SAXSdb — 9zd5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stomatin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 25–200 链 G； UniProt 25–200 链 H； UniProt 25–200 链 I； UniProt 25–200	未记录	PLM PALMITIC ACID × 12 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 4 S1P (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZD5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7WH3 Solution structure of human stomatin SPFH domain in a phosphate buffer 提交 2021-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 94–202（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 100 uM [U-100% 15N] SPFH domain from stomatin, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] SPFH domain from stomatin, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 600 uM [U-100% 13C] SPFH domain from stomatin, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
9OH9 Human Stomatin Complex in Native Membrane Vesicles 提交 2025-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 A 2–288（287 aa）链 B 2–288（287 aa）链 C 2–288（287 aa）链 D 2–288（287 aa）链 E 2–288（287 aa）链 F 2–288（287 aa）链 G 2–288（287 aa）链 H 2–288（287 aa）链 I 2–288（287 aa）链 J 2–288（287 aa）链 K 2–288（287 aa）链 L 2–288（287 aa）链 M 2–288（287 aa）链 N 2–288（287 aa）链 O 2–288（287 aa）链 P 2–288（287 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
9Z7U Human Stomatin - C8 Symmetry 提交 2025-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 25–280（256 aa）链 C 25–280（256 aa）链 E 25–280（256 aa）链 F 25–280（256 aa）链 G 25–280（256 aa）链 H 25–280（256 aa）链 J 25–280（256 aa）链 K 25–280（256 aa）链 M 25–280（256 aa）链 N 25–280（256 aa）链 P 25–280（256 aa）链 Q 25–280（256 aa）链 S 25–280（256 aa）链 T 25–280（256 aa）链 V 25–280（256 aa）链 W 25–280（256 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.00 Å
9ZD2 C1 local refinement of aquaporin 1 bound to endogenous human stomatin 提交 2025-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 25–200（176 aa）链 F 25–200（176 aa）链 G 25–200（176 aa）链 H 25–200（176 aa）链 I 25–200（176 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 4 CLR CHOLESTEROL × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STOM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 19–194； UniProt 25–200 作者链 G； PDB构建体 19–194； UniProt 25–200 作者链 H； PDB构建体 19–194； UniProt 25–200 作者链 I； PDB构建体 19–194； UniProt 25–200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zd5
沉积日期 deposition_date	2025-11-24
结构标题 title	Human Stomatin - intramembrane region
关键词 keywords	Oligomer, C8 symmetry, scaffold, MEMBRANE PROTEIN, intramembrane region; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.75 Å
零角强度 I(0) i0	103468000.00
分子量 molecular_weight	90171.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116960 Å³
包络体积 envelope_volume	154930 Å³
水化壳体积 shell_volume	37926 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.58 Å
包络 Rg envelope_rg	33.82 Å
形状 Rg shape_rg	33.72 Å
总 Rg total_rg	34.50 Å
总原子数 total_atoms	6340
残基数 n_residues	776
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8972
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.857

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Stomatin
分子量 formula_weight	21128.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,E,G,H
原子数 atom_count	6340

XXXXXXXXXXXXXXXXXXKGLGPCGWILVAFSFLFTVITFPISIWMCIKIIKEYERAIIFRLGRILQGGAKGPGLFFILPCTDSFIKVDMRTISFDIPPQEILTKDSVTISVDGVVYYRVQNATLAVANITNADSATRLLAQTTLRNVLGTKNLSQILSDREEIAHNMQSTLDDATDAWGIKVERVEIKDVKLP

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	379.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2151648

fit	/app/data/saxs_computation/zd/9zd5/9zd5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zd/9zd5/9zd5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zd/9zd5/9zd5.dat

Human Stomatin - intramembrane region

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stomatin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D