9z0f
Crystal structure of Trastuzumab Fc conjugated to Linker-Payload
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。
七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。
当前条目的 assembly 组成
| Assembly | 聚集状态 | 实体与构建体证据 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 异源复合物 蛋白 2 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric | 实体 1：Trastuzumab Fc × 1 实体 2：Trastuzumab Fc × 1 实体 3：;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 实体 4：;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 实体 1突变：S375C 实体 2突变：S375C | A1CZS N-({[4-({N-[3-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)propanoyl]-L-alanyl-L-alanyl}amino)phenyl]methoxy}carbonyl)-N-methyl-L-valyl-N-[(3R,4S,5S)-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-3-{[(1S,2R)-1-hydroxy-1-phenylpropan-2-yl]amino}-1-methoxy-2-methyl-3-oxopropyl]pyrrolidin-1-yl}-3-methoxy-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M MES, pH 6.5, 5% v/v MPD, 15% w/v PEG6000 | 分辨率 2.46 Å R-free 0.272 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 9z0f |
| 沉积日期 deposition_date | 2025-10-31 |
| 结构标题 title | Crystal structure of Trastuzumab Fc conjugated to Linker-Payload |
| 关键词 keywords | Trastuzumab, ADC, Fc, IgG1, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 25.89 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 24.93 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 78244400.00 |
| 分子量 molecular_weight | 46449.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 45030 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 80223 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 26756 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 77.7 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 32.20 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 24.49 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 24.92 Å |
| 总 Rg total_rg | 25.57 Å |
| 总原子数 total_atoms | 3511 |
| 残基数 n_residues | 414 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 77.0 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 25.75 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.48 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 7.8240e+07 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 9.1140e+05 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 25.79 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 78250000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.9180 |
| 解质量评级 solution_quality | EXCELLENT a EXCELLENT solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 35.4 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.057 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.674 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.3050 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 7943000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 62 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.992 |