9zdo
Crystal structure of Zn-substituted rubredoxin from psychrophilic clostridia Clostridium psychrophilum
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。
七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。
当前条目的 assembly 组成
| Assembly | 聚集状态 | 实体与构建体证据 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 1 / DNA 0 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明：monomeric | 实体 1：Rubredoxin × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 | 未记录 | ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；VAPOR DIFFUSION AGAINST 3.2M NA,K PHOSPHATE, pH 8.5, | 分辨率 0.84 Å R-free 0.158 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 9zdo |
| 沉积日期 deposition_date | 2025-11-26 |
| 结构标题 title | Crystal structure of Zn-substituted rubredoxin from psychrophilic clostridia Clostridium psychrophilum |
| 关键词 keywords | rubredoxin, electron transfer, psychrophilic, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 11.00 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 9.78 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 761055.00 |
| 分子量 molecular_weight | 6096.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 7751 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 7786 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 7012 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 32.8 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 14.99 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 10.11 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 9.68 Å |
| 总 Rg total_rg | 11.60 Å |
| 总原子数 total_atoms | 418 |
| 残基数 n_residues | 52 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)
| 最大尺寸 Dmax dmax | 33.8 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 10.91 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.19 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 7.6110e+05 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 7.5530e+03 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 10.91 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 761100.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.8938 |
| 解质量评级 solution_quality | GOOD a GOOD solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 1 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 32.9 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.043 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.350 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 93780.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 80 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.941 |