9za2

cryoEM structure of COMMD-like protein S4Y171 octamer

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 132.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein

Sorangium cellulosum So0157-2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–226 链 B； UniProt 1–226 链 C； UniProt 1–226 链 D； UniProt 1–226 链 E； UniProt 1–226 链 F； UniProt 1–226 链 G； UniProt 1–226 链 H； UniProt 1–226	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S4XVP2_SORCE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 B； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 C； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 D； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 E； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 F； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 G； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226 作者链 H； PDB构建体 7–232； UniProt 1–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9za2
沉积日期 deposition_date	2025-11-19
结构标题 title	cryoEM structure of COMMD-like protein S4Y171 octamer
关键词 keywords	Commd-like, octamer, bacterial, Commd, Commander, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.93 Å
零角强度 I(0) i0	469068000.00
分子量 molecular_weight	173190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	216190 Å³
包络体积 envelope_volume	348390 Å³
水化壳体积 shell_volume	69914 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.39 Å
包络 Rg envelope_rg	40.06 Å
形状 Rg shape_rg	41.94 Å
总 Rg total_rg	42.21 Å
总原子数 total_atoms	24552
残基数 n_residues	1584
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	469200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8736
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.057
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.919

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28401

描述 description	COMM domain-containing protein
分子量 formula_weight	29816.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	24552

来源生物 organism	Sorangium cellulosum So0157-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1254432
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/za/9za2/9za2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/za/9za2/9za2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/za/9za2/9za2.dat

cryoEM structure of COMMD-like protein S4Y171 octamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)