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蛋白结构与聚集状态

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当前蛋白身份：A0A8F2ZG71 重新检索
4PDB条目
12Biological assembly
24链与assembly记录
本组结构的主要差异维度
配体/离子不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
9IR8 CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 6 提交 2024-07-15 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 2881–3182（302 aa）
链 D 2881–3182（302 aa）
未记录 A1D7M (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]amino]-4-methyl-pentanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.12 Å R-free 0.273
9IR8 CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 6 提交 2024-07-15 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 B 2881–3182（302 aa）
链 C 2881–3182（302 aa）
未记录 A1D7M (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]amino]-4-methyl-pentanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.12 Å R-free 0.273
9UOP Crystal structure of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 8 提交 2025-04-26 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 2881–3182（302 aa）
链 C 2881–3182（302 aa）
未记录 A1EPZ (2~{S})-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]butanoyl]amino]-4-methyl-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]pentanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG3350, 200 mM Lithium citrate tribasic tetrahydrate, pH8.4
分辨率 1.61 Å R-free 0.230
9UOP Crystal structure of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 8 提交 2025-04-26 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 B 2881–3182（302 aa）
链 D 2881–3182（302 aa）
未记录 A1EPZ (2~{S})-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]butanoyl]amino]-4-methyl-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]pentanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG3350, 200 mM Lithium citrate tribasic tetrahydrate, pH8.4
分辨率 1.61 Å R-free 0.230
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 2881–3182（302 aa）
链 C 2881–3182（302 aa）
未记录 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 B 2881–3182（302 aa）
链 F 2881–3182（302 aa）
未记录 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 D 2881–3182（302 aa）
链 G 2881–3182（302 aa）
未记录 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 E 2881–3182（302 aa）
链 H 2881–3182（302 aa）
未记录 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7I Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3 提交 2025-10-16 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 2881–3182（302 aa）
链 C 2881–3182（302 aa）
未记录 A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.280
9X7I Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3 提交 2025-10-16 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 B 2881–3182（302 aa）
链 D 2881–3182（302 aa）
未记录 A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.280
9X7I Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3 提交 2025-10-16 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 E 2881–3182（302 aa）
链 H 2881–3182（302 aa）
未记录 A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.280
9X7I Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3 提交 2025-10-16 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 F 2881–3182（302 aa）
链 G 2881–3182（302 aa）
未记录 A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.280

页面展示的是PDB/mmCIF中的结构证据。“未记录非水小分子”不等于实验样品绝对无配体； 实验环境属于整个PDB实验记录，配体与拷贝数按具体biological assembly展示。