当前蛋白身份：K7N5M3
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4NDM Structure of the AB18.1 TCR 提交 2013-10-27 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
118–220（103 aa）
片段：AB18.1 TCR delta chain
|
突变：T167C | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20% PEG3350, 0.2 M trisodium citrate, 2% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.280 |
| 4ZAK Crystal structure of the mCD1d/DB06-1/iNKTCR ternary complex 提交 2015-04-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 4LX N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；20% PEG 4000, 0.2M ammonium citrate dibasic
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.256 |
| 5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
116–210（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.338 |
| 5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
116–210（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.338 |
| 5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
116–210（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.338 |
| 5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 P
116–210（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.338 |
| 5MEN Human Leukocyte Antigen A02 presenting ILAKFLHWL, in complex with cognate T-Cell Receptor 提交 2016-11-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
118–206（89 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 8000
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.272 |
| 5VCJ Structure of alpha-galactosylphytosphingosine bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR 提交 2017-03-31 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
片段：UNP A0A0B4J1J9 residues 22-114,UNP K7N5M3 residues 116-210
|
未记录 | N57 (2S,3S,4R)-2-amino-3,4-dihydroxyoctadecyl alpha-D-galactopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；20 % polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium malonate
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.248 |
| 5WLG Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) 提交 2017-07-26 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
118–194（77 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；277 K；18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 5WLG Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) 提交 2017-07-26 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
118–194（77 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；277 K；18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 6CW6 Structure of alpha-GC[8,18] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR 提交 2018-03-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
96–210（115 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；8% Tacsimate pH 4.0
20% PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 6D78 The complex between high-affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) and human Class I MHC HLA-A2 with the bound MART-1(27-35)peptide 提交 2018-04-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
118–206（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.255 |
| 6MIV Crystal structure of the mCD1d/xxq (JJ300)/iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JU1 N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(4-tert-butylphenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.219 |
| 6MIY Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 JTV N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 m ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6MIY Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
116–210（95 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 JTV N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 m ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6MJ4 Crystal structure of MCD1D/INKTCR TERNARY COMPLEX bound to glycolipid (XXW) 提交 2018-09-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTG N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-{[4-O-(prop-2-en-1-yl)-alpha-D-galactopyranosyl]oxy}octadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.214 |
| 6MJ6 Crystal structure of the mCD1d/xxx (JJ166) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 NA SODIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTM N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(4-chlorophenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.234 |
| 6MJA Crystal structure of the mCD1d/xxo (JJ294) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTJ N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-({4-O-[(4-methylphenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)octadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 m ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.237 |
| 6MJI Crystal structure of the mCD1d/xxs (JJ304) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTD N-[(2S,3S,4R)-1-{[4-O-(cyclopropylmethyl)-alpha-D-galactopyranosyl]oxy}-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.227 |
| 6MJJ Crystal structure of the mCD1d/xxm (JJ290) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-21 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 10 NA SODIUM ION × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JU4 N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.216 |
| 6MJQ Crystal structure of the mCD1d/xxp (JJ295) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-21 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JUD N-{(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-[(4-O-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]octadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.258 |
| 6MJQ Crystal structure of the mCD1d/xxp (JJ295) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-21 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
116–210（95 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 2 JUD N-{(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-[(4-O-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]octadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.258 |
| 6PX6 HLA-TCR complex 提交 2019-07-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
118–210（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M MOPS/HEPES, pH 7.5, 12.5% v/v PEG1000, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG3350, 0.04 M NPS mixture
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.257 |
| 6R2L NYBR1-A2-SLSKILDTV 提交 2019-03-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
118–198（81 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M MES, 20% PEG 6000, pH 6.0 . Condition B07 from Molecular Dimensions PACT premier HT-96/FX-96, MD1-36
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 6V80 Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12 提交 2019-12-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
96–210（115 aa）
|
未记录 | AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.254 |
| 6V80 Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12 提交 2019-12-10 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
96–210（115 aa）
|
未记录 | AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate
|
分辨率 3.53 Å R-free 0.254 |
| 8T4Z T-cell receptor and lipid complex structure 提交 2023-06-12 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
116–210（95 aa）
|
未记录 | Y73 N-[(2R,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；18-20% PEG3350, 8% Tacsimate pH 5.0
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.265 |