当前蛋白身份：B3CVM3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6UPS Crystal structure of the deubiquitylase domain from the Orientia tsutsugamushi protein OTT_1962 (OtDUB) 提交 2019-10-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
片段：deubiquitylase domain
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M ammonium iodide, 20% (w/v) PEG 3350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 6UPU Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin 提交 2019-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350
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分辨率 2.20 Å R-free 0.209 |
| 6UPU Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin 提交 2019-10-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–259（259 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350
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分辨率 2.20 Å R-free 0.209 |
| 6UPU Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin 提交 2019-10-18 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
1–259（259 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.209 |
| 6UPU Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin 提交 2019-10-18 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 M
1–259（259 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350
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分辨率 2.20 Å R-free 0.209 |
| 6X1G Crystal structure of a GEF domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB in complex with Rac1 提交 2020-05-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
548–759（212 aa）
片段：GEF domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 9.5；293 K；25 mM CHES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 8000
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分辨率 1.60 Å R-free 0.218 |
| 6X1G Crystal structure of a GEF domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB in complex with Rac1 提交 2020-05-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
548–759（212 aa）
片段：GEF domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 9.5；293 K；25 mM CHES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.218 |
| 6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
548–759（212 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0
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分辨率 2.91 Å R-free 0.208 |
| 6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
548–759（212 aa）
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未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.208 |
| 6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
548–759（212 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0
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分辨率 2.91 Å R-free 0.208 |
| 6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
548–759（212 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0
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分辨率 2.91 Å R-free 0.208 |
| 6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
548–759（212 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0
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分辨率 2.91 Å R-free 0.208 |
| 6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
548–759（212 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0
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分辨率 2.91 Å R-free 0.208 |