 3.7 A Resolution of Fully Glycosylated HIV-1 Clade A BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer in Complex with Broadly Neutralizing Antibodies PGT122 and 35O22 提交 2016-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：GP120 ENV ECTODOMAIN
链 G
30–505（476 aa）
片段：GP120 ENV ECTODOMAIN
|
突变：YES 突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；0.18 M LI2SO4, 4.79% PEG 1500, 14.4% ISOPROPANOL, 10 MM YTTRIUM CHLORIDE, 0.09 M SODIUM ACETATE PH 5.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.307 |
| 5I8H Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer in Complex with V3 Loop-targeting Antibody PGT122 Fab and Fusion Peptide-targeting Antibody VRC34.01 Fab 提交 2016-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 5% PEG 8000 and 20% 2-methyl-2, 4- pentanediol
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.309 |
| 5I8H Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer in Complex with V3 Loop-targeting Antibody PGT122 Fab and Fusion Peptide-targeting Antibody VRC34.01 Fab 提交 2016-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 5% PEG 8000 and 20% 2-methyl-2, 4- pentanediol
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.309 |
| 5T3S HIV gp140 trimer MD39-10MUTA in complex with Fabs PGT124 and 35022 提交 2016-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；277 K；5% Peg6000
0.1M citric acid
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.309 |
| 5T3X 3.9 Angstrom Crystal Structure of a Fully and Natively Glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env Trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Antibodies IOMA and 10-1074. 提交 2016-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 G
30–508（479 aa）
片段：UNP residues 30-508
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium citrate tribasic pH 7.0
100 mM imidazole pH 7.0
20% PEG MME 2,000
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.331 |
| 5T3Z 3.5 Angstrom Crystal Structure of a Fully and Natively Glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env Trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Antibodies IOMA and 10-1074 提交 2016-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 G
30–508（479 aa）
片段：UNP residues 30-508
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium citrate tribasic pH 7.0
100 mM imidazole pH 7.0
20% PEG MME 2,000
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 5THR Cryo-EM structure of a BG505 Env-sCD4-17b-8ANC195 complex 提交 2016-09-30 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
30–505（476 aa）
片段：UNP residue 30-505
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residue 30-505
链 F
30–505（476 aa）
片段：UNP residue 30-505
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 5U1F Initial contact of HIV-1 Env with CD4: Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP trimer in complex with CD4 and antibody PGT145 提交 2016-11-28 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
29–502（474 aa）
片段：UNP residues 29-502
链 B
508–661（154 aa）
链 C
29–502（474 aa）
片段：UNP residues 29-502
链 D
29–502（474 aa）
片段：UNP residues 29-502
链 E
508–661（154 aa）
链 F
508–661（154 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 5UTF Crystal Structure of a Stabilized DS-SOSIP.6mut BG505 gp140 HIV-1 Env Trimer, Containing Mutations I201C-P433C (DS), L154M, Y177W, N300M, N302M, T320L, I420M in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 4.3 A 提交 2017-02-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–510（481 aa）
|
突变：I201C-P433C (DS) 突变：L154M, Y177W, N300M, N302M, T320L, I420M | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；13.2% PEG 400, 6.6% PEG 8000, 0.1M. Sodium acetate/Acetic acid pH 4.5
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.299 |
| 5UTY Crystal Structure of a Stabilized DS-SOSIP.mut4 BG505 gp140 HIV-1 Env Trimer, Containing Mutations I201C-P433C (DS), L154M, N300M, N302M, T320L in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 4.1 Angstrom 提交 2017-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
29–505（477 aa）
片段：UNP residues 29-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；10.5% PEG 4000, 0.2M AmSO4, 0.1M NaoAc pH 4.6
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.288 |
| 5V7J Crystal Structure at 3.7 A Resolution of Glycosylated HIV-1 Clade A BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer with Four Glycans (N197, N276, N362, and N462) removed in Complex with Neutralizing Antibodies 3H+109L and 35O22. 提交 2017-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
31–505（475 aa）
片段：UNP residues 31-505
|
突变：S198A, T278A, S365A, T464A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；4.95% isopropanol, 8.25% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate, pH 4.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.339 |
| 5V8L BG505 SOSIP.664 trimer in complex with broadly neutralizing HIV antibodies 3BNC117 and PGT145 提交 2017-03-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 D
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 5V8M BG505 SOSIP.664 trimer in complex with broadly neutralizing HIV antibody 3BNC117 提交 2017-03-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 G
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 I
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 J
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
30–508（479 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 E
30–508（479 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 F
30–508（479 aa）
片段：UNP residues 30-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 F
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 11.50 Å |
| 5W6D Crystal structure of BG505-SOSIP.v4.1-GT1-N137A in complex with Fabs 35022 and 9H/109L 提交 2017-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；0.2M NaCl, 34% PEG 300, 0.1M NaOAc
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.267 |
| 5WDU HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 H72C-H564C trimer in complex with bNAbs PGT122 Fab, 35O22 Fab and NIH45-46 scFv 提交 2017-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric |
链 F
31–501（471 aa）
链 G
31–501（471 aa）
链 Q
31–501（471 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M Tris, pH 8.5
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.363 |
| 6B0N Crystal structure of the cleavage-independent prefusion HIV Env glycoprotein trimer of the clade A BG505 isolate (NFL construct) in complex with Fabs PGT122 and PGV19 at 3.39 A 提交 2017-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 G
30–503（474 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 MAN alpha-D-mannopyranose × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1M HEPES (pH 7.0), 15% (w/v) PEG4000, and cryo-protected with 25% glycerol
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.346 |
| 6CH7 XFEL crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and 35O22 提交 2018-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 G
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 14% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.0
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.262 |
| 6CH8 Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and 35O22 提交 2018-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 G
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 15% PEG 3350
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.274 |
| 6CHB Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and IOMA 提交 2018-02-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 F
30–508（479 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 H
30–508（479 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 15% PEG 3350
|
分辨率 6.80 Å R-free 0.417 |
| 6CUE Cryo-EM structure at 4.0 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP7.04 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 2
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 c
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6CUF Cryo-EM structure at 4.2 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP1.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 2
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 d
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6DE7 Crystal Structure at 4.3 A Resolution of Glycosylated HIV-1 Clade A BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer with Interdomain Stabilization 113C-429GCG in Complex with Broadly Neutralizing Antibodies PGT122 and 35O22 提交 2018-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 G
30–510（481 aa）
|
突变：D113C, T332N, R429G, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；24%PEG400, 3% PEG3350, 0.1M sodium acetate 5.5, 0.2M LiSO4
|
分辨率 4.12 Å R-free 0.258 |
| 6DFG BG505 MD39 SOSIP trimer in complex with mature BG18 fragment antigen binding 提交 2018-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5 second blot time
|
分辨率 4.42 Å |
| 6DFH BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding 提交 2018-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time
|
分辨率 3.85 Å |
| 6DID HIV Env BG505 SOSIP with polyclonal Fabs from immunized rabbit #3417 post-boost#1 提交 2018-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：GP120 domain residues 30-505
链 F
30–505（476 aa）
片段：GP120 domain residues 30-505
链 G
30–505（476 aa）
片段：GP120 domain residues 30-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.71 Å |
| 6E5P Backbone model based on cryo-EM map at 8.5 A of domain-swapped, glycan-reactive, neutralizing antibody 2G12 bound to HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to CD4-binding site antibody VRC03 提交 2018-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
30–503（474 aa）
链 C
30–503（474 aa）
链 E
30–503（474 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.01
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0.005% dodecyl maltoside was added to sample before vitification
|
分辨率 8.80 Å |
| 6MAR HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151 提交 2018-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 E
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6MN7 Cryo-EM structure of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1 antigen binding fragment 提交 2018-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6MPG Cryo-EM structure at 3.2 A resolution of HIV-1 fusion peptide-directed antibody, A12V163-b.01, elicited by vaccination of Rhesus macaques, in complex with stabilized HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 2
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 V
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6MPH Cryo-EM structure at 3.8 A resolution of HIV-1 fusion peptide-directed antibody, DF1W-a.01, elicited by vaccination of Rhesus macaques, in complex with stabilized HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
30–502（473 aa）
链 B
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6MTJ Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-378806 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 2.9 Angstrom 提交 2018-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 83G 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；75mM Imidazole pH6.5
3.75% MPD
6.25% PEG 3,350
150mM LiSO4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.281 |
| 6MTN Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor Compound 484 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.0 Angstrom 提交 2018-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 JYJ {4-[1-(3-chlorophenyl)cyclopropane-1-carbonyl]piperazin-1-yl}(thiophen-3-yl)methanone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；60mM Imidazole pH6.5
3% MPD
5% PEG3,350
120mM LiSO$
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.263 |
| 6MU6 Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-814508 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.2 Angstrom 提交 2018-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 JYV (2R)-{1-[{7-[2-({[3-(dimethylamino)propyl](methyl)amino}methyl)-1,3-thiazol-4-yl]-4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl}(oxo)acetyl]piperidin-4-yl}(phenyl)acetonitrile × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；60mM imidazole pH6.5
3% MPD
5% PEG3,350
120mM LiSO4
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.264 |
| 6MU7 Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-818251 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.1 Angstrom 提交 2018-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 JYY 4-{3-[{4-[(R)-cyano(phenyl)methyl]piperidin-1-yl}(oxo)acetyl]-4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-yl}-N-(2-hydroxyethyl)-1,3-thiazole-2-carboxamide × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；150mM Ammonium Citrate pH7.5
7.5% PEG3,350
7.5% isopropanol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 6MU8 Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-386150 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.5 Angstrom 提交 2018-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 JYS 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-(4-bromo-7-fluoro-1H-indol-3-yl)ethane-1,2-dione × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；60mM imidazole pH6.5
3% MPD
5% PEG3,350
120mM LiSO4
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.259 |
| 6N1V Cryo-EM structure at 4.0 A resolution of vaccine-elicited antibody A12V163-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-11-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
30–502（473 aa）
链 B
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6N1W Cryo-EM structure at 4.2 A resolution of vaccine-elicited antibody DFPH-a.15 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 2
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 c
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6NF2 Cryo-EM structure of vaccine-elicited antibody 0PV-c.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
30–509（480 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–509（480 aa）
链 I
509–661（153 aa）
链 Q
30–509（480 aa）
链 R
509–661（153 aa）
|
突变：I201C, T332N, A433C, A501C, E509R, K510R, A512R 突变：I559P, T605C 突变：I201C, T332N, A433C, A501C, E509R, K510R, A512R 突变：I559P, T605C 突变：I201C, T332N, A433C, A501C, E509R, K510R, A512R 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6NM6 Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to N6 FR3-03 scFv in Complex with Crystallization Chaperones 3H109L Fab and 35O22 scFv at 3.2 Angstrom 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：Ectodomain
链 G
30–505（476 aa）
|
突变：I559P, T605C 突变：N137A, T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；60 mM acetate pH 4.5, 420 mM sodium formate, 5% PEG 3,350 and 60 mM CaCl2
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.288 |
| 6NNF Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to VRC01 FR3-03 scFv in Complex with Crystallization Chaperones 3H109L Fab and 35O22 scFv at 3.5 Angstrom 提交 2019-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A, T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；72 mM imidazole pH 6.5, 72 mM
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.298 |
| 6NNJ Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to CH31 scFv in Complex with Crystallization Chaperones 3H109L Fab and 35O22 scFv at 3.1 Angstrom 提交 2019-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：gp41
链 G
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
突变：I559P, A605C 突变：N137A, T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；90 mM imidazole pH 6.5, 90 mM MgCl2, 0.6 M NaCl and 6% PEG 3,350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.293 |
| 6OPA Crystal structure of bovine Fab NC-Cow1 in complex with HIV-1 BG505 SOSIP.664, and human Fabs 35022 and PGT128 提交 2019-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–504（475 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.56；298 K；0.2M sodium citrate, 0.1M Tris, 30% Peg400
|
分辨率 4.08 Å R-free 0.343 |
| 6OSY Cryo-EM structure of vaccine-elicited antibody 0PV-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2019-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 2
30–508（479 aa）
链 B
30–508（479 aa）
链 K
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6OT1 Cryo-EM structure of vaccine-elicited antibody 0PV-b.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2019-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 O
509–661（153 aa）
链 P
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OZ4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody N49P6 Fab in complex with HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer ectodomain. 提交 2019-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–505（476 aa）
|
突变：I559P, T605C 突变：T330N, A498C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；12% PEG 3350
0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 4.05 Å R-free 0.315 |
| 6OZC BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2 提交 2019-05-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 E
30–504（475 aa）
链 F
30–504（475 aa）
链 G
509–661（153 aa）
链 I
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |
| 6PW6 The HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 SOSIP.664 in Complex with Three Copies of the Bovine Broadly Neutralizing Antibody, NC-Cow1, Fragment Antigen Binding Domain 提交 2019-07-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6U0L Asymmetrically open conformational state (Class I) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
30–505（476 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 X
509–661（153 aa）
链 Y
509–661（153 aa）
链 Z
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6U0N Asymmetrically open conformational state (Class II) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
32–505（474 aa）
链 B
32–505（474 aa）
链 C
32–505（474 aa）
链 X
509–661（153 aa）
链 Y
509–661（153 aa）
链 Z
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6UDJ HIV-1 bNAb 1-18 in complex with BG505 SOSIP.664 and 10-1074 提交 2019-09-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 C
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 J
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
链 M
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 P
32–505（474 aa）
片段：UNP residues 32-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3.0 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow discharged grids
|
分辨率 2.50 Å |
| 6UTK Crystal structure of 438-B11 Fab in complex with an uncleaved prefusion optimized (UFO) soluble BG505 trimer and Fab 35O22 at 3.80 Angstrom 提交 2019-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 G
30–503（474 aa）
片段：UNP residues 30-503
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M sodium chloride, 36% v/v PEG400, 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.7
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.317 |
| 6V0R BG505 SOSIP.664 Trimer 提交 2019-11-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 D
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 6V6W Crystal structure of antibody 438-B11 DSS mutant (Cys98A-100aA) in complex with an uncleaved prefusion optimized (UFO) soluble BG505 trimer and Fab 35O22 提交 2019-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 G
30–503（474 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；12% 1-propanol, 0.1M MES (pH=6.5), 20% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 25% glycerol
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.355 |
| 6V6W Crystal structure of antibody 438-B11 DSS mutant (Cys98A-100aA) in complex with an uncleaved prefusion optimized (UFO) soluble BG505 trimer and Fab 35O22 提交 2019-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 C
30–503（474 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；12% 1-propanol, 0.1M MES (pH=6.5), 20% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 25% glycerol
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.355 |
| 6V8X VRC01 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
32–502（471 aa）
片段：UNP residues 32-502
链 E
32–502（471 aa）
片段：UNP residues 32-502
链 I
32–502（471 aa）
片段：UNP residues 32-502
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
31–502（472 aa）
片段：UNP residues 31-502
链 G
31–502（472 aa）
片段：UNP residues 31-502
链 M
31–502（472 aa）
片段：UNP residues 31-502
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6VI0 Cryo-EM structure of VRC01.23 in complex with HIV-1 Env BG505 DS.SOSIP 提交 2020-01-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 G
30–508（479 aa）
链 I
30–508（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 6VKN BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R 提交 2020-01-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 D
30–504（475 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6VLR BG505 SOSIP.v5.2 in complex with rhesus macaque Fab RM20E1 and PGT122 Fab 提交 2020-01-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–504（475 aa）
链 H
30–504（475 aa）
链 I
509–661（153 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.42 Å |
| 6VN0 BG505 SOSIP.v4.1 in complex with rhesus macaque Fab RM20F 提交 2020-01-29 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 D
