当前蛋白身份：A0A1L8F5J9
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.218 |
| 6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.218 |
| 6E7S Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.234 |
| 6E7S Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5 提交 2018-07-27 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.234 |
| 6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.225 |
| 6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.225 |
| 6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
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分辨率 2.27 Å R-free 0.237 |
| 6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.237 |
| 6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.232 |
| 6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.232 |
| 6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.216 |
| 6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–407（385 aa）
片段：Extracellular residues 23-407
|
突变：N61Q, N371Q | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.216 |
| 7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
23–405（383 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide
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分辨率 4.55 Å R-free 0.324 |
| 7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
23–405（383 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide
|
分辨率 4.55 Å R-free 0.324 |
| 8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–185（163 aa）
链 A
190–386（197 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |
| 8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–185（163 aa）
链 C
190–386（197 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |