当前蛋白身份：J3QTR3
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6KFP Crystal structure of MavC ternary complex 提交 2019-07-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, lithium chloride
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.250 |
| 6KG6 Crystal structure of MavC/UBE2N-Ub complex 提交 2019-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 4000, Tris
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.245 |
| 6SQO Crystal structure of human MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 NO3 NITRATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M SPG, pH 7.0, 10% (w/v) PEG Smear Broad, 0.15 M NH4NO3
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.173 |
| 6SQR Crystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
链 L
1–76（76 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ZN ZINC ION × 8 NO3 NITRATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) PEG Smear High
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.227 |
| 6SQS Crystal structure of cat phospho-Ser429 MDM2 RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% (w/v) PEG 2000 MME and 0.1 M KCl
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.242 |
| 7F0N Structure of deamidated Ubiquitin 提交 2021-06-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
突变：Q40E | NA SODIUM ION × 10 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；0.1M Sodium Acetate Trihydrate pH 4.5, 25%
PEG. 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.181 |
| 8HTC Crystal structure of a SeMet-labeled effector from Chromobacterium violaceum in complex with Ubiquitin 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；289 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.25, 200 mM sodium acetate, 22% PEG 8000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 8HTF Crystal structure of an effector in complex with ubiquitin 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；289 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.25, 200 mM sodium acetate, 22% PEG 8000, 25% glycerol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.223 |
| 8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–73（73 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9Q8Y Structure of RNF38 RING with linchpin mutant R454Y in complex with Ubch5B-Ub 提交 2025-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.275 |
| 9Q8Y Structure of RNF38 RING with linchpin mutant R454Y in complex with Ubch5B-Ub 提交 2025-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.275 |