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9zpb

Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP complex)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase

Paraburkholderia xenovorans LB400

UniProt Q13UJ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 9–397 片段：S9-T397 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM AMP, plate 20558 E6 drop 3, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant 分辨率 2.19 Å R-free 0.204
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 9–397 片段：S9-T397 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM AMP, plate 20558 E6 drop 3, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant 分辨率 2.19 Å R-free 0.204
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 9–397 片段：S9-T397 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM AMP, plate 20558 E6 drop 3, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant 分辨率 2.19 Å R-free 0.204
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 9–397 片段：S9-T397 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM AMP, plate 20558 E6 drop 3, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant 分辨率 2.19 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZPB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10BM Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP, ADP and sulfate complex) 提交 2026-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–397（389 aa） 片段：residues 9-397
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Berkeley H5: 100 mM MgCl2, 100 mM Li2SO4, 25% PEG 400. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP but hydrolyzed AMP and ADP were observed. plate 20560 A12 drop 1, Puck: PSL-1103, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.49 Å R-free 0.249
10BM Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP, ADP and sulfate complex) 提交 2026-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 9–397（389 aa） 片段：residues 9-397
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Berkeley H5: 100 mM MgCl2, 100 mM Li2SO4, 25% PEG 400. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP but hydrolyzed AMP and ADP were observed. plate 20560 A12 drop 1, Puck: PSL-1103, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.49 Å R-free 0.249
10BM Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP, ADP and sulfate complex) 提交 2026-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 9–397（389 aa） 片段：residues 9-397
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Berkeley H5: 100 mM MgCl2, 100 mM Li2SO4, 25% PEG 400. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP but hydrolyzed AMP and ADP were observed. plate 20560 A12 drop 1, Puck: PSL-1103, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.49 Å R-free 0.249
10BM Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP, ADP and sulfate complex) 提交 2026-01-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 9–397（389 aa） 片段：residues 9-397
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Berkeley H5: 100 mM MgCl2, 100 mM Li2SO4, 25% PEG 400. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP but hydrolyzed AMP and ADP were observed. plate 20560 A12 drop 1, Puck: PSL-1103, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.49 Å R-free 0.249
35YG Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (Apo) 提交 2026-05-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–397（389 aa） 片段：residues 9-397
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.39 Å R-free 0.275
35YG Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (Apo) 提交 2026-05-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 9–397（389 aa） 片段：residues 9-397
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.39 Å R-free 0.275
9ZOI Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ATP complex) 提交 2025-12-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–397（389 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP, plate 20558 E6 drop 1, Puck: PSL-1913, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 1.93 Å R-free 0.196
9ZOI Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ATP complex) 提交 2025-12-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 9–397（389 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP, plate 20558 E6 drop 1, Puck: PSL-1913, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 1.93 Å R-free 0.196
9ZOI Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ATP complex) 提交 2025-12-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 9–397（389 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP, plate 20558 E6 drop 1, Puck: PSL-1913, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 1.93 Å R-free 0.196
9ZOI Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ATP complex) 提交 2025-12-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 9–397（389 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ATP, plate 20558 E6 drop 1, Puck: PSL-1913, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 1.93 Å R-free 0.196
9ZOK Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ADP complex) 提交 2025-12-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–397（389 aa） 片段：S9-T397
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ADP, plate 20558 E6 drop 2, Puck: PSL-1915, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.09 Å R-free 0.204
9ZOK Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ADP complex) 提交 2025-12-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 9–397（389 aa） 片段：S9-T397
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ADP, plate 20558 E6 drop 2, Puck: PSL-1915, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.09 Å R-free 0.204
9ZOK Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ADP complex) 提交 2025-12-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 9–397（389 aa） 片段：S9-T397
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ADP, plate 20558 E6 drop 2, Puck: PSL-1915, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.09 Å R-free 0.204
9ZOK Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (ADP complex) 提交 2025-12-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 9–397（389 aa） 片段：S9-T397
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；BRK E6: 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 200 mM sodium malonate, pH 5.0, 20% PEG 2000 MME. BuxeA.00036.a.B2.PW39468 at 23.8 mg/mL. Cocrystallization with 3mM ADP, plate 20558 E6 drop 2, Puck: PSL-1915, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant
分辨率 2.09 Å R-free 0.204

共 4 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q13UJ9_PARXL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–397； UniProt 9–397 作者链 B； PDB构建体 9–397； UniProt 9–397 作者链 C； PDB构建体 9–397； UniProt 9–397 作者链 D； PDB构建体 9–397； UniProt 9–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zpb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zpb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zpb
沉积日期 deposition_date2025-12-16
最后修订 last_revision2025-12-24
结构标题 titleCrystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase from Burkholderia xenovorans (AMP complex)
关键词 keywords;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, TRANSFERASE, Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, LYASE ;; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.79 Å
零角强度 I(0) i0429829000.00
分子量 molecular_weight164840.0 kDa
排除体积 excluded_volume204940 ų
包络体积 envelope_volume256440 ų
水化壳体积 shell_volume57046 ų
包络直径 envelope_diameter127.0 Å
壳层 Rg shell_rg43.57 Å
包络 Rg envelope_rg36.83 Å
形状 Rg shape_rg36.79 Å
总 Rg total_rg37.16 Å
总原子数 total_atoms11564
残基数 n_residues1549
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.3 Å
Rg (实空间) rg_real37.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal429900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8965
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.6 Å
偏度 Skewness skewness0.233
峰度 Kurtosis kurtosis-0.494
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha70310000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.878
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)