SAXSdb — 9ysp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

dCTP pyrophosphatase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–130 链 B； UniProt 21–130 链 C； UniProt 21–130 链 D； UniProt 21–130	未记录	4-(4-chlorophenyl)-6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-(methylsulfanyl)pyrimidine-5-carbonitrile × 4 MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.75 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YSP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7MU5 Human DCTPP1 bound to Triptolide 提交 2021-05-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–130（110 aa）链 C 21–130（110 aa）链 E 21–130（110 aa）链 G 21–130（110 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 TLI triptolide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Tris 7.5; 8% PEG3350; 300mM Proline	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
7MU5 Human DCTPP1 bound to Triptolide 提交 2021-05-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–130（110 aa）链 D 21–130（110 aa）链 F 21–130（110 aa）链 H 21–130（110 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 TLI triptolide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Tris 7.5; 8% PEG3350; 300mM Proline	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
9YSM Human DCTPP1 bound to MPD 提交 2025-10-19	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–130（110 aa）链 B 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.81 Å R-free 0.223
9YSM Human DCTPP1 bound to MPD 提交 2025-10-19	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 21–130（110 aa）链 D 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.81 Å R-free 0.223
9YSN Human DCTPP1 bound to a Class I inhibitor 提交 2025-10-19	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–130（110 aa）链 B 21–130（110 aa）链 C 21–130（110 aa）链 F 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
9YSN Human DCTPP1 bound to a Class I inhibitor 提交 2025-10-19	结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 21–130（110 aa）链 E 21–130（110 aa）链 G 21–130（110 aa）链 H 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
9YSO Human DCTPP1 bound to a Class II inhibitor 提交 2025-10-19	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–130（110 aa）链 C 21–130（110 aa）链 E 21–130（110 aa）链 G 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.214
9YSO Human DCTPP1 bound to a Class II inhibitor 提交 2025-10-19	结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–130（110 aa）链 D 21–130（110 aa）链 F 21–130（110 aa）链 H 21–130（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.214

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCTP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 21–130 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 21–130 作者链 C； PDB构建体 1–110； UniProt 21–130 作者链 D； PDB构建体 1–110； UniProt 21–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ysp
沉积日期 deposition_date	2025-10-19
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	Human DCTPP1 bound to a Class III inhibitor
关键词 keywords	Inhibitor, pyrophosphatase, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.58 Å
零角强度 I(0) i0	41260700.00
分子量 molecular_weight	50249.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63003 Å³
包络体积 envelope_volume	72533 Å³
水化壳体积 shell_volume	27064 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.19 Å
包络 Rg envelope_rg	21.80 Å
形状 Rg shape_rg	21.48 Å
总 Rg total_rg	22.76 Å
总原子数 total_atoms	7012
残基数 n_residues	425
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6658
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.307; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	dCTP pyrophosphatase 1
分子量 formula_weight	12686.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7315

GRFSFSPEPTLEDIRRLHAEFAAERDWEQFHQPRNLLLALVGEVGELAELFQWKTDGEPGPQGWSPRERAALQEELSDVLIYLVALAARCRVDLPLAVLSKMDINRRRYP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(4-chlorophenyl)-6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-(methylsulfanyl)pyrimidine-5-carbonitrile
分子量 formula_weight	389.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	303

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.959 Å
晶胞边长 b length_b	80.964 Å
晶胞边长 c length_c	99.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	29.310 Å
R 因子 r_factor	0.1662
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.1907

fit	/app/data/saxs_computation/ys/9ysp/9ysp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/9ysp/9ysp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/9ysp/9ysp.dat

Human DCTPP1 bound to a Class III inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

dCTP pyrophosphatase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction