当前蛋白身份:A5K736 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
5W53 Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) 提交 2017-06-13 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa) 片段:ERYTHROCYTE-BINDING DOMAIN (RESIDUES 169-470)
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;22% W/V PEG3350, 200 MM POTASSIUM THIOCYANATE, 100 MM BIS-TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.188
5W53 Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) 提交 2017-06-13 Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 15–316(302 aa) 片段:ERYTHROCYTE-BINDING DOMAIN (RESIDUES 169-470)
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;22% W/V PEG3350, 200 MM POTASSIUM THIOCYANATE, 100 MM BIS-TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.188
6BPA Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 3E9 提交 2017-11-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;295 K;0.2 M KBr, 15% (w/v) PEG 4,000 and 0.05 M sodium citrate/citric acid
分辨率 2.53 Å R-free 0.225
6BPA Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 3E9 提交 2017-11-22 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;295 K;0.2 M KBr, 15% (w/v) PEG 4,000 and 0.05 M sodium citrate/citric acid
分辨率 2.53 Å R-free 0.225
6BPC Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 4F7 提交 2017-11-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M trisodium citrate and 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 2.66 Å R-free 0.215
6BPC Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 4F7 提交 2017-11-22 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M trisodium citrate and 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 2.66 Å R-free 0.215
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 G 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22 Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 J 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6D03 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; one molecule of parasite ligand. 提交 2018-04-10 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白数一致
链 E 2–815(814 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
6D04 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 1. 提交 2018-04-10 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 E 1–815(815 aa)
链 F 1–815(815 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
6D05 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 2. 提交 2018-04-10 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白数一致
链 E 1–815(815 aa)
链 F 1–815(815 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6WM9 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 237235 提交 2020-04-20 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3,350
分辨率 2.45 Å R-free 0.279
6WM9 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 237235 提交 2020-04-20 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3,350
分辨率 2.45 Å R-free 0.279
6WN1 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 241242 提交 2020-04-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.4 M sodium thiocyanate, 17% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.15 Å R-free 0.283
6WN1 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 241242 提交 2020-04-22 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.4 M sodium thiocyanate, 17% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.15 Å R-free 0.283
6WNO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 243244 提交 2020-04-23 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;295 K;0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris chloride pH 8.5, 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2,000
分辨率 3.35 Å R-free 0.283
6WNO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 243244 提交 2020-04-23 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;295 K;0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris chloride pH 8.5, 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2,000
分辨率 3.35 Å R-free 0.283
6WOZ Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249 提交 2020-04-26 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 J 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6WOZ Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249 提交 2020-04-26 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6WOZ Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249 提交 2020-04-26 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6WOZ Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249 提交 2020-04-26 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 G 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6WQO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 283284 提交 2020-04-29 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295 K;0.3 M ammonium nitrate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.0, 26% (w/v) PEG 2,000
分辨率 3.15 Å R-free 0.305
6WQO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 283284 提交 2020-04-29 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295 K;0.3 M ammonium nitrate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.0, 26% (w/v) PEG 2,000
分辨率 3.15 Å R-free 0.305
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 J 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 G 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;295 K;0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000
分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 G 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 J 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;295 K;0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.48 Å R-free 0.301
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 J 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;295 K;0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.48 Å R-free 0.301
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 G 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;295 K;0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.48 Å R-free 0.301
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 15–316(302 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;295 K;0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.48 Å R-free 0.301