当前蛋白身份：K9N638
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4R3D Crystal structure of MERS Coronavirus papain like protease 提交 2014-08-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1481–1811（331 aa）
片段：UNP RESIDUES 1481-1811
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.224 |
| 4R3D Crystal structure of MERS Coronavirus papain like protease 提交 2014-08-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1481–1811（331 aa）
片段：UNP RESIDUES 1481-1811
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.0), 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.224 |
| 7T3Y Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 8c 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：Full Length
链 B
3248–3553（306 aa）
片段：Full Length
|
未记录 | F5L (1R,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(2-methylpropanoyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 F8C (1S,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(2-methylpropanoyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 100 mM, 200 mM ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.258 |
| 7T3Z Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 9c 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：Full Length
链 B
3248–3553（306 aa）
片段：Full Length
|
未记录 | FHS (1S,2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-2-{[N-({[7-(phenylacetyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}propane-1-sulfonic acid × 2 FEY (1R,2S)-2-{[N-({[(2r,4R)-7-acetyl-7-azaspiro[3.5]non-5-en-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% (w/v) PEG 550 MME, 100 mM, 50 mM magnesium chloride
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.206 |
| 7T40 Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 10c 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：Full Length
|
未记录 | FV5 (1R,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(methanesulfonyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 FVE (1S,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[7-(methanesulfonyl)-7-azaspiro[3.5]nonan-2-yl]oxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；17% (w/v) PEG 10000, 100 mM Bis-Tris, 100 mM ammonium acetate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.195 |
| 7T41 Structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor 14c 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：Full Length
|
未记录 | FWI (1R,2S)-2-{[N-({[1-(tert-butoxycarbonyl)azetidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 FZI (1S,2S)-2-{[N-({[1-(tert-butoxycarbonyl)azetidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Hepes, 200 mM magnesium chloride
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.237 |
| 8R5J Crystal structure of MERS-CoV main protease 提交 2023-11-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
链 B
3248–3553（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Sodium malonate dibasic monohydrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.242 |
| 9ATA Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a phenylethyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
链 B
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGG (1S,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[(2S)-5-oxo-1-(2-phenylethyl)pyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGH (1R,2S)-1-hydroxy-2-{[N-({[(2S)-5-oxo-1-(2-phenylethyl)pyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% w/v PEG2000 MME, 150 mM potassium bromide
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.188 |
| 9ATD Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a ethylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer) inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGL (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-(2-cyclohexylethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGK (1R,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-(2-cyclohexylethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM ammonium acetate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.201 |
| 9ATE Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptane 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
链 B
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGN (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1S,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGM (1R,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1S,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.191 |
| 9ATF Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a 1-methyl-4,4-difluorocyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGP (1S,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(4,4-difluorocyclohexyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGO (1R,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(4,4-difluorocyclohexyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM sodium chloride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.179 |
| 9ATG Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a 2,2-difluoro-5-methylbenzo[1,3]dioxole 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGT (1S,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGS (1R,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride hexahydrate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.199 |
| 9ATH Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptene 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
链 B
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGR (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1R,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGQ (1R,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-{[(1R,2S,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；800 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100 mM Tris, pH 8.5, 0.5% w/v PEG5000 MME
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.208 |
| 9ATI Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a racemic bicyclo[2.2.1]heptenyl-methyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGV (1S,2S)-2-{[N-({[(3S)-1-{[(1R,2R,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGU (1R,2S)-2-{[N-({[(3S)-1-{[(1R,2R,4R)-bicyclo[2.2.1]hept-5-en-2-yl]methyl}-5-oxopyrrolidin-3-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM ammonium acetate
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.196 |
| 9ATJ Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a m-chlorobenzyl 2-pyrrolidone inhibitor 提交 2024-02-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 A1AGJ (1S,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(3-chlorophenyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGI (1R,2S)-2-({N-[({(2S)-1-[(3-chlorophenyl)methyl]-5-oxopyrrolidin-2-yl}methoxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；15% v/v PEG400, 100 mM MES, pH 6.0, 100 mM calcium acetate
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.170 |
| 9ATS Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer) 提交 2024-02-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGX (1S,2S)-2-{[N-({[(2S)-1-(cyclohexylmethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；28% w/v PEG2000 MME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.252 |
| 9ATT Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (R-enantiomer) 提交 2024-02-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
链 B
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | A1AGZ (1S,2S)-2-{[N-({[(2R)-1-(cyclohexylmethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 A1AGY (1R,2S)-2-{[N-({[(2R)-1-(cyclohexylmethyl)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；10% w/v PEG3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM L-proline
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 9BOO Crystal structure of MERS-CoV Nsp5 in complex with PF-07817883 提交 2024-05-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：residues 3248-3553
|
未记录 | YDL N-(methoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-(trifluoromethyl)-L-prolinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES 7.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.195 |
| 9N9V Main protease of MERS in complex with AVI8122 提交 2025-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3550（303 aa）
链 B
3248–3550（303 aa）
|
未记录 | A1BWH N-[(2S)-3-cyclopropyl-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopiperidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]-7-fluoro-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；8% PEG 8K, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.287 |
| 9ZJ8 Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor AMJ-II-72 提交 2025-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.247 |
| 9ZJB Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor IKR-I-46 提交 2025-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.88 Å R-free 0.216 |
| 9ZJC Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with inhibitor IKR-I-52 提交 2025-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3248–3553（306 aa）
片段：UNP residues 3248-3553
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.223 |