当前蛋白身份：B3UES2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5VN3 Cryo-EM model of B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2) and fragment antigen binding variable domain of 17b 提交 2017-04-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 G
29–509（481 aa）
链 I
29–509（481 aa）
链 J
29–509（481 aa）
|
突变：A501C 突变：A501C 突变：A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging
|
分辨率 3.70 Å |
| 5VN8 Cryo-EM model of B41 SOSIP.664 in complex with fragment antigen binding variable domain of b12 提交 2017-04-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
29–509（481 aa）
链 E
29–509（481 aa）
链 G
29–509（481 aa）
|
突变：A501C 突变：A501C 突变：A501C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging
|
分辨率 3.60 Å |
| 6CH9 Crystal structure of a natively-glycosylated B41 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and 35O22 提交 2018-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 G
29–511（483 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；5% Tacismate pH 8.0, 15% PEG 3350
|
分辨率 4.85 Å R-free 0.292 |
| 6EDU B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2), the co-receptor mimicking antibody 21c and the broadly neutralizing antibody 8ANC195 提交 2018-08-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 D
29–509（481 aa）
链 E
29–509（481 aa）
链 F
29–509（481 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.06 Å |
| 6MCO Crystal structure of the B41 SOSIP.664 Env trimer with PGT124 and 35O22 Fabs, in P23 space group 提交 2018-08-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
30–511（482 aa）
片段：residues 30-511
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1M HEPES (pH 7.0),
8% PEG8000
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.322 |
| 6MDT Crystal structure of the B41 SOSIP.664 Env trimer with PGT124 and 35O22 Fabs, in P63 space group 提交 2018-09-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
516–668（153 aa）
片段：residues 516-668
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1M Calcium acetate, 0.1M MES (pH 6), 15%(v/v) PEG400
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.311 |
| 6MUF Crystal Structure of HIV-1 B41 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.4 Angstrom 提交 2018-10-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 G
29–511（483 aa）
片段：gp120
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；90mM Na Acetate pH5.5
6% PEG8,000
3% PEG400
450mM NaCl
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.297 |
| 6MUG Crystal Structure of HIV-1 B41 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-386150 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 3.8 Angstrom 提交 2018-10-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 G
29–511（483 aa）
片段：gp120
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 JYS 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-(4-bromo-7-fluoro-1H-indol-3-yl)ethane-1,2-dione × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；60mM Na Acetate pH5.5
4% PEG8,000
2%PEG400
300mM NaCl
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.289 |
| 6OKP B41 SOSIP.664 in complex with the silent-face antibody SF12 and V3-targeting antibody 10-1074 提交 2019-04-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 D
29–509（481 aa）
链 E
29–509（481 aa）
链 F
29–509（481 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids
|
分辨率 3.28 Å |
| 6OPN CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP in complex with small molecule GO35 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 D
29–517（489 aa）
链 G
29–517（489 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 N07 [3'-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl](piperidin-1-yl)methanone × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OPO Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 D
29–517（489 aa）
链 J
29–517（489 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；DDM added shortly (<5 minutes) prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OPP Asymmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 D
29–517（489 aa）
链 J
29–517（489 aa）
|
未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6OPQ CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP frozen with LMNG 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 D
29–517（489 aa）
链 E
29–517（489 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6U59 HIV-1 B41 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 13B 提交 2019-08-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 C
29–517（489 aa）
链 G
29–517（489 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent was added to sample shortly prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.86 Å |
| 6X5B Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 D
29–517（489 aa）
链 J
29–517（489 aa）
|
突变：A501C, E510R, K511R, 512R, 513R 突变：A501C, E510R, K511R, 512R, 513R 突变：A501C, E510R, K511R, 512R, 513R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6X5C Asymmetric model of CD4-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
29–517（489 aa）
链 D
29–517（489 aa）
链 E
29–517（489 aa）
|
突变：A501C, E510R, K511R, 512R, 513R 突变：A501C, E510R, K511R, 512R, 513R 突变：A501C, E510R, K511R, 512R, 513R | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 8D5C anti-HIV-1 gp120-sCD4 complex antibody CG10 Fab in complex with B41-sCD4 提交 2022-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
29–509（481 aa）
链 B
29–509（481 aa）
链 C
29–509（481 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |