9zd7

The cryo-EM structure of Pakpunavirus P7-1 short tail fiber (gp92) bound to the extended baseplate

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	物理组成	蛋白状态	蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	81 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zd7
沉积日期 deposition_date	2025-11-25
结构标题 title	The cryo-EM structure of Pakpunavirus P7-1 short tail fiber (gp92) bound to the extended baseplate
关键词 keywords	Pakpunavirus P7-1; Cryo-EM, in situ, structure; tail fiber; VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zd7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zd7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	148.80 Å
总 Rg	148.50 Å
原子数	174969
残基数	22896
排除体积	3101700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zd7__assembly_1__model_1`	81-meric （81）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	gp88
分子量 formula_weight	52425.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,L,M,N,V,W,X,f,g,h,o,u
原子数 atom_count	174969

MAGITAEGLTIKDLDQILTDYRNVASQVFADLVSTGDEVDTSGNSALGRLIGVVAPSDEAIWEVIQMVYNSFNPAAATGVALDNLVSFSAISRHAARPTRAQVVLEGNINTVINSPPAKMISSSTGRVFHLLQGVILTPKACSGVGIFPQTVGNDLTYELKMYVDDINTTSIKYTSPATGTVTSESILAGLAADVATNHGNTLTSYEQNGILFIVPIDPFNTKTFEEASNLSIQKVRKLGIAVDDVIGPVPQQALAIDTISIPIAGWDSVINPVPAITGRLRETDDELRERFRNSKFVQATNILESLIDGLMNVEGVEDVRIIENDTDNPDPVHGVPGHSFLPIVLGGIPTEVAQSIWLNKPFGIGSVGDTEVQVVDSRGYTHRVNYQRPVEVPIEIKISVTNTGSMPENIEDILRPRIVAYGTENYKIGDDVIYSRFYAPIMEIPGFQVNSLTIAKKGQTQGMANIEIGFKEVATFAAADITVTTV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	gp89
分子量 formula_weight	26698.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,O,Y,i,p,v

MAVNQFDREDYLEVARERVTEQFKEKPIFDRFLQVLLSGKFDIQNALEDLQTLRSLDTATGKQLDIIGDIVGRPRGLVYQDIFNYFGFAGTERAGSFGSLSDPTVGAPWYSVGAPTGNAREPSDEEYRMILKAKIIKNRTNSTPEQVIEAYKFVFGVPEVFLEEYAPAAVRIGIGKILTNVERSLLFDLGGAGALLPKTIGVNYTYTEFQAGRVFATEGFPGGQGVGDLNDPTVGGILTNLVT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	gp83
分子量 formula_weight	28575.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F

MTIAIKRENGDLIWFDAVTEFGRQYRGSVSSNPIETGGKITDHITTENPVFTLTAVVSDADFNLNRPVINDNEAQTYKINNKEFVNTQPVTIPAVISTSRLDPSRIFPEVITQFIPPEIPSATVLPQKGDKVAYDIERQLIDMQRNAEVFSLLDFRDGIIWDQIERCIFTDLSFTENAETGSSLQPRMTIEAVTFTDTRYVEVRVNKGRKTAKKEKRDTKEGDTGASNATSQDSPTFKRSQMKEAQIRTQVAR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	gp79
分子量 formula_weight	17714.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,Q,a,k,q,w

MANTVLTYSPSDVKIVLCGYALTGVVSFEMSWLSRPYTMVRGIRGHHTRVFNRDLSAQIRIEVLQTSVSNDAFFSLVEQDRRTQSARITLSVKDTHGSTMMSTDNAYVNGYPSITFTDGIENRVWTIDVLDWTDGTVGGNQQVGFDVFGTVQGALSYLR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	gp78
分子量 formula_weight	18265.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,R,b,l,r,x

MITTYSPRDVVVTLAGIHSVTGYAEGEFIRIVKDIKPFIKHGSMDGEIARVYNKDQGWRVELTIMQSSPTNDILSMLYNVDIATRMGKFPLMIKDTKGSTSFLALTAWVEDLPRVSFSGQLETRTWILGCSEVAMNIGGNVDQSLVEQAILLGSSLLPALTQFGGF

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	gp84
分子量 formula_weight	13870.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,S,c,m,s,y

STTYIDTLPLYQDRKYRYAVAIEGISRVLQFYWNSRSRQWHMDIFDEELNPILTGLAVVPQYPIMADYAMQHIGFNGYFLLMPVNLEQVQYKHDASDIVPQFFELLYVNVDLEDDVE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	gp87
分子量 formula_weight	14196.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,U,e,n,t,z

MDLFVNPDTHDLVFINGEAPVTQRMVDIVAQRLKIKLYTFLGEWFLDDRIGIPYFERILGKSRSLPAVDAIFQSEIMRDPGVLEITSWQSGIDPHTREYSMEFTVRTTDNTESLPITFRMIGV

