当前蛋白身份：G1SKZ8
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6D90 Mammalian 80S ribosome with a double translocated CrPV-IRES, P-site tRNA and eRF1. 提交 2018-04-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–217（217 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6D9J Mammalian 80S ribosome with a double translocated CrPV-IRES, P-sitetRNA and eRF1. 提交 2018-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–217（217 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6GZ3 tRNA translocation by the eukaryotic 80S ribosome and the impact of GTP hydrolysis, Translocation-intermediate-POST-1 (TI-POST-1) 提交 2018-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Au
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 327 ZN ZINC ION × 5 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6HCF Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on globin mRNA at the stop codon 提交 2018-08-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 u3
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 300 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6HCJ Structure of the rabbit 80S ribosome on globin mRNA in the rotated state with A/P and P/E tRNAs 提交 2018-08-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 w3
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 300 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6HCM Structure of the rabbit collided di-ribosome (stalled monosome) 提交 2018-08-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 u3
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 300 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6HCQ Structure of the rabbit collided di-ribosome (collided monosome) 提交 2018-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 w3
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 300 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 6MTB Rabbit 80S ribosome with P- and Z-site tRNAs (unrotated state) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 u
5–210（206 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6MTC Rabbit 80S ribosome with Z-site tRNA and IFRD2 (unrotated state) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 u
5–210（206 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6MTD Rabbit 80S ribosome with eEF2 and SERBP1 (unrotated state with 40S head swivel) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 u
5–210（206 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6P5I Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 AK
1–217（217 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5J Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 2) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 AK
1–217（217 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5K Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 AK
1–217（217 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5N Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with a single translocated Israeli Acute Paralysis Virus IRES and eRF1 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 AK
1–217（217 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5s
|
分辨率 3.20 Å |
| 6SGC Rabbit 80S ribosome stalled on a poly(A) tail 提交 2019-08-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 275 ZN ZINC ION × 8 SPD SPERMIDINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6ZVK The Halastavi arva virus (HalV) intergenic region IRES promotes translation by the simplest possible initiation mechanism 提交 2020-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 42
1–217（217 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7A01 The Halastavi arva virus intergenic region IRES promotes translation by the simplest possible initiation mechanism 提交 2020-08-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 42
1–217（217 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7NWG Mammalian pre-termination 80S ribosome with Hybrid P/E- and A/P-site tRNA's bound by Blasticidin S. 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 w3
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 299 BLS BLASTICIDIN S × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES pH 7.4
100 mM KOAc
5 mM Mg(Oac)2
1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30s sample incubation on grid followed by 1.1s blotting time.
|
分辨率 3.80 Å |
| 7O7Y Rabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknot (high resolution) 提交 2021-04-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 420 UNX UNKNOWN LIGAND × 330 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 7O7Z Rabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknot (classified for pseudoknot) 提交 2021-04-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 420 UNX UNKNOWN LIGAND × 329 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7O80 Rabbit 80S ribosome in complex with eRF1 and ABCE1 stalled at the STOP codon in the mutated SARS-CoV-2 slippery site 提交 2021-04-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 355 UNX UNKNOWN LIGAND × 374 ZN ZINC ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7O81 Rabbit 80S ribosome colliding in another ribosome stalled by the SARS-CoV-2 pseudoknot 提交 2021-04-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 349 UNX UNKNOWN LIGAND × 266 ZN ZINC ION × 8 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7OYD Cryo-EM structure of a rabbit 80S ribosome with zebrafish Dap1b 提交 2021-06-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 x
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 201 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 7ZJW Rabbit 80S ribosome as it decodes the Sec-UGA codon 提交 2022-04-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Lx
1–217（217 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SER SERINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 225 K POTASSIUM ION × 18 ZN ZINC ION × 9 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7ZJX Rabbit 80S ribosome programmed with SECIS and SBP2 提交 2022-04-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 Lx
1–217（217 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric（92） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature
|
分辨率 3.50 Å |
| 8P2K Ternary complex of translating ribosome, NAC and METAP1 提交 2023-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 73 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 420 UNX UNKNOWN LIGAND × 312 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9QQA Ternary complex of translating ribosome, NAC and NMT1 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 407 UNX UNKNOWN LIGAND × 187 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9QQB Quaternary complex of a translating ribosome, NAC, NMT1, and NatA 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：89-meric（89） 与全部聚合物一致 |
链 Bv
1–217（217 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 412 UNX UNKNOWN LIGAND × 168 ZN ZINC ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9RHU Rabbit 80S ribosome in complex with eRF1-AAQ, stalled at the Stop codon in mutated F2A sequence 提交 2025-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 o2
1–217（217 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 367 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 37 SPD SPERMIDINE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |