SAXSdb — 9zjb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase nsp5

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3248–3553	片段：UNP residues 3248-3553	CALCIUM ION × 2 ;N~2~-[(2S,4S)-3-benzyl-4-methyl-2-oxo-1,3,2lambda~5~-oxazaphospholidin-2-yl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide ; × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.88 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZJB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4R3D Crystal structure of MERS Coronavirus papain like protease 提交 2014-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1481–1811（331 aa）片段：UNP RESIDUES 1481-1811	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.82 Å R-free 0.224
4R3D Crystal structure of MERS Coronavirus papain like protease 提交 2014-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1481–1811（331 aa）片段：UNP RESIDUES 1481-1811	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.82 Å R-free 0.224
7T3Y Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 8c 提交 2021-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：Full Length 链 B 3248–3553（306 aa）片段：Full Length	未记录	F5L (1R,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(2-methylpropanoyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 F8C (1S,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(2-methylpropanoyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 100 mM, 200 mM ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
7T3Z Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 9c 提交 2021-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：Full Length 链 B 3248–3553（306 aa）片段：Full Length	未记录	FHS (1S,2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-2-{[N-({[7-(phenylacetyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}propane-1-sulfonic acid × 2 FEY (1R,2S)-2-{[N-({[(2r,4R)-7-acetyl-7-azaspiro[3.5]non-5-en-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% (w/v) PEG 550 MME, 100 mM, 50 mM magnesium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
7T40 Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 10c 提交 2021-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：Full Length	未记录	FV5 (1R,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(methanesulfonyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 FVE (1S,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(methanesulfonyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；17% (w/v) PEG 10000, 100 mM Bis-Tris, 100 mM ammonium acetate	分辨率 1.70 Å R-free 0.195
7T41 Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 14c 提交 2021-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：Full Length	未记录	FWI (1R,2S)-2-{[N-({[1-(tert-butoxycarbonyl)azetidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 FZI (1S,2S)-2-{[N-({[1-(tert-butoxycarbonyl)azetidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes, 200 mM magnesium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
8R5J Crystal structure of MERS-CoV main protease 提交 2023-11-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）链 B 3248–3553（306 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Sodium malonate dibasic monohydrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
9ATA Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a phenylethyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553 链 B 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGG (1S,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[(2S)-5-oxo-1-(2-phenylethyl)pyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGH (1R,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[(2S)-5-oxo-1-(2-phenylethyl)pyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% w/v PEG2000 MME, 150 mM potassium bromide	分辨率 1.65 Å R-free 0.188
9ATD Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a ethylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer) inhibitor 提交 2024-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGL (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-(2-cyclohexylethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGK (1R,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-(2-cyclohexylethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM ammonium acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
9ATE Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptane 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553 链 B 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGN (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1S,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGM (1R,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1S,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.191
9ATF Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a 1-methyl-4,4-difluorocyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGP (1S,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(4,4-difluorocyclohexyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGO (1R,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(4,4-difluorocyclohexyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM sodium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
9ATG Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a 2,2-difluoro-5-methylbenzo[1,3]dioxole 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGT (1S,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGS (1R,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride hexahydrate	分辨率 1.75 Å R-free 0.199
9ATH Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptene 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553 链 B 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGR (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1R,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGQ (1R,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1R,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；800 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100 mM Tris, pH 8.5, 0.5% w/v PEG5000 MME	分辨率 1.65 Å R-free 0.208
9ATI Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a racemic bicyclo[2.2.1]heptenyl-methyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGV (1S,2S)-2-{[N-({[(3S)-1-{[(1R,2R,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGU (1R,2S)-2-{[N-({[(3S)-1-{[(1R,2R,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM ammonium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9ATJ Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a m-chlorobenzyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 A1AGJ (1S,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(3-chlorophenyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGI (1R,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(3-chlorophenyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；15% v/v PEG400, 100 mM MES, pH 6.0, 100 mM calcium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
9ATS Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer) 提交 2024-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGX (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-(cyclohexylmethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；28% w/v PEG2000 MME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
9ATT Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (R-enantiomer) 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553 链 B 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	A1AGZ (1S,2S)-2-{[N-({[(2R)-1-(cyclohexylmethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGY (1R,2S)-2-{[N-({[(2R)-1-(cyclohexylmethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；10% w/v PEG3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM L-proline	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
9BOO Crystal structure of MERS-CoV Nsp5 in complex with PF-07817883 提交 2024-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：residues 3248-3553	未记录	YDL N-(methoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-(trifluoromethyl)-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES 7.0, 20 % w/v PEG 6000	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
9N9V Main protease of MERS in complex with AVI8122 提交 2025-02-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3550（303 aa）链 B 3248–3550（303 aa）	未记录	A1BWH N-[(2S)-3-cyclopropyl-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopiperidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]-7-fluoro-1H-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；8% PEG 8K, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
9ZJ8 Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor AMJ-II-72 提交 2025-12-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
9ZJC Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor IKR-I-52 提交 2025-12-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）片段：UNP residues 3248-3553	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.223

共 20 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R1A_MERS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–313； UniProt 3248–3553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zjb
沉积日期 deposition_date	2025-12-04
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor IKR-I-46
关键词 keywords	HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.61 Å
零角强度 I(0) i0	36054000.00
分子量 molecular_weight	31003.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29969 Å³
包络体积 envelope_volume	48207 Å³
水化壳体积 shell_volume	19538 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.17 Å
包络 Rg envelope_rg	21.72 Å
形状 Rg shape_rg	21.63 Å
总 Rg total_rg	22.14 Å
总原子数 total_atoms	2328
残基数 n_residues	305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8435
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.466
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.387
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9978000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.782; Smooth: 0.951

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3C-like proteinase nsp5
分子量 formula_weight	34314.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2461

MHHHHHHSGLVKMSHPSGDVEACMVQVTCGSMTLNGLWLDNTVWCPRHVMCPADQLSDPNYDALLISMTNHSFSVQKHIGAPANLRVVGHAMQGTLLKLTVDVANPSTPAYTFTTVKPGAAFSVLACYNGRPTGTFTVVMRPNYTIKGSFLCGSCGSVGYTKEGSVINFCYMHQMELANGTHTGSAFDGTMYGAFMDKQVHQVQLTDKYCSVNVVAWLYAAILNGCAWFVKPNRTSVVSFNEWALANQFTEFVGTQSVDMLAVKTGVAIEQLLYAIQQLYTGFQGKQILGSTMLEDEFTPEDVNMQIMGVVMQ

来源 Source

来源生物 organism	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1335626
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;N~2~-[(2S,4S)-3-benzyl-4-methyl-2-oxo-1,3,2lambda~5~-oxazaphospholidin-2-yl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide ;
分子量 formula_weight	480.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	101.677 Å
晶胞边长 b length_b	57.830 Å
晶胞边长 c length_c	49.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	41.710 Å
R 因子 r_factor	0.1693
R_work r_work	0.1668
R_free r_free	0.2156

fit	/app/data/saxs_computation/zj/9zjb/9zjb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zj/9zjb/9zjb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zj/9zjb/9zjb.dat

Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor IKR-I-46

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase nsp5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction