当前蛋白身份：K7IM66
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5K4B Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 1 提交 2016-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
172–537（366 aa）
片段：unp residues 172-537
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；200 mM (NH4)2SO4, 100 mM Bis-Tris 6.5, 23-27% PEG-3350
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分辨率 1.40 Å R-free 0.193 |
| 5K4B Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 1 提交 2016-05-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
172–537（366 aa）
片段：unp residues 172-537
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；200 mM (NH4)2SO4, 100 mM Bis-Tris 6.5, 23-27% PEG-3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.193 |
| 5K4C Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 2 提交 2016-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
172–537（366 aa）
片段：unp residues 172-537
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未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.6-1.8 M Ammonium Citrate pH 7.0
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分辨率 1.70 Å R-free 0.196 |
| 5K4D Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 3 提交 2016-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
172–537（366 aa）
片段：unp residues 172-537
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；200 mM NaCl, 100 mM Tris 8.5, 25% PEG-3350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 5K4D Structure of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eIF3d) cap binding domain from Nasonia vitripennis, Crystal form 3 提交 2016-05-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
172–537（366 aa）
片段：unp residues 172-537
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；200 mM NaCl, 100 mM Tris 8.5, 25% PEG-3350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 6W2T Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2) 提交 2020-03-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 9
1–558（558 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane
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分辨率 3.36 Å |