30–504（475 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 6VO0 BG505 SOSIP.v5.2 in complex with rabbit Fab 43A2 提交 2020-01-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 D
30–504（475 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 6VO1 BG505 SOSIP.v5.2 in complex with rhesus macaque Fab RM20J 提交 2020-01-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 D
30–504（475 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 6W03 Crystal Structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP.3mut Prefusion Env Trimer in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.3 Angstrom 提交 2020-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：ectodomain
链 G
30–504（475 aa）
|
突变：I559P, T605C 突变：N137A, I201C, N302M, T320L, A329P, T332N, A433C, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；75 mM imidazole pH6.5, 150 mM LiSO4, 3.8% PEG MPD and 6.2% PEG 3,350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.273 |
| 6X96 Cryo-EM model of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 10A fragment antigen binding variable domain 提交 2020-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–510（481 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–510（481 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 G
30–510（481 aa）
链 I
509–661（153 aa）
|
突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (DDM) added shortly prior to freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6X97 Cryo-EM model of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding variable domain 提交 2020-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–510（481 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–510（481 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 G
30–510（481 aa）
链 I
509–661（153 aa）
|
突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (DDM) added shortly prior to freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 6X98 Cryo-EM model of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11B fragment antigen binding variable domain 提交 2020-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–510（481 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–510（481 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 G
30–510（481 aa）
链 I
509–661（153 aa）
|
突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (DDM) added shortly prior to freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 6X9R HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in HEK293F cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6X9R HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in HEK293F cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6X9R HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in HEK293F cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6X9S HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in stable CHO cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6X9S HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in stable CHO cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6X9S HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in stable CHO cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6X9T HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in HEK293S cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X9T HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in HEK293S cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X9T HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 expressed in HEK293S cells in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X9U HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and partially deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X9U HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and partially deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X9U HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and partially deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6X9V HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6X9V HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6X9V HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab 提交 2020-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
|
突变：T332N,A501C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6XRT Cryo-EM structure of SHIV-elicited RHA1.V2.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 提交 2020-07-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 F
30–505（476 aa）
链 G
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7KDE BG505 SOSIP.664 in complex with the V3-targeting rhesus macaque antibody 1485 and human gp120-gp41 interface antibody 8ANC195 提交 2020-10-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–505（474 aa）
链 F
32–505（474 aa）
链 G
32–505（474 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, blot force 0
|
分辨率 3.55 Å |
| 7LG6 BG505 SOSIP.v5.2 in complex with VRC40.01 and RM19R Fabs 提交 2021-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 E
30–504（475 aa）
链 F
30–504（475 aa）
链 G
509–661（153 aa）
链 I
509–661（153 aa）
|
突变：E64K, A73C, A316W, T332N, A501C 突变：I559P, A561C, T605C 突变：E64K, A73C, A316W, T332N, A501C 突变：E64K, A73C, A316W, T332N, A501C 突变：I559P, A561C, T605C 突变：I559P, A561C, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 7LL1 Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP in complex with glycan276-dependent broadly neutralizing antibody VRC40.01 Fab 提交 2021-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 G
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 S before plunging
|
分辨率 3.73 Å |
| 7LL2 Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody VRC33.01 Fab 提交 2021-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–502（473 aa）
链 C
30–502（473 aa）
链 E
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 S before plunging
|
分辨率 3.73 Å |
| 7LO6 Structure of CD4 mimetic BNM-III-170 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab 提交 2021-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
32–508（477 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
32–508（477 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
32–508（477 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 5VG ~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-5-(methylaminomethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-~{N}-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)ethanediamide × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7LOK Structure of CD4 mimetic M48U1 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab 提交 2021-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 A
32–508（477 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
32–508（477 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
32–508（477 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 突变：BG505 SOSIP.664 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7LPN Cryo-EM structure of llama J3 VHH antibody in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 提交 2021-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
30–505（476 aa）
