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蛋白结构与聚集状态

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33PDB条目
33Biological assembly
33链与assembly记录
本组结构的主要差异维度
组装状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
6VU3 Cryo-EM structure of Escherichia coli transcription-translation complex A (TTC-A) containing mRNA with a 12 nt long spacer 提交 2020-02-14 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6VYQ Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing an 15 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6VYR Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing an 18 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6VYT Escherichia coli transcription-translation complex A2 (TTC-A2) containing a 15 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 14.00 Å
6VYU Escherichia coli transcription-translation complex C2 (TTC-C2) containing a 27 nt long mRNA spacer 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6VYW Escherichia coli transcription-translation complex C3 (TTC-C3) containing mRNA with a 27 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6VYX Escherichia coli transcription-translation complex C4 (TTC-C4) containing mRNA with a 21 nt long spacer, transcription factor NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.90 Å
6VYY Escherichia coli transcription-translation complex C5 (TTC-C5) containing mRNA with a 21 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.90 Å
6VYZ Escherichia coli transcription-translation complex C6 (TTC-C6) containing mRNA with a 21 nt long spacer, NusA, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.90 Å
6VZ2 Escherichia coli transcription-translation complex D1 (TTC-D1) containing mRNA with a 27 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6VZ5 Escherichia coli transcription-translation complex D3 (TTC-D3) containing mRNA with a 21 nt long spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-02-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
6VZJ Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing mRNA with a 15 nt long spacer, fMet-tRNAs at E-site and P-site, and lacking transcription factor NusG 提交 2020-02-28 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：65-meric（65） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6X26 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - L1 state 提交 2020-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6X2F Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - L2 state 提交 2020-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6X2N Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - I state 提交 2020-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6X43 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - II state 提交 2020-05-22 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6X4W Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - III state 提交 2020-05-24 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6X4Y Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - IV state 提交 2020-05-24 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6X50 Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - V state 提交 2020-05-24 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6X6T Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B1 (TTC-B1) containing an mRNA with a 24 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-05-29 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6X7F Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B2 (TTC-B2) containing an mRNA with a 24 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-05-29 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6X7K Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B3 (TTC-B3) containing an mRNA with a 24 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-05-30 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6X9Q Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B3 (TTC-B3) containing an mRNA with a 27 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-06-03 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6XDQ Cryo-EM structure of an Escherichia coli coupled transcription-translation complex B3 (TTC-B3) containing an mRNA with a 30 nt long spacer, transcription factors NusA and NusG, and fMet-tRNAs at P-site and E-site 提交 2020-06-11 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6XDR Escherichia coli transcription-translation complex B (TTC-B) containing an 27 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-06-11 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
6XGF Escherichia coli transcription-translation complex B (TTC-B) containing an 30 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-06-17 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å
6XII Escherichia coli transcription-translation complex B (TTC-B) containing an 24 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-06-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
6XIJ Escherichia coli transcription-translation complex A (TTC-A) containing an 24 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site 提交 2020-06-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致
链 AE 1–1407（1407 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7MKD Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to lambda PR promoter DNA (class 1) 提交 2021-04-23 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7MKE Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to lambda PR promoter DNA (class 2) 提交 2021-04-23 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7MKI Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to lambda PR (-5G to C) promoter DNA 提交 2021-04-23 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7MKJ Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to T7A1 promoter DNA 提交 2021-04-23 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 J 1–1407（1407 aa）
未记录 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7N4E Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongation complex 提交 2021-06-04 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致
链 D 1–1407（1407 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å

页面展示的是PDB/mmCIF中的结构证据。“未记录非水小分子”不等于实验样品绝对无配体； 实验环境属于整个PDB实验记录，配体与拷贝数按具体biological assembly展示。