SAXSdb — 9z3q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Human gammaherpesvirus 8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 23–698	未记录	MLKH10 Light chain FV × 1 MLKH10 Heavy chain FV × 1 MLKH3 Light chain FV × 1 MLKH3 Heavy chain FV × 1 Envelope glycoprotein L × 1 （F5HDB7）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；1x TBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GH_HHV8P
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 27–702； UniProt 23–698

Envelope glycoprotein L

Human gammaherpesvirus 8

UniProt F5HDB7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 21–167	未记录	MLKH10 Light chain FV × 1 MLKH10 Heavy chain FV × 1 MLKH3 Light chain FV × 1 MLKH3 Heavy chain FV × 1 Envelope glycoprotein H × 1 （F5HAK9）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；1x TBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GL_HHV8P
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 30–176； UniProt 21–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9z3q
沉积日期 deposition_date	2025-11-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH3 and MLKH10 FABs
关键词 keywords	KSHV, glycoprotein, Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.47 Å
零角强度 I(0) i0	269249000.00
分子量 molecular_weight	133950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167770 Å³
包络体积 envelope_volume	218890 Å³
水化壳体积 shell_volume	48437 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.04 Å
包络 Rg envelope_rg	38.61 Å
形状 Rg shape_rg	38.45 Å
总 Rg total_rg	38.80 Å
总原子数 total_atoms	9433
残基数 n_residues	1192
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	269200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8887
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.334
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.898

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MLKH10 Light chain FV
分子量 formula_weight	12427.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9433

DIVMTQSPDSLSVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRGSGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYNSPRFGGWTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MLKH10 Heavy chain FV
分子量 formula_weight	13144.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLLESGGGVVRPGGSLRLSCAASGFTFDDYGMSWVRQSPGKGLEWVSGINWNGGSLSYADSIQGRFTISRDNAENSLYLQMHSLRAEDTALYYCARVQGSGSYNNFDYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MLKH3 Light chain FV
分子量 formula_weight	11538.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIQLTQSPSSVSASVGDRVTISCRASQGISSWLVWYQQKPGKAPKPLIYAASSLQNGVPARFSGSGSGTDFTLTINSLQPEDFATYYCQQANSFPYTFGQGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	MLKH3 Heavy chain FV
分子量 formula_weight	13088.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

EVQLVQSGPEVKKPGSSVKVSCKASGDSFSSNTISWVRQAPGQGLEWMGRLITILGTANYAQKFQGRVTITADETATTAYMELSSLRSEDTAIYYCAISEGGYTYDSGSYIWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	80917.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASATGALPTTATTITRSATQLINGRTNLSIELEFNGTSFFLNWQNLLNVITEPALTELWTSAEVAEDLRVTLKKRQSLFFPNKTVVISGDGHRYTCEVPTSSQTYNITKGFNYSALPGHLGGFGINARLVLGDIFASKWSLFARDTPEYRVFYPMNVMAVKFSISIGNNESGVALYGVVSEDFVVVTLHNRSKEANETASHLLFGLPDSLPSLKGHATYDELTFARNAKYALVAILPKDSYQTLLTENYTRIFLNMTESTPLEFTRTIQTRIVSIEARRACAAQEAAPDIFLVLFQMLVAHFLVARGIAEHRFVEVDCVCRQYAELYFLRRISRLCMPTFTTVGYNHTTLGAVAATQIARVSATKLASLPRSSQETVLAMVQLGARDGAVPSSILEGIAMVVEHMYTAYTYVYTLGDTERKLMLDIHTVLTDSCPPKDSGVSEKLLRTYLMFTSMCTNIELGEMIARFSKPDSLNIYRAFSPCFLGLRYDLHPAKLRAEAPQSSALTRTAVARGTSGFAELLHALHLDSLNLIPAINCSKITADKIIATVPLPHVTYIISSEALSNAVVYEVSEIFLKSAMFISAIKPDCSGFNFSQIDRHIPIVYNISTPRRGCPLCDSVIMSYDESDGLQSLMYVTNERVQTNLFLDKSPFFDNNNLHIHYLWLRDNGTVVEIRGMYGSGSGHHHHHHGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Human gammaherpesvirus 8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37296
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	18815.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASDGIQYVALPCCAIQASAASTLPLFFAVHSIHFADPNHCNGVCIAKLRSKTGDITVETCVNGFNLRSFLVAVVRRLGSWASQENLRLLWYLQRSLTAYTVGFNATTADSSIHNVNIIIISVGKAMNRTGSVSGSQTRAKSSSRRAHAGQKGK

来源 Source

来源生物 organism	Human gammaherpesvirus 8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37296
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	75257

fit	/app/data/saxs_computation/z3/9z3q/9z3q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/9z3q/9z3q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/9z3q/9z3q.dat

Cryo-EM structure of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH3 and MLKH10 FABs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)