9zib

Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 3

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 156.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease P protein component

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–115	未记录	RNase P RNA (417-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 41	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZIB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9OWS Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 5 mM Mg2+ 提交 2025-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.87 Å
9OWT Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with precursor tRNA in 5 mM Ca2+ 提交 2025-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.82 Å
9OWU Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with precursor tRNA in 1 mM Ca2+ 提交 2025-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.93 Å
9OWV Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with mature tRNA in 5 mM Ca2+ 提交 2025-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.02 Å
9OWW Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with the precursor tRNA with non-complementary 5' leader 提交 2025-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.83 Å
9OWX Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with the precursor tRNA with loop-back 5' leader (sub-conformation 1 of tRNA anticodon arm tilted) 提交 2025-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
9OWY Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with the precursor tRNA with loop-back 5' leader (sub-conformation 2 of tRNA anticodon arm tilted) 提交 2025-06-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.69 Å
9ZI8 Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 1 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9ZI9 Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 2 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9ZIC Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 4 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9ZID Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 5 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9ZIE Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 6 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 36	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9ZIF Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 7 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9ZIG Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 8 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9ZIH Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 9 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 38	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9ZII Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 10 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9ZIJ Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 11 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
9ZIK Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 12 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9ZIL Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 13 提交 2025-12-03	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 36	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9ZIM Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 14 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9ZIN Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 15 提交 2025-12-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9ZIU Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 16 提交 2025-12-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
9ZIV Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 17 提交 2025-12-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 38	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9ZIW Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 18 提交 2025-12-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 41	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9ZIX Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 20 提交 2025-12-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
9ZIY Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 21 提交 2025-12-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZIZ Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 19 提交 2025-12-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–115（115 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 40	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A150N245_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–116； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zib
沉积日期 deposition_date	2025-12-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 3
关键词 keywords	ribozyme, RNA, RNase P, RNA-HYDROLASE complex; RNA/HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.58 Å
零角强度 I(0) i0	941298000.00
分子量 molecular_weight	150210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144320 Å³
包络体积 envelope_volume	262490 Å³
水化壳体积 shell_volume	51479 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.29 Å
包络 Rg envelope_rg	44.68 Å
形状 Rg shape_rg	45.57 Å
总 Rg total_rg	45.62 Å
总原子数 total_atoms	9950
残基数 n_residues	533
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	941000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8596
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.432
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.728

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNase P RNA (417-MER)
分子量 formula_weight	135305.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9950

GUUAAUCAUGCUCGGGUAAUCGCUGCGGCCGGUUUCGGCCGUAGAGGAAAGUCCAUGCUCGCACGGUGCUGAGAUGCCCGUAGUGUUCGUGCCUAGCGAAUCCAUAAGCUAGGGCAGCCUGGCUUUGGCUGGGCUGACGGCGGGGAAAGAACCUACGUCCGGCUGGGAUAUGGUUCGAUUACCCUGAAAGUGCCACAGUGACGGAGCUCUAAGGGAAACCUUAGAGGUGGAACGCGGUAAACCCCACGAGCGAGAAACCCAAAUGAUGGUAGGGGCACCUUCCCGAAGGAAAUGAACGGAGGGAAGGACAGGCGGCGCAUGCAGCCUGUAGAUAGAUGAUUACCGCCGGAGUACGAGGCGCAAAGCCGCUUGCAGUACGAAGGUACAGAACAUGGCUUAUAGAGCAUGAUUAACGUC

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-TP(deltai)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonuclease P protein component
分子量 formula_weight	13456.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GMKKKYRIKKNEEFQEVFQQGVSVANRQFVVYTLDRPEQPYFRIGLSVSKKLGKAVVRNRIKRYIRQCFLELKEEVAPGKDYVIIARQPAAEMGYAEVKKSLIHVLRKAGGLKKEA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	41

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	998359

fit	/app/data/saxs_computation/zi/9zib/9zib.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zi/9zib/9zib.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zi/9zib/9zib.dat

Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease P protein component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)