链 G
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 7MDT BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment) 提交 2021-04-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS, 0.2um filtered
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7MDU BG505 SOSIP MD39 in complex with the monoclonal antibodies Rh.33104 mAb.1 and RM20A3 提交 2021-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；TBS, 0.2um filtered
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force: 0
Wait time: 10s
Blot time: 3-7s
|
分辨率 3.30 Å |
| 7MXE Ab1245 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 and 8ANC195 Fab 提交 2021-05-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 C
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 G
32–508（477 aa）
链 J
32–508（477 aa）
链 P
32–508（477 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added
|
分辨率 3.70 Å |
| 7RAI Cryo-EM structure of M4008_N1 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer 提交 2021-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：I200C, T330N, A430C, A498C 突变：I556P, T602C 突变：I200C, T330N, A430C, A498C 突变：I556P, T602C 突变：I200C, T330N, A430C, A498C 突变：I556P, T602C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 7SQ1 BG505.MD39TS Env trimer in complex with Fab from antibody C05 提交 2021-11-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 C
31–502（472 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
31–502（472 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 G
31–502（472 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 41 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7T9B ApexGT5 in complex with GT5-d42.16 and RM20A3 Fabs 提交 2021-12-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 41 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 7TFN Cryo-EM structure of CD4bs antibody Ab1303 in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 X
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Y
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Z
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7TFO Cryo-EM structure of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with CD4bs antibody Ab1573 提交 2022-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 X
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Y
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Z
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7TXD Cryo-EM structure of BG505 SOSIP HIV-1 Env trimer in complex with CD4 receptor (D1D2) and broadly neutralizing darpin bnD.9 提交 2022-02-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–505（476 aa）
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–505（476 aa）
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 7UCF Structure of the BG505 SOSIP.664 trimer in complex with neutralizing antibody Fab fragments 10-1074 and BG24 提交 2022-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
29–505（477 aa）
片段：UNP residues 29-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG1500
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.277 |
| 7UOJ The CryoEM structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664 提交 2022-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–505（476 aa）
链 I
30–505（476 aa）
链 J
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
突变：T330N,A498C 突变：I556P,T602C 突变：I556P,T602C 突变：T330N,A498C 突变：T330N,A498C 突变：I556P,T602C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；Phosphate buffered saline
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 8DP1 Cryo-EM structure of HIV-1 Env(BG505.T332N SOSIP) in complex with DH1030.1 Fab 提交 2022-07-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 B
30–505（476 aa）
片段：gp120
链 H
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 J
30–505（476 aa）
片段：gp120
链 Q
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 S
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 W
30–505（476 aa）
片段：gp120
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 8E1P Crystal structure of BG505 SOSIP.v4.1-GT1.2 trimer in complex with gl-PGV20 and PGT124 Fabs 提交 2022-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 X
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Y
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Z
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 12% w/v PEG8000
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.301 |
| 8EUU Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP ENV trimer bound to VRC34.01 FAB 提交 2022-10-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8EUV Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP ENV trimer bound to VRC34.01-COMBO1 FAB 提交 2022-10-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8EUW Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP ENV trimer bound to VRC34.01-MM28 FAB 提交 2022-10-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8FIS Structure of Bispecific CAP256V2LS-J3 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 提交 2022-12-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 8FK5 Cryo-EM Structure of PG9RSH DU011 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 提交 2022-12-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 I
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8FL1 Cryo-EM Structure of PG9RSH DU025 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 提交 2022-12-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 I
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 8FLW Cryo-EM Structure of PGT145 DU303 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP.664 提交 2022-12-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 I
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8FR6 Antibody vFP53.02 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP 提交 2023-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 C
30–502（473 aa）
链 G
30–502（473 aa）
链 I
30–502（473 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP construct 突变：BG505 DS-SOSIP construct 突变：BG505 DS-SOSIP construct | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8FYJ Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT2 in complex with two CD4 molecules (class I) 提交 2023-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 D
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8G4M Vaccine-elicited human antibody 2C06 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP 提交 2023-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 C
30–502（473 aa）
链 G
30–502（473 aa）
链 I
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 0.005%(w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 8G4T Vaccine-elicited human antibody 2C09 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP 提交 2023-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 C
30–502（473 aa）
链 G
30–502（473 aa）
链 I
30–502（473 aa）
|
突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 0.1mM DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8G85 vFP52.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer 提交 2023-02-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 J
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 K
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
| 8G9W Cryo-EM structure of vFP49.02 Fab in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 (conformation 1) 提交 2023-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 O
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 P
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.66 Å |
| 8G9X Cryo-EM structure of vFP49.02 Fab in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 (conformation 2) 提交 2023-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 O
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 P
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.46 Å |
| 8G9Y Cryo-EM structure of vFP49.02 Fab in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP.664 (conformation 3) 提交 2023-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 G
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
链 O
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 P
30–510（481 aa）
片段：UNP residues 30-510
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.28 Å |
| 8GAS vFP48.02 Fab in complex with BG505 DS-SOSIP Env trimer 提交 2023-02-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 D
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 J
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 K
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 8SW3 BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 12C11 and RM20A3 提交 2023-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8SW4 BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3 提交 2023-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 I
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly before freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8TGO Crystal structure of the BG505 triple tandem trimer gp140 HIV-1 Env in complex with PGT124 and 35O22 提交 2023-07-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 G
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 H
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 R
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
链 a
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 e
30–504（475 aa）
片段：UNP residues 30-504
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M sodium acetate, 0.2 M zinc acetate, 11.5 % w/v PEG3000, pH 4.83
|
分辨率 5.75 Å R-free 0.292 |
| 8TJR CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO HERH-a.01 FAB 提交 2023-07-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
30–504（475 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 8TJS CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO GPZ6-a.01 FAB 提交 2023-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 B
509–661（153 aa）
链 G
30–502（473 aa）
链 H
509–661（153 aa）
链 I
509–661（153 aa）
链 N
30–502（473 aa）
链 O
30–502（473 aa）
|
突变：I556P, T602C 突变：I556P, T602C 突变：I556P, T602C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 8TNG Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing llama nanobody R27 targeting the CD4-binding site 提交 2023-08-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8TNH Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing llama nanobody G36 targeting the CD4-binding site 提交 2023-08-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8TNI Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing bi-specific antibody CAP256L-R27 targeting the CD4-binding site and the V2-apex 提交 2023-08-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 8TOP Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with antibody GPZ6-b.01 targeting the fusion peptide 提交 2023-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 O
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 P
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 Q
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 R
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 S
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 T
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 82 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 8TOX Cryo-EM structure of BG505 Env mutant A517E in complex with antibody ACS202 Fab 提交 2023-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 G
30–504（475 aa）
链 I
30–504（475 aa）
|
突变：A517E, M535N, N543Q, T569G, I573F, R588E, D589V, S636G, N651F, K655I 突变：A517E, M535N, N543Q, T569G, I573F, R588E, D589V, S636G, N651F, K655I 突变：A517E, M535N, N543Q, T569G, I573F, R588E, D589V, S636G, N651F, K655I | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS with 0.1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8TQ1 HIV-1 BG505 Env SOSIP in complex with bovine Fab Bess4 and non-human primate Fab RM20A3 提交 2023-08-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric |
链 A
30–505（476 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 J
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8TTW Cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with temsavir, 8ANC195, and 10-1074 提交 2023-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 A
30–510（481 aa）
链 E
30–510（481 aa）
链 I
30–510（481 aa）
|
突变：A501C T332N E509R K510R A512R V513R 突变：A501C T332N E509R K510R A512R V513R 突变：A501C T332N E509R K510R A512R V513R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 83J 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-[4-methoxy-7-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl]ethane-1,2-dione × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8ULR Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 05_B08 Fabs 提交 2023-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
32–501（470 aa）
链 C
32–501（470 aa）
链 E
32–501（470 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ULS Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 01_D03 Fabs 提交 2023-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
32–501（470 aa）
链 C
32–501（470 aa）
链 E
32–501（470 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.20 Å |
| 8ULT Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 Fabs 提交 2023-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
32–501（470 aa）
链 C
32–501（470 aa）
链 E
32–501（470 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.80 Å |
| 8ULU Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 and PGDM1400 Fabs 提交 2023-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric |
链 A
32–501（470 aa）
链 C
32–501（470 aa）
链 E
32–501（470 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.80 Å |
| 8VFV HIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab 提交 2023-12-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
30–510（481 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 E
30–510（481 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 J
30–510（481 aa）
链 K
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9AUG Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3.G57R 提交 2024-02-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 B
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 C
