9ysi

Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase theta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1818–2590	未记录	;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPAPAPTPGPAPCPAPGPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPCPTPGPTPCPAPTPTPG)-3') ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 A1CZ4 N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 3% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.211
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1818–2590	未记录	;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPAPAPTPGPAPCPAPGPCPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPCPTPGPTPCPAPTPTPG)-3') ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1CZ4 N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 3% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YSI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0Q Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP 提交 2014-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）片段：UNP residues 1815-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.90 Å R-free 0.316
4X0Q Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP 提交 2014-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1819–2590（772 aa）片段：UNP residues 1815-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.90 Å R-free 0.316
5A9F Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with ADP 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 67–894（828 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5AGA Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP 提交 2015-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 67–894（828 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 FLC CITRATE ANION × 4 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
5AGA Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP 提交 2015-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–894（828 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 FLC CITRATE ANION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6XBU polymerase domain of polymerase-theta 提交 2020-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1819–1860（42 aa）链 A 1068–1089（22 aa）链 A 1935–2145（211 aa）链 A 2176–2260（85 aa）链 A 2307–2512（206 aa）链 A 2527–2590（64 aa）	未记录	DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) Ethanol	分辨率 3.29 Å R-free 0.281
7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 AAA 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 CCC 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 AAA 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K7X 2-[5-bromanyl-3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy-~{N}-ethyl-~{N}-(3-methylphenyl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 CCC 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 DDD 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 EEE 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 FFF 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 AAA 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 CCC 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 DDD 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 EEE 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 FFF 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
8E23 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UAF N-methyl-N-phenyl[(3aM)-3-(trifluoromethyl)cyclopenta[c]pyrazol-2(1H)-yl]ethanethioamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate	分辨率 2.59 Å R-free 0.295
8E23 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate	分辨率 2.59 Å R-free 0.295
8E24 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UA6 2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenyl-N-[3-(pyridazin-3-yl)prop-2-yn-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, 2% glycerol	分辨率 2.34 Å R-free 0.266
8E24 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UA6 2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenyl-N-[3-(pyridazin-3-yl)prop-2-yn-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, 2% glycerol	分辨率 2.34 Å R-free 0.266
8GD7 Loop Deleted DNA Polymerase Theta Polymerase Domain in Complex with Double Strand DNA Overhang and Inhibitor 提交 2023-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 Z5X 2-(3-methyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)methylcarbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；0.24 M Sodium citrate, 18% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane pH 7.5	分辨率 3.24 Å R-free 0.244
8W0A Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with ssDNA, dimer form 提交 2024-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9ASJ Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with AMP-PNP, dimer form 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–894（894 aa）链 B 1–894（894 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9ASK Human DNA polymerase theta helicase domain dimer, apo-form 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–894（894 aa）链 B 1–894（894 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9ASL Human DNA polymerase theta helicase domain tetramer, apo-form 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–894（894 aa）链 B 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）链 D 1–894（894 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9AU5 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a cognate C:G base pair 提交 2024-02-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9AU8 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a mismatched T:T base pair 提交 2024-02-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9AU9 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a mismatched T:G base pair 提交 2024-02-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9BH6 Human DNA polymerase theta helicase domain tetramer in the apo form 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）链 C 2–894（893 aa）链 D 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane pool cooled by liquid nitrogen using a manual plunge freezer.	分辨率 3.30 Å
9BH7 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer in the apo form 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane pool cooled by liquid nitrogen using a manual plunge freezer.	分辨率 3.50 Å
9BH8 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology searching conformation 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.60 Å
9BH9 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology aligning conformation 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted for 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.50 Å
9BHA Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology annealed conformation 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.50 Å
9BP9 Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with inhibitor AB25583, dimer form 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）	未记录	WCN (4P)-N-{5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-4-(2-methoxyphenyl)pyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9BPA Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with inhibitor AB25583, tetramer form 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）链 E 1–894（894 aa）链 G 1–894（894 aa）	未记录	WCN (4P)-N-{5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-4-(2-methoxyphenyl)pyridine-3-carboxamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9C5Q Human DNA polymerase theta helicase domain in microhomology annealed state 2, dimer form 提交 2024-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 68–891（824 aa）链 C 68–891（824 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9D6N Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor 提交 2024-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2C 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate	分辨率 2.43 Å R-free 0.237
9D6N Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor 提交 2024-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2C 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate	分辨率 2.43 Å R-free 0.237
9D6O Loop-Deleted DNA Polymerase Theta Polymerase Domain in Complex with a dsDNA Overhang and an Allosteric Inhibitor 提交 2024-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2D 2-[3-(2-hydroxyethyl)-2-oxoimidazolidin-1-yl]-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 18% (w/v) PEG 3350, 0.29M Sodium Tartrate	分辨率 3.31 Å R-free 0.234
9OSW Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 19, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog 提交 2025-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 C 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 D 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain	未记录	A1CER (3M)-2'-chloro-N-{5-[(1S,2S)-2-(4-cyanophenyl)cyclopropyl]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-5'-methoxy[3,4'-bipyridine]-4-carboxamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL drop of sample suspension is applied to an EM grid that has been plasma-cleaned using a Gatan Solarus. After blotting the sample away with filter paper, grids are plunge-frozen in liquid ethane. Grids are stored under liquid nitrogen until transferred to the transmission electron microscope for imaging.	分辨率 2.67 Å
9OSY Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 36, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog 提交 2025-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 C 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 D 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain	未记录	A1CEQ (2P)-N-[5-(cyclopropylethynyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]-2-[2-(difluoromethyl)-5-methoxypyridin-4-yl]-4-[(4-hydroxyoxan-4-yl)ethynyl]benzamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL drop of sample suspension is applied to an EM grid that has been plasma-cleaned using a Gatan Solarus. After blotting the sample away with filter paper, grids are plunge-frozen in liquid ethane. Grids are stored under liquid nitrogen until transferred to the transmission electron microscope for imaging.	分辨率 2.90 Å
9YSH Allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1CZX N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；14% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 6% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.71 Å R-free 0.251
9YSH Allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1CZX N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；14% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 6% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.71 Å R-free 0.251

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLQ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–668； UniProt 1818–2590 作者链 D； PDB构建体 2–668； UniProt 1818–2590

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ysi
沉积日期 deposition_date	2025-10-18
最后修订 last_revision	2026-05-20
结构标题 title	Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta
关键词 keywords	inhibitor, complex, DNA BINDING PROTEIN, DNA-TRANSFERASE-INHIBITOR complex; DNA/TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.88 Å
零角强度 I(0) i0	782932000.00
分子量 molecular_weight	147810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140000 Å³
包络体积 envelope_volume	263190 Å³
水化壳体积 shell_volume	53205 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.43 Å
包络 Rg envelope_rg	42.43 Å
形状 Rg shape_rg	42.90 Å
总 Rg total_rg	42.95 Å
总原子数 total_atoms	11070
残基数 n_residues	1349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	782700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8416
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.476
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.454
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.754; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.861; Smooth: 0.814

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase theta
分子量 formula_weight	75200.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11962

GASSSSESLSIIDVASDQNLFQTFIKEWRCKKRFSISLACEKIRSLTSSKTGFPIKGCDDTLVVGLAVCWGGRDAYYFSLQKESLDPSLTLKDRMWYLQSCLRKESDKECSVVIYDFIQSYKILLLSCGISLEQSYEDPKVACWLLDPDSQEPTLHSIVTSFLPHELPLLEGMETSQGIQSLGLNAGSEHSGRYRASVESILIFNSMNQLNSLLQKENLQDVFRKVEMPSQYCLALLELNGIGFSTAECESQKHIMQAKLDAIETQAYQLAGHSFSFTSSDDIAEVLFLELKLPPNRELGRQFSTSKDVLNKLKALHPLPGLILEWRRITNAITKVVFPLQREKCLNPFLGMERIYPVSQSHTATGRITFTEPNIQNVPRDFEIKMPTLADRGMPFSISMRHAFVPFPGGSILAADYSQLELRILAHLSHDRRLIQVLNTGADVFRSIAAEWKMIEPESVGDDLRQQAKQICYGIIYGMGAKSLGEQMGIKENDAACYIDSFKSRYTGINQFMTETVKNCKRDGFVQTILGRRRYLPGIKDNNPYRKAHAERQAINTIVQGSAADIVKIATVNIQKQLETFHSTFKSHGHREGMLQSDQTGGMFCPIRGGFFILQLHDELLYEVAEEDVVQVAQIVKNEMESAVKLSVKLKVKVKIGASWGELKDFDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPCPCPAPAPTPGPAPCPAPGPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5157.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

CGTCCAATGACAGCCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPCPTPGPTPCPAPTPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3998.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GCGGCTGTCATTG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide
分子量 formula_weight	625.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	892

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	248.522 Å
晶胞边长 b length_b	66.621 Å
晶胞边长 c length_c	151.914 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	60.970 Å
R 因子 r_factor	0.1772
R_work r_work	0.1754
R_free r_free	0.2107

fit	/app/data/saxs_computation/ys/9ysi/9ysi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/9ysi/9ysi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/9ysi/9ysi.dat

Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase theta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)