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	tail tip gp86
分子量 formula_weight	26712.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Z,j

MRRTGLQELLNLHSSTEGSKQYTAIPCVVLRVLDDFRRLSVDVRPVVNDLYKDGTSEEQPEILSVPVIMPGTANTLISFPLNVGDTVLCVFSQRTMDVFKGSATGQPHTPNDLRKFNMADAIAIPGLFTFPRSMNDPARHSWPHDTKDLTIAHNLMTGQEAEVRIKANGDILINSRKTISINAQNVNVKCASLTVDAAHTTWNGNIAHTGNYVQTGGTSTFNGIPFHTHKHGGVMPGGGVTAVPQA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	gp85
分子量 formula_weight	33881.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,T,d

MKQYDRVYKLTLGNTESGQGVEITNLHPDGSLNREGLQFRFDISKSSDNKKSGNSATVEIYNLSIATLNILETEYLTCRLEVGYKEMGTSVVLDGNVVETSTRKSGNDYVTQLILGEGYTALTETKLKGTVSPGKTVKDVIEEIRLQMPGVDRGAYTGLNCNNPIMYGYQLRGLAKDALNSVCEANNIEWNISGNVLNVTDVNGPTTKSVQMAPLVNRETGLIDIPFYASASGTAQKKDQRRRRGVQFKCLLNPELTPGVLVRVESDRLSGTFRINNVRISGGYRDNEWYTECWCSDLNQEDIDQ

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	gp88
分子量 formula_weight	86017.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4,2,3,5,6,7,8,9,AA

MITERIAQLTGELKFTVDSRPLTAFDKKLAGVEARLREFSKLTNKRFGVKLTLDTKTLREELAKAATQRVVLKNIAVDAAAVRLISEKLQERLNATPIRLKSVRLDLSGIRDQKNFVKTALGQTKVDLPVELGLAQASRTLYEWKKRTESRFKIHLNADISRSKLLQNARNTLRDVQGRLNGLAVATPQIRLSVDRAHLRREIQDVLEQIRREVRIRIDLESSIRGGGAGGSRGTAGHIRQGMGMGIGSELAGWGRGFIPGLGGAFAIMQLNRANQELQGQRLAMQAVGGGVQGGQELQATLRDISQRLGLDDRAIGSSYVKMMAAGQASNFDKTQVDGIFQSMAEYGRVMGLDGEAMKGSFRAVEQMMGKGQIMSEELKGQLAERFPAAVALMAKSQDMTIAELMKTMEKGELKSDALIPFARTLAEEARKGGALDAAMQGTAAQQGRFQFGWNRTIEAFAAGGFDRGMSDFFKIAAQGMKEALPLVTALGGGFEALMRPVNALVGIGGELGSQWENIAKQFNMTGTGLTLTTAQTLALLTPMGRLISAISWGALALEDFIVFLEGGDSVFGDFLNNNVQAAETFEKLASESSELKNNLDGIFSVVPGLAEALKGLEFNEMLVSTMRELAAIMEFFNSVVERFAIAGKYRDAKIAEAGGDRSTIMSNIDTMYAMFNPEDAKDKATFIGDRLVAQNIDAIQTETHTRATQSLTPDQFGYMMQRGQVRNEMEGALKKSAIDISFNLNVSGIDAQGNVMTTEAQERVREIVSNVLEEEISRASASYKESQ

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	short tail fiber gp92
分子量 formula_weight	53102.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AE,AF,AG,AB,AC,AD,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,AP,AQ,AR,AS

MPNIMKPTGINAIWSENGQKVDPGAVKVGLGWVTELPPYQTANFIEYKQDLFNAHVNQHGIPEWDSVTEYQGNLSYTQGANGIIYKCLRTHSDKIPTDPLNITAGYWRVAFEDAGEAAKVQANLDRHVTNYNTLSGIGNVVIARQNLSVYSKAEGDARYAMKHGNGSNVFSVATATQPTHAIPLSQLSTLVPPATETVAGVMAVATTIETEAGANDTKAVSPLKAAQVYLKKKDNLSGLSNVTAARANLGLSDTATMPSSTFLKAGSNLADVPNKALARSNLGITSSATQPETYFLRSAQNLADVPNKAQARVNLGLTGMATTDPAAVMMKADNLAGLANTATARSNLGLGTASTRNTGDFLSSGDNLSDLTNVQAARNNLGLKGAATLDVWGLPANTTAMDFQSNQSDISRGWARLPNGLLLQWGTGPGLSDDTRTNIQLPVPARILNVQVTVMGTFNNSIGPGAFMTDMWSNTGFRVSCNWGNWSYPFNWFAITSTL

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	10400

The cryo-EM structure of Pakpunavirus P7-1 short tail fiber (gp92) bound to the extended baseplate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zd7__assembly_1__model_1

9zd7__assembly_1__model_1 | I(q)

9zd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)