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9zju

Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), symmetric dimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 168.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sterile alpha motif domain-containing protein 9

Homo sapiens

UniProt Q5K651

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 156–1589 链 B； UniProt 156–1589 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZJU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7KSP Crystal structure of hSAMD9_DBD with DNA 提交 2020-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 156–385（230 aa）
链 B 156–385（230 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 20mM magnesium chloride, 20% PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
9ZJR Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), monomer 提交 2025-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 156–1589（1434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
9ZJS Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), asymmetric dimer "shell" shape 提交 2025-12-05 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–1589（1434 aa）
链 B 156–1589（1434 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9ZJV Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), asymmetric dimer "wing" shape 提交 2025-12-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–1589（1434 aa）
链 B 156–1589（1434 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9ZJW Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), loss-of-function mutant R837A 提交 2025-12-05 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 156–1589（1434 aa）
链 B 156–1589（1434 aa）
突变：R837A 突变：R837A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9ZJZ Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), loss-of-function mutant R685Q/G686C/I968C 提交 2025-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 156–1589（1434 aa）
突变：R685Q,G686C,I968C ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAMD9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 17–1450； UniProt 156–1589 作者链 B； PDB构建体 17–1450； UniProt 156–1589

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zju

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zju
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zju
沉积日期 deposition_date2025-12-05
结构标题 titleHuman sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), symmetric dimer
关键词 keywords;inflammasome, signal transduction ATPases with numerous domains (STAND), sterile alpha motif, poxvirus restriction factor, ANTIVIRAL PROTEIN, CYTOSOLIC PROTEIN ;; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.51 Å
零角强度 I(0) i0918694000.00
分子量 molecular_weight261440.0 kDa
排除体积 excluded_volume331080 ų
包络体积 envelope_volume463100 ų
水化壳体积 shell_volume78917 ų
包络直径 envelope_diameter184.5 Å
壳层 Rg shell_rg52.23 Å
包络 Rg envelope_rg48.36 Å
形状 Rg shape_rg49.53 Å
总 Rg total_rg49.54 Å
总原子数 total_atoms18426
残基数 n_residues2242
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax168.3 Å
Rg (实空间) rg_real49.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal918800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary63.1 Å
偏度 Skewness skewness0.208
峰度 Kurtosis kurtosis-0.476
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha106800000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.922
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)