当前蛋白身份：G1U472
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4KZX Rabbit 40S ribosomal subunit in complex with eIF1. 提交 2013-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1M Ammonium acetate, 0.05M Tris-HCl pH 8.5, 2.5% PEG-20K, 4-6% MPD, 5.0mM Mg acetate, 2.0mM TCEP, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 7.81 Å R-free 0.347 |
| 4KZY Rabbit 40S ribosomal subunit in complex with eIF1 and eIF1A. 提交 2013-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1M Ammonium acetate, 0.05M Tris-HCl pH 8.5, 2.5% PEG-20K, 4-6% MPD, 5.0mM Mg acetate, 2.0mM TCEP, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 7.01 Å R-free 0.348 |
| 4KZZ Rabbit 40S ribosomal subunit in complex with mRNA, initiator tRNA and eIF1A 提交 2013-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1M Ammonium acetate, 0.05M Tris-HCl pH 8.5, 2.5% PEG-20K, 4-6% MPD, 5.0mM Mg acetate, 2.0mM TCEP, vapor diffusion, temperature 292K
|
分辨率 7.03 Å R-free 0.359 |
| 6P4G Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1) 提交 2019-05-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P4H Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 2) 提交 2019-05-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6P5I Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5J Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 2) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5K Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5N Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with a single translocated Israeli Acute Paralysis Virus IRES and eRF1 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5s
|
分辨率 3.20 Å |
| 6W2S Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the open state (Class 1) 提交 2020-03-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane
|
分辨率 3.47 Å |
| 6W2T Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2) 提交 2020-03-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane
|
分辨率 3.36 Å |
| 7JQB SARS-CoV-2 Nsp1 and rabbit 40S ribosome complex 提交 2020-08-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–168（168 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7JQC SARS-CoV-2 Nsp1, CrPV IRES and rabbit 40S ribosome complex 提交 2020-08-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–168（168 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7MDZ 80S rabbit ribosome stalled with benzamide-CHX 提交 2021-04-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 OO
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 277 ZN ZINC ION × 8 Z2V N-[(1R,3S,4R,5S)-3-{(1R)-2-[(2R,4r,6S)-2,6-dihydroxypiperidin-4-yl]-1-hydroxyethyl}-4-hydroxy-1,5-dimethylcyclohexyl]benzamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 sec blot
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SYG Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 1(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.30 Å |
| 7SYH Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 2(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.60 Å |
| 7SYI Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 3(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.50 Å |
| 7SYJ Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 4(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.80 Å |
| 7SYK Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 5(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.20 Å |
| 7SYL Structure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 6(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.50 Å |
| 7SYM Structure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, head opening. Structure 7(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.80 Å |
| 7SYN Structure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, head opening. Structure 8(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.00 Å |
| 7SYO Structure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, head open. Structure 9(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.60 Å |
| 7SYP Structure of the wt IRES and 40S ribosome binary complex, open conformation. Structure 10(wt) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.00 Å |
| 7SYQ Structure of the wt IRES and 40S ribosome ternary complex, open conformation. Structure 11(wt) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SYR Structure of the wt IRES eIF2-containing 48S initiation complex, closed conformation. Structure 12(wt). 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 3.60 Å |
| 7SYS Structure of the delta dII IRES eIF2-containing 48S initiation complex, closed conformation. Structure 12(delta dII). 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 3.50 Å |
| 7SYT Structure of the wt IRES w/o eIF2 48S initiation complex, closed conformation. Structure 13(wt) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.40 Å |
| 7SYU Structure of the delta dII IRES w/o eIF2 48S initiation complex, closed conformation. Structure 13(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 4.60 Å |
| 7SYV Structure of the wt IRES eIF5B-containing pre-48S initiation complex, open conformation. Structure 14(wt) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 3.90 Å |
| 7SYW Structure of the wt IRES eIF5B-containing 48S initiation complex, closed conformation. Structure 15(wt) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 3.70 Å |
| 7SYX Structure of the delta dII IRES eIF5B-containing 48S initiation complex, closed conformation. Structure 15(delta dII) 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–168（168 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 second blot time, force 3
|
分辨率 3.70 Å |
| 7TOQ Mammalian 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein poly-PR 提交 2022-01-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 AS14
33–168（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7TOR Mammalian 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein GR20 提交 2022-01-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 AS14
33–167（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7UCJ Mammalian 80S translation initiation complex with mRNA and Harringtonine 提交 2022-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 OO
33–168（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 296 MQ6 Harringtonine × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UCK 80S translation initiation complex with ac4c(-1) mRNA and Harringtonine 提交 2022-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 OO
33–168（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 MQ6 Harringtonine × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric（92） 与全部聚合物一致 |
链 An
18–168（151 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature
|
分辨率 3.50 Å |
| 8P2K Ternary complex of translating ribosome, NAC and METAP1 提交 2023-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 An
18–168（151 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 73 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 420 UNX UNKNOWN LIGAND × 312 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8SCB Terminating ribosome with SRI-41315 提交 2023-04-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 OO
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 312 ZN ZINC ION × 8 ZVM (2S,4aS)-2-cyclobutyl-10-methyl-3-phenyl-2,10-dihydropyrimido[4,5-b]quinoline-4,5(3H,4aH)-dione × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8VFT Translating 80S rabbit ribosome stalled by emetine with eEF2 提交 2023-12-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 OO
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 276 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 34G emetine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VVP Codon sampling state obtained from Anisomycin-treated mammalian ribosomes 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 OB
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 260 ZN ZINC ION × 8 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 6 SPM SPERMINE × 2 K POTASSIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SER SERINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8VVQ Codon sampling state of elongation inhibitor-treated mammalian ribosomes obtained from merged datasets 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 OB
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 290 ZN ZINC ION × 8 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SER SERINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8VVR Post-decoding/Post-hydrolysis state obtained from Anisomycin-treated mammalian ribosomes 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 OB
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 204 ZN ZINC ION × 8 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 3 K POTASSIUM ION × 1 SER SERINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VVS Post-decoding post-hydrolysis state obtained from merged datasets of elongation inhibitor-treated mammalian ribosomes 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 OB
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 236 ZN ZINC ION × 8 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 4 K POTASSIUM ION × 1 SER SERINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VVT Mammalian ribosomes bound to Anisomycin in the rotated conformation 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 OB
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 144 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8VVU Anisomycin-bound mammalian ribosome with partially accommodated A-site tRNA 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 OB
1–151（151 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 102 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 1 SER SERINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8VVV Mammalian ribosomes bound to Anisomycin in the nonrotated conformation 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 OO
33–168（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 294 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |