SAXSdb — 9yzz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	聚集状态	实体与构建体证据	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：dimeric	实体 1：Trastuzumab Light Chain × 1 实体 2：Trastuzumab Heavy Chain × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间	实体 2突变：A175C	CO COBALT (II) ION × 2 A1CZS N-({[4-({N-[3-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)propanoyl]-L-alanyl-L-alanyl}amino)phenyl]methoxy}carbonyl)-N-methyl-L-valyl-N-[(3R,4S,5S)-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-3-{[(1S,2R)-1-hydroxy-1-phenylpropan-2-yl]amino}-1-methoxy-2-methyl-3-oxopropyl]pyrrolidin-1-yl}-3-methoxy-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.09 M HEPES, pH 7.5, 0.0045 M cadmium chloride, 0.0045 M cobalt(II) chloride, 0.0045 M magnesium chloride, 0.0045 M nickel(II) chloride, 10.8% PEG3350, 4% 1,3-butanediol	分辨率 2.42 Å R-free 0.289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yzz
沉积日期 deposition_date	2025-10-30
结构标题 title	Crystal structure of Trastuzumab Fab conjugated to Linker-Payload
关键词 keywords	Trastuzumab, ADC, Fab, IgG1, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.97 Å
零角强度 I(0) i0	67361700.00
分子量 molecular_weight	42652.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41026 Å³
包络体积 envelope_volume	70422 Å³
水化壳体积 shell_volume	24685 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.04 Å
包络 Rg envelope_rg	23.68 Å
形状 Rg shape_rg	23.95 Å
总 Rg total_rg	24.60 Å
总原子数 total_atoms	3221
残基数 n_residues	421
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	79.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trastuzumab Light Chain
分子量 formula_weight	25455.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3221

MGWSCIILFLVATATGVHSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Trastuzumab Heavy Chain
分子量 formula_weight	26010.3 kDa
突变 mutation	A175C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPCVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;N-({[4-({N-[3-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)propanoyl]-L-alanyl-L-alanyl}amino)phenyl]methoxy}carbonyl)-N-methyl-L-valyl-N-[(3R,4S,5S)-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-3-{[(1S,2R)-1-hydroxy-1-phenylpropan-2-yl]amino}-1-methoxy-2-methyl-3-oxopropyl]pyrrolidin-1-yl}-3-methoxy-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide ;
分子量 formula_weight	1162.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.902 Å
晶胞边长 b length_b	64.941 Å
晶胞边长 c length_c	83.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	129.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	64.290 Å
R 因子 r_factor	0.2437
R_work r_work	0.2411
R_free r_free	0.2887

fit	/app/data/saxs_computation/yz/9yzz/9yzz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yz/9yzz/9yzz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yz/9yzz/9yzz.dat

Crystal structure of Trastuzumab Fab conjugated to Linker-Payload

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)