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9AUH Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3 提交 2024-02-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 B
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 C
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9AUI Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA4 提交 2024-02-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 B
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 C
30–495（466 aa）
片段：d949.GS-gp120
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9AXD HIV BG505.v5.2 (N289/N241) SOSIP Env in Complex with gp120-Interface pAb from Rh.33203 提交 2024-03-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
507–661（155 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
507–661（155 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
507–661（155 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 40 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9AY6 HIV BG505.v5.2 (N289/N241) SOSIP Env in Complex with V5 pAb from Rh.33203 提交 2024-03-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
507–661（155 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
507–661（155 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
507–661（155 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9AYS HIV BG505.v5.2 (N289/N241) SOSIP Env in Complex with V5, gp120-Interface, and Anti-Immune Complex pAbs from Rh.33203 提交 2024-03-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
30–508（479 aa）
链 B
507–661（155 aa）
链 C
30–508（479 aa）
链 D
507–661（155 aa）
链 E
30–508（479 aa）
链 F
507–661（155 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 43 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 9AYV HIV CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with V1/V3 Epitope and Anti-Immune Complex pAbs from Rabbit 2474 提交 2024-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 B
507–661（155 aa）
链 D
507–661（155 aa）
链 F
507–661（155 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 9B8B RM038 Fab in complex with Apex-GT 6.2 trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-03-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
30–505（476 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 49 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9B8C RM018 Fab in complex with Apex GT 6.2 trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-03-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–504（475 aa）
链 D
30–504（475 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9BNK Cryo-EM structure of rhesus antibody V031-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP 提交 2024-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
515–661（147 aa）
链 B
515–661（147 aa）
链 C
515–661（147 aa）
链 E
31–503（473 aa）
链 F
31–503（473 aa）
链 G
31–503（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9BNM Cryo-EM structure of rhesus antibody 44715-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP 提交 2024-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
30–505（476 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 X
510–661（152 aa）
链 Y
510–661（152 aa）
链 Z
510–661（152 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 9BNP Cryo-EM structure of rhesus antibody V033-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP 提交 2024-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
32–502（471 aa）
链 B
517–661（145 aa）
链 E
32–502（471 aa）
链 F
517–661（145 aa）
链 I
32–502（471 aa）
链 J
517–661（145 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 9BTL Cryo-EM structure of rhesus antibody 41328-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP 提交 2024-05-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
510–661（152 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 F
510–661（152 aa）
链 I
30–505（476 aa）
链 J
510–661（152 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 9CF5 STRUCTURE OF CD4 MIMETIC CJF-III-288 IN COMPLEX WITH BG505 SOSIP.664 HIV-1ENV TRIMER AND 17B FAB 提交 2024-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
32–508（477 aa）
链 B
509–661（153 aa）
片段：residues 512-664 (509-661 Uniprot numbering)
链 C
32–508（477 aa）
链 D
509–661（153 aa）
片段：residues 512-664 (509-661 Uniprot numbering)
链 E
32–508（477 aa）
链 F
509–661（153 aa）
片段：residues 512-664 (509-661 Uniprot numbering)
|
突变：T332N, A501C, E509R, K510R, insertion of RR after residue 511 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, insertion of RR after residue 511 突变：I559P, T605C 突变：T332N, A501C, E509R, K510R, insertion of RR after residue 511 突变：I559P, T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 Y26 propyl (2R,3S)-2-(carbamimidamidomethyl)-3-[2-(4-chloro-3-fluoroanilino)(oxo)acetamido]-6-[(methylamino)methyl]-2,3-dihydro-1H-indole-1-carboxylate × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9D1W Cryo-EM structure of PGDM1400 Fab bound to HIV-1 BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer 提交 2024-08-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 a
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 b
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
链 c
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-661
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 9D3D Cryo-EM structure of PGT145 R100aS Fab bound to HIV-1 BG505 DS-SOSIP.664 Env trimer 提交 2024-08-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 B
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 a
509–661（153 aa）
片段：residues 512-664
链 b
509–661（153 aa）
片段：residues 512-664
链 c
509–661（153 aa）
片段：residues 512-664
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 9D8Y Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with one gp120 rotated, Population 4 提交 2024-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric |
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 E
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
|
突变：I559P,T605C 突变：I559P,T605C 突变：I559P,T605C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.06 Å |
| 9DMB Rhesus RHA10.01 Fab in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP trimer 提交 2024-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 F
30–509（480 aa）
链 K
30–509（480 aa）
链 L
30–509（480 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.27 Å |
| 9MI0 61-12A01 Fab in complex with HIV-1 GT1.1 v4.1 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9MIA 206-3G08 Fab in complex with HIV-1 GT1.1 v4.1 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9MIB 206-9C09 Fab in complex with HIV-1 GT1.1 v4.1 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric |
链 B
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 D
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
链 F
509–661（153 aa）
片段：UNP residues 509-611
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9MIH 273-4D01 Fab in complex with HIV-1 BG505 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-12-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9MII 253-7A03 Fab in complex with HIV-1 BG505 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab 提交 2024-12-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric |
链 A
30–505（476 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 E
30–505（476 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9MQG RM017 Fab in complex with Apex-GT6.2 trimer and RM20A3 Fab 提交 2025-01-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric |
链 B
509–661（153 aa）
链 E
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9O2Q BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 0 (unbound) 提交 2025-04-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
32–507（476 aa）
链 B
508–661（154 aa）
链 C
32–507（476 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 E
32–507（476 aa）
链 F
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 2.90 Å |
| 9O2R BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 1 (1 Fab bound) 提交 2025-04-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
32–507（476 aa）
链 B
508–661（154 aa）
链 C
32–507（476 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 E
32–507（476 aa）
链 F
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.00 Å |
| 9O2S BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 2 (2 Fabs bound) 提交 2025-04-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
32–507（476 aa）
链 B
508–661（154 aa）
链 C
32–507（476 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 E
32–507（476 aa）
链 F
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.20 Å |
| 9O2T BG505-DS SOSIP in complex with 007 bNAb Fabs - Class 3 (3 Fabs bound) 提交 2025-04-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
32–507（476 aa）
链 B
508–661（154 aa）
链 C
32–507（476 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 E
32–507（476 aa）
链 F
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force
|
分辨率 3.40 Å |
| 9O2U BG505 SOSIP in complex with 007 bNAb IgG1 - trimer-dimer class 提交 2025-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
32–507（476 aa）
链 B
508–661（154 aa）
链 C
32–507（476 aa）
链 D
508–661（154 aa）
链 E
32–507（476 aa）
链 F
508–661（154 aa）
链 O
32–507（476 aa）
链 P
508–661（154 aa）
链 Q
32–507（476 aa）
链 R
508–661（154 aa）
链 S
32–507（476 aa）
链 T
508–661（154 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9O8M Ab1983 in complex with HIV-1 Env variant WIN332 提交 2025-04-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 E
32–510（479 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 I
32–510（479 aa）
链 J
509–661（153 aa）
链 K
32–510（479 aa）
链 L
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |
| 9OED Ab1999 in complex with HIV-1 Env RC1 提交 2025-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
链 J
509–661（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；1X PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.94 Å |
| 9OGM BG505 MD39.3 Env gp151 MPER nanodisc in complex with 10E8, BG18 and VRC01 Fabs (1x 10E8 Fab) 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric |
链 A
30–504（475 aa）
链 B
30–504（475 aa）
链 C
30–504（475 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9OGT HIV-1 Env BG505 SOSIP.664-His in complex with PGT122 and 3BNC117 Fabs 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric |
链 A
30–505（476 aa）
链 C
30–505（476 aa）
链 E
30–505（476 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9OGU HIV-1 Env BG505 SOSIP.664-dPG-His in complex with PGT122 and 3BNC117 Fabs 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
|
突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9P6E N49P7-FR Fab in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM20A3 Fab 提交 2025-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：F516S, I556P, S558P, L565D, V567H, R582H, T602C 突变：F516S, I556P, S558P, L565D, V567H, R582H, T602C 突变：F516S, I556P, S558P, L565D, V567H, R582H, T602C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9P6G eN49P7-FRv1-23 Fab in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM20A3 Fab 提交 2025-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric |
链 B
509–661（153 aa）
链 D
509–661（153 aa）
链 F
509–661（153 aa）
|
突变：F516S, I556P, S558P, L565D, V567H, R582H, T602C 突变：F516S, I556P, S558P, L565D, V567H, R582H, T602C 突变：F516S, I556P, S558P, L565D, V567H, R582H, T602C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 5.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9PNI Cryo-EM structure of J601-1B2 Fab in complex with HIV-1 BG505 DS-SOSIP Env trimer 提交 2025-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 C
30–502（473 aa）
链 G
30–502（473 aa）
链 I
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS buffer supplemented with 0.1 mM DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 9PNN Cryo-EM structure of J601-A6 Fab in complex with HIV-1 BG505 DS-SOSIP Env trimer 提交 2025-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 C
30–502（473 aa）
链 G
30–502（473 aa）
链 I
30–502（473 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS + 0.005% (w/v) DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9Q0W Cryo-EM Structure of HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 Env Trimer Bound to DFPH-a.01_10R59P_LC Fab 提交 2025-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric |
链 A
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 C
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
链 E
30–505（476 aa）
片段：UNP residues 30-505
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YHO AJ09-21 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-09-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9YHQ AJ09-83 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-09-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YHR AJ09-110 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-09-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9YHT AM12-347 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-09-30 | 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9YIB AM12-351 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9YID AM12-352 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 9YIE NN39-25 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9YIF NN39-171 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9YIG V634-136 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9YIH V634-136 UCA Fab in complex with HIV-1 Env del4-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9YII V645-158 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9YIJ HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 9YIK HIV-1 Env del4-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–508（477 aa）
链 F
32–508（477 aa）
链 G
32–508（477 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9YIL HIV-1 Env del8-3fill SOSIP 提交 2025-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
509–661（153 aa）
链 B
509–661（153 aa）
链 C
509–661（153 aa）
链 E
32–510（479 aa）
链 F
32–510（479 aa）
链 G
32–510（479 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
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| UniProt名称 | Q2N0S6_9HIV1 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 3, 4 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 E； PDB构建体 1–479； UniProt 32–510 作者链 F； PDB构建体 1–479； UniProt 32–510 作者链 G； PDB构建体 1–479； UniProt 32–510 |
