当前蛋白身份：A7ZUK2
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4XSX Crystal structure of CBR 703 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | 42S N'-hydroxy-N-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.273 |
| 4XSX Crystal structure of CBR 703 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | 42S N'-hydroxy-N-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.273 |
| 4XSY Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | 42T 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
|
分辨率 4.01 Å R-free 0.270 |
| 4XSY Crystal structure of CBR 9379 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | 42T 3-{[(2,6-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-N-hydroxy-N'-phenyl-5-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
|
分辨率 4.01 Å R-free 0.270 |
| 4XSZ Crystal structure of CBR 9393 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | 42U 4-[3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-2-(trifluoromethyl)aniline × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
|
分辨率 3.68 Å R-free 0.286 |
| 4XSZ Crystal structure of CBR 9393 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme 提交 2015-01-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | 42U 4-[3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-2-(trifluoromethyl)aniline × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES, calcium acetate, PEG 400
|
分辨率 3.68 Å R-free 0.286 |
| 4YFK Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 8. 提交 2015-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 4C6 3,5-dimethyl-N-{2-[4-(4-methylbenzyl)piperidin-1-yl]-3,4-dioxocyclobut-1-en-1-yl}-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL, 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.57 Å R-free 0.252 |
| 4YFK Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 8. 提交 2015-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 4C6 3,5-dimethyl-N-{2-[4-(4-methylbenzyl)piperidin-1-yl]-3,4-dioxocyclobut-1-en-1-yl}-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL, 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.57 Å R-free 0.252 |
| 4YFN Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 14 (N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide) 提交 2015-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4C2 N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.270 |
| 4YFN Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 14 (N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide) 提交 2015-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4C2 N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.270 |
| 4YFX Escherichia coli RNA polymerase in complex with Myxopyronin B 提交 2015-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 4C4 Myxopyronin B × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；0.1M HEPES-HCL , 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.84 Å R-free 0.300 |
| 4YFX Escherichia coli RNA polymerase in complex with Myxopyronin B 提交 2015-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；0.1M HEPES-HCL , 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.84 Å R-free 0.300 |
| 4YLN E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.328 |
| 4YLN E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.328 |
| 4YLN E. coli Transcription Initiation Complex - 17-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.328 |
| 4YLO E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.314 |
| 4YLO E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.314 |
| 4YLO E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.314 |
| 4YLP E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.313 |
| 4YLP E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.313 |
| 4YLP E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA 提交 2015-03-05 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.313 |
| 8G1S Cryo-EM structure of 3DVA component 1 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase minus preQ1 ligand 提交 2023-02-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1373（1373 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM TRIS-HCl, pH 7.5; 100 mM potassium chloride, 1mM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in a chamber with the temperature set to 4 C.
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分辨率 3.70 Å |
| 8G7E Cryo-EM structure of 3DVA component 0 of Escherichia coli que-PEC (paused elongation complex) RNA Polymerase plus preQ1 ligand 提交 2023-02-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | PRF 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION WAS CARRIED OUT
IN A CHAMBER WITH THE
TEMPERATURE SET TO 4 DEGREES
CELSIUS.
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SZW Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: open duplex DNA (rPTCo) 提交 2023-05-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.63 Å |
| 8T02 Reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA: unwinding duplex DNA (rPTCi) 提交 2023-05-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–1407（1407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |