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9z7u

Human Stomatin - C8 Symmetry

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 153.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stomatin

物种未注明

UniProt P27105

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 25–280 链 C； UniProt 25–280 链 E； UniProt 25–280 链 F； UniProt 25–280 链 G； UniProt 25–280 链 H； UniProt 25–280 链 J； UniProt 25–280 链 K； UniProt 25–280 链 M； UniProt 25–280 链 N； UniProt 25–280 链 P； UniProt 25–280 链 Q； UniProt 25–280 链 S； UniProt 25–280 链 T； UniProt 25–280 链 V； UniProt 25–280 链 W； UniProt 25–280 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9Z7U Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7WH3 Solution structure of human stomatin SPFH domain in a phosphate buffer 提交 2021-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 94–202（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1
NMR样品组成 100 uM [U-100% 15N] SPFH domain from stomatin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] SPFH domain from stomatin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 600 uM [U-100% 13C] SPFH domain from stomatin, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9OH9 Human Stomatin Complex in Native Membrane Vesicles 提交 2025-05-03 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 A 2–288（287 aa）
链 B 2–288（287 aa）
链 C 2–288（287 aa）
链 D 2–288（287 aa）
链 E 2–288（287 aa）
链 F 2–288（287 aa）
链 G 2–288（287 aa）
链 H 2–288（287 aa）
链 I 2–288（287 aa）
链 J 2–288（287 aa）
链 K 2–288（287 aa）
链 L 2–288（287 aa）
链 M 2–288（287 aa）
链 N 2–288（287 aa）
链 O 2–288（287 aa）
链 P 2–288（287 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
9ZD2 C1 local refinement of aquaporin 1 bound to endogenous human stomatin 提交 2025-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 E 25–200（176 aa）
链 F 25–200（176 aa）
链 G 25–200（176 aa）
链 H 25–200（176 aa）
链 I 25–200（176 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9ZD5 Human Stomatin - intramembrane region 提交 2025-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 25–200（176 aa）
链 G 25–200（176 aa）
链 H 25–200（176 aa）
链 I 25–200（176 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 12 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 4 S1P (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STOM_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 C； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 E； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 F； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 G； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 H； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 J； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 K； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 M； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 N； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 P； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 Q； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 S； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 T； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 V； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280 作者链 W； PDB构建体 19–274； UniProt 25–280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9z7u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9z7u
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9z7u
沉积日期 deposition_date2025-11-17
结构标题 titleHuman Stomatin - C8 Symmetry
关键词 keywordsOligomer, C8 symmetry, scaffold, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.88 Å
零角强度 I(0) i02903830000.00
分子量 molecular_weight467700.0 kDa
排除体积 excluded_volume592080 ų
包络体积 envelope_volume1026300 ų
水化壳体积 shell_volume140420 ų
包络直径 envelope_diameter162.0 Å
壳层 Rg shell_rg68.18 Å
包络 Rg envelope_rg55.56 Å
形状 Rg shape_rg58.93 Å
总 Rg total_rg58.93 Å
总原子数 total_atoms32864
残基数 n_residues4360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.4 Å
Rg (实空间) rg_real58.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2907000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8464
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary79.5 Å
偏度 Skewness skewness-0.127
峰度 Kurtosis kurtosis-0.811
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha100400000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)