SAXSdb — 9zum

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Caulobacter vibrioides

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 251–329	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 251–329	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
3	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 251–329	未记录	;DNA (5'-D(APAPTPTPAPAPTPTPAPAPTPTPTPTPAPAPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APAPTPTPAPAPAPAPTPTPAPAPTPTPAPAPTPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 251–329	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 251–329	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZUM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PFQ The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
9PGH The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex 提交 2025-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–83； UniProt 251–329 作者链 B； PDB构建体 5–83； UniProt 251–329 作者链 C； PDB构建体 5–83； UniProt 251–329 作者链 D； PDB构建体 5–83； UniProt 251–329 作者链 E； PDB构建体 5–83； UniProt 251–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zum
沉积日期 deposition_date	2025-12-24
最后修订 last_revision	2026-02-25
结构标题 title	Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA
关键词 keywords	alphaCTD, RNA polymerase, AT rich DNA, DNA binding, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.69 Å
零角强度 I(0) i0	46439200.00
分子量 molecular_weight	49324.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60251 Å³
包络体积 envelope_volume	82905 Å³
水化壳体积 shell_volume	25956 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.44 Å
包络 Rg envelope_rg	27.90 Å
形状 Rg shape_rg	27.75 Å
总 Rg total_rg	28.12 Å
总原子数 total_atoms	3426
残基数 n_residues	412
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8785
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.261
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9358000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	9283.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	3597

GSHMNPALLKKVDELELSVRSANCLKNDNIVYIGDLIQKTEAEMLRTPNFGRKSLNEIKEVLAGMGLHLGMDVPNWPPENIED

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	155892
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPTPAPAPTPTPAPAPTPTPTPTPAPAPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5502.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

AATTAATTAATTTTAATT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPTPAPAPAPAPTPTPAPAPTPTPAPAPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5520.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AATTAAAATTAATTAATT

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	153.277 Å
晶胞边长 b length_b	153.277 Å
晶胞边长 c length_c	32.078 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	42.510 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2107
R_free r_free	0.2416

fit	/app/data/saxs_computation/zu/9zum/9zum.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zu/9zum/9zum.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zu/9zum/9zum.dat

Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)