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9ymm

Crystal structure of Glutamate--tRNA ligase (GltX) from Moraxella catarrhalis in complex with 5'-O-(N-Glutamyl)sulfamoyladeonosine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 159.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate--tRNA ligase

Moraxella catarrhalis

UniProt A0AB36DQE3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 55–552 链 B； UniProt 55–552 未记录 GSU O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 2 SO4 SULFATE ION × 20 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；Grid Salt HT B2: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M citrate pH 5.0, MocaA.01348.a.UX11.PS38771 at 26.6 mg/mL. 2mM ligand added prior to crystallization. Plate 20153 B2 drop 1 , Puck: PSL-0805, Cryo: 2.5 M ammonium sulfate. 分辨率 2.92 Å R-free 0.253
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 55–552 链 D； UniProt 55–552 未记录 GSU O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 2 SO4 SULFATE ION × 20 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；Grid Salt HT B2: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M citrate pH 5.0, MocaA.01348.a.UX11.PS38771 at 26.6 mg/mL. 2mM ligand added prior to crystallization. Plate 20153 B2 drop 1 , Puck: PSL-0805, Cryo: 2.5 M ammonium sulfate. 分辨率 2.92 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9YMM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZPG Crystal structure of Glutamate--tRNA ligase (GltX) from Moraxella catarrhalis (Apo) 提交 2025-12-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 55–552（498 aa）
链 B 55–552（498 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Grid Salt HT B10: 3.0M Ammonium Sulfate 0.1M HEPES pH 7.0, MocaA.01348.a.UX11.PS38771 at 26.6 mg/mL. plate 20153 B10 drop 2, Puck: PSL-1810, Cryo: 2.5 M ammonium sulfate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.261

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0AB36DQE3_MORCA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 22–519； UniProt 55–552 作者链 B； PDB构建体 22–519； UniProt 55–552 作者链 C； PDB构建体 22–519； UniProt 55–552 作者链 D； PDB构建体 22–519； UniProt 55–552

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ymm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ymm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ymm
沉积日期 deposition_date2025-10-10
最后修订 last_revision2025-10-22
结构标题 titleCrystal structure of Glutamate--tRNA ligase (GltX) from Moraxella catarrhalis in complex with 5'-O-(N-Glutamyl)sulfamoyladeonosine
关键词 keywordsSSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Glutamate--tRNA ligase (GltX), LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.79 Å
零角强度 I(0) i0698740000.00
分子量 molecular_weight218470.0 kDa
排除体积 excluded_volume272500 ų
包络体积 envelope_volume407000 ų
水化壳体积 shell_volume67469 ų
包络直径 envelope_diameter164.2 Å
壳层 Rg shell_rg56.16 Å
包络 Rg envelope_rg47.10 Å
形状 Rg shape_rg48.78 Å
总 Rg total_rg49.09 Å
总原子数 total_atoms15316
残基数 n_residues1897
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.3 Å
Rg (实空间) rg_real49.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real6.9870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal698900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8952
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.7 Å
偏度 Skewness skewness0.046
峰度 Kurtosis kurtosis-0.701
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38610000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.905
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)