SAXSdb — 9ze4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp75 tail tube

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–321 链 B； UniProt 1–321 链 C； UniProt 1–321 链 D； UniProt 1–321 链 E； UniProt 1–321 链 F； UniProt 1–321 链 G； UniProt 1–321 链 H； UniProt 1–321 链 I； UniProt 1–321 链 J； UniProt 1–321 链 K； UniProt 1–321 链 L； UniProt 1–321	未记录	N4 gp53-like protein × 1 （A0A2K8HNE9） Tip attachment protein J central straight fiber domain-containing protein × 3 （A0A2K8HW65）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZE4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9BGM Pseudomonas phage DEV neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins) 提交 2024-04-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 G 1–321（321 aa）链 J 1–321（321 aa）链 M 1–321（321 aa）链 P 1–321（321 aa）链 S 1–321（321 aa）链 W 1–321（321 aa）链 Z 1–321（321 aa）链 a 1–321（321 aa）链 f 1–321（321 aa）链 i 1–321（321 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9ZDW Pseudomonas phage DEV delta-gp53 mutant neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins) 提交 2025-11-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 TA 1–321（321 aa）链 TB 1–321（321 aa）链 TC 1–321（321 aa）链 TD 1–321（321 aa）链 TE 1–321（321 aa）链 TF 1–321（321 aa）链 TG 1–321（321 aa）链 TH 1–321（321 aa）链 TI 1–321（321 aa）链 TJ 1–321（321 aa）链 TK 1–321（321 aa）链 TL 1–321（321 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K8I3N9_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 B； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 C； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 D； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 E； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 F； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 G； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 H； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 I； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 J； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 K； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 L； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

N4 gp53-like protein

物种未注明

UniProt A0A2K8HNE9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–740	未记录	gp75 tail tube × 12 （A0A2K8I3N9） Tip attachment protein J central straight fiber domain-containing protein × 3 （A0A2K8HW65）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K8HNE9_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–740； UniProt 1–740

Tip attachment protein J central straight fiber domain-containing protein

物种未注明

UniProt A0A2K8HW65

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–429 链 O； UniProt 1–429 链 P； UniProt 1–429	未记录	gp75 tail tube × 12 （A0A2K8I3N9） N4 gp53-like protein × 1 （A0A2K8HNE9）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K8HW65_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429 作者链 O； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429 作者链 P； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ze4
沉积日期 deposition_date	2025-11-27
结构标题 title	Asymmetric Tail Gating Complex of Pseudomonas Phage DEV
关键词 keywords	virus, bacteriophage, receptor-binding protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	119.30 Å
零角强度 I(0) i0	3815300000.00
分子量 molecular_weight	509720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	633890 Å³
包络体积 envelope_volume	1145300 Å³
水化壳体积 shell_volume	106920 Å³
包络直径 envelope_diameter	428.9 Å
壳层 Rg shell_rg	61.55 Å
包络 Rg envelope_rg	117.10 Å
形状 Rg shape_rg	119.40 Å
总 Rg total_rg	118.20 Å
总原子数 total_atoms	35853
残基数 n_residues	4951
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	305.7 Å
Rg (实空间) rg_real	105.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	92.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3560000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8330
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.940
角度范围 angular_range	— – 0.0650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1404
最高正则化参数 α highest_alpha	80630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	14
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.015; Oscil: 0.564; Stabil: 0.958; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.838; Smooth: 0.430

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	gp75 tail tube
分子量 formula_weight	35267.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	35853

MAVEPITIADLTEVKLDGKGALDQLLQVTRLHLAKEHDAGRLKGQEYAAVLTGGITAVLQNAVMFLLQKDEAANKAALVEAQIKLTEKQGELLDKQIAQADKDAELIAAKVKLTLEQAKLPDSQIRSAGFQDLLVQEQTKVQTAQTRRIDQEILSAGFQDLLVKEQTAKTKQDVLTAVQQTKVMEQQVLESTQKVLNMKQELLNLVAQECLLKAQFDLTKDQGLNTQEQTILVRQKVASERAQTIGAGVDADSVIGRQKELYKAQADGFKRDAEQKAAKILIDTWNVRRTTDTGTQANTTNRLDDANVGRVVNMLMTGVGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	N4 gp53-like protein
分子量 formula_weight	82267.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MGLFSSKKKTVVNTTVQRVFDDAHIPDSPRTGVIQGITHETGIVENILEKLSDSIGVRANTAYLWAQRNNYYWGLPESKVVNGVDARTVVVQTIARSEGTITTYYNQFGPLNSLHWGFTELVRLYQYNPLTNELPGLSTTKGSKVYLFDMIPVFQTDTVAWADETANKGMLQDFGFSPKSGYTPSRPYNTIGGMGQFAGWSPYRTDNSFGEDYVLLTYEWKDAQGVIKQETIRMIMNLDLSLDYHQVRFRRQNGTQGFFTYQDGKGTYPLIDGVFNLDYTKQGTYYPWMYCRFNKMNVKDIPGNAYKDVKEVAKISGIGIDELIDGVHADPDIGDVAQVVLFYGVPPGATNQDQLTYIFEYLLLLHSEALAQIQKAENLQGKLGDYSNTADQMITMRDKYFKMDFSFSGITVNRKSGKVGPIGFINVKSGMADKSSGQIKTQQPAYTYTRQAMDSMYDEVIIYNPAMHYQITSKKGHVAQLGQPELLIPVDRVVLSQLGLRAQEQLLCRSLHMAINTQVQIKTPWYASGFFKVILIVVAVAVTIFTAGSAWGTIVAAASLGVAALTMVIVQMIVTTLAVSYGVKLFVRAVGPELGILAAVAALAVGAYGMSNNATWSENLMAVSHGIAKESQTMEQAGLMDTLKELERNQTYYADQLQSLEDQRRELGLVQFQALQGEDFVNRPLTILGESTDDFFSRTVHAGNIGAASFQLTEYFVDAKLQLPSINETIEEINNGLSVQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tip attachment protein J central straight fiber domain-containing protein
分子量 formula_weight	46398.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,O,P

MVDTCNINGVCGTGDWNGPKPGDPNMNDLLLKATPAFGGIDIEFTWPTTNPGAVGTTRLFRSTDANFAGATIRAFVNGNFYFDKTDPGSKVDQRYYYWIQLVSINGTDGDIIGPATATARPLIEQMIEQLTGEIDNGLLSQELRQEIAQIELNKLGITQEEIERAKNDDALGVRLTQIDAKMDQNTAILQEEVRARVTADSSLVQTVNTMYADFNGNIAAIQQENTALATKVNALASSVTTINATVNGDSASGKVGLVAEVQTLDGKVTQIGARWTATVDVNGLVGGFGVYNDGRTVEAGFNVDRFWIGRPGTPKNPGSYPFIIDNNIVYIKEAAIQKLTFDKLRAQDGSFIVQNGKIQADYIEAKDIVVNNIQSDNYQPGVQGWAFRPNGIMEINGTAGTGRMTINNATIKVFDQAGKLRVHIGNLQA

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	8.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	8241

fit	/app/data/saxs_computation/ze/9ze4/9ze4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/9ze4/9ze4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/9ze4/9ze4.dat

Asymmetric Tail Gating Complex of Pseudomonas Phage DEV

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp75 tail tube

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

N4 gp53-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tip attachment protein J central straight fiber domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)