SAXSdb — 9zye

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTLV-1 Protease

Human T-cell leukemia virus type I

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–142 链 B； UniProt 27–142	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 A60 (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-3-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-ethylbutyl)amino}-1-benzyl-2-hydroxypropyl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；39-41% (v/v) PEG 300, 0.1M Phosphate/Citrate Buffer pH 4.2	分辨率 2.70 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZYE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W6Q WT HTLV-1 Protease in Complex with Darunavir (DRV) 提交 2020-03-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–142（116 aa）链 B 27–142（116 aa）	未记录	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；39-41% (v/v) PEG 300, 0.1M Phosphate/Citrate Buffer pH 4.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
6W6R WT HTLV-1 Protease in Complex with UMass6 (UM6) 提交 2020-03-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–142（116 aa）链 B 27–142（116 aa）	未记录	A60 (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-3-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-ethylbutyl)amino}-1-benzyl-2-hydroxypropyl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；39-41% (v/v) PEG 300, 0.1M Phosphate/Citrate Buffer pH 4.2	分辨率 2.05 Å R-free 0.242
6W6S WT HTLV-1 Protease in Complex with Phosphonated UMass6 (PU6) 提交 2020-03-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–142（116 aa）链 B 27–142（116 aa）	未记录	TK7 diethyl [(4-{(2S,3R)-4-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-ethylbutyl)amino}-2-[({[(3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl]oxy}carbonyl)amino]-3-hydroxybutyl}phenoxy)methyl]phosphonate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；39-41% (v/v) PEG 300, 0.1M Phosphate/Citrate Buffer pH 4.2	分辨率 2.29 Å R-free 0.306
9ZVR Crystal structure of HTLV-1 protease bound to darunavir at 2.1 angstroms with truncated flaps 提交 2025-12-30	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–142（116 aa）链 B 27–142（116 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；39-41% (v/v) PEG 300, 0.1M Phosphate/Citrate Buffer pH 4.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.253

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1Y1C9N2_9DELA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 27–142 作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 27–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zye
沉积日期 deposition_date	2026-01-05
最后修订 last_revision	2026-01-21
结构标题 title	Crystal structure of HTLV-1 protease bound to UMass6 at 2.7 angstroms with truncated flaps
关键词 keywords	;HTLV-1, PROTEASE, DRUG RESISTANCE, PROTEASE INHIBITOR, COMPLEX, HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex ;; VIRAL PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.36 Å
零角强度 I(0) i0	8174780.00
分子量 molecular_weight	22818.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29365 Å³
包络体积 envelope_volume	33574 Å³
水化壳体积 shell_volume	15958 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.79 Å
包络 Rg envelope_rg	18.61 Å
形状 Rg shape_rg	18.37 Å
总 Rg total_rg	19.26 Å
总原子数 total_atoms	1665
残基数 n_residues	209
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8175000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7878
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2345000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HTLV-1 Protease
分子量 formula_weight	12566.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	1804

PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP

来源 Source

来源生物 organism	Human T-cell leukemia virus type I
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11908
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-3-{[(4-aminophenyl)sulfonyl](2-ethylbutyl)amino}-1-benzyl-2-hydroxypropyl]carbamate ;
分子量 formula_weight	575.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.753 Å
晶胞边长 b length_b	77.753 Å
晶胞边长 c length_c	159.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	41.670 Å
R 因子 r_factor	0.2254
R_work r_work	0.2225
R_free r_free	0.2820

fit	/app/data/saxs_computation/zy/9zye/9zye.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zy/9zye/9zye.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zy/9zye/9zye.dat

Crystal structure of HTLV-1 protease bound to UMass6 at 2.7 angstroms with truncated flaps

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HTLV-1 Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction