当前蛋白身份：O00418
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5J8H Structure of calmodulin in a complex with a peptide derived from a calmodulin-dependent kinase 提交 2016-04-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
74–100（27 aa）
片段：residues 74-100
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；308.15 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM BisTris 150 mM Potassium Chloride 10 mM Calcium Chloride；压力 1
NMR测量条件
pH 6.8；308.15 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM BisTris 150 mM Potassium Chloride 10 mM Calcium Chloride；压力 1
NMR测量条件
pH 6.8；308.15 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM BisTris 150 mM Potassium Chloride 10 mM Calcium Chloride；压力 1
NMR测量条件
pH 6.8；308.15 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM BisTris 150 mM Potassium Chloride 10 mM Calcium Chloride；压力 1
NMR样品组成
320 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 320 uM eEF2K_74-100, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
595 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K_74-100, 595 uM Calmodulin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
320 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 320 uM eEF2K_74-100, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
320 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K_74-100, 320 uM Calmodulin, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5KS5 Structure of the C-terminal Helical Repeat Domain of Elongation Factor 2 Kinase 提交 2016-07-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
627–725（99 aa）
片段：UNP residues 627-725
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM Sodium Phosphate；压力 1
NMR测量条件
pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM Sodium Phosphate；压力 1
NMR样品组成
600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K_627-725, 50 mM sodium phosphate, 4 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K_627-725, 50 mM sodium phosphate, 4 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-99% 13C; U-99% 1 eEF2K_627-725, 15 mg/mL Pf1 phage (ASLA Ltd), 50 mM sodium phosphate, 4 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6NX4 Structure of the C-terminal Helical Repeat Domain of Eukaryotic Elongation Factor 2 Kinase (eEF-2K) 提交 2019-02-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
562–725（164 aa）
片段：562-725 C-terminal fragment
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM Phosphate 100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
340 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 14 mg/mL Pf1 phage, 14 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
360 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7SHQ Structure of a functional construct of eukaryotic elongation factor 2 kinase in complex with calmodulin. 提交 2021-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–358（289 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.9；298.15 K；Cocktail solution:
Peg3350: 24%
MgCl2: 300 mM
BisTris pH 6.9: 100 mM
Protein Solution:
11 mg/mL CaM-eEF2Kp1/1
Tris pH 7.5: 20 mM
NaCl: 0.1 M
CaCl2: 3mM
TCEP: 1mM
MgCl2: 1.5 mM
AMPPNP: 1.0 mM
Crystallization conditions: 1/1 Protein/Cocktail under Paraffin Oil in a Greiner 72-Well microbatch plate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.252 |
| 8FNY Nucleotide-bound structure of a functional construct of eukaryotic elongation factor 2 kinase. 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–358（289 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Bis-trispropane, 100 mM NaF, 20.5 % w/v PEG-3350 (2protein/1solution)
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.229 |
| 8FNY Nucleotide-bound structure of a functional construct of eukaryotic elongation factor 2 kinase. 提交 2022-12-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
70–358（289 aa）
链 C
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Bis-trispropane, 100 mM NaF, 20.5 % w/v PEG-3350 (2protein/1solution)
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.229 |
| 8FO6 Nucleotide-free structure of a functional construct of eukaryotic elongation factor 2 kinase. 提交 2022-12-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–358（289 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.9；293 K；100 mM Bis-trispropane, 200 mM NaF, 17.6% PEG-3350 (2protein 1solution)
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.231 |
| 8GM4 Functional construct of the Eukaryotic elongation factor 2 kinase bound to an ATP-competitive inhibitor 提交 2023-03-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–358（289 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EKI 7-amino-1-cyclopropyl-3-ethyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrido[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；295.15 K；Cocktail:16.55% PEG-3350, 200 mM NaF, 100 mM BisTris-Propane
Protein sol: 10.3 mg/mL 20 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 1mM TCEP, 0.3 mM ADP, 0.3 m Inhibitor , 0.7 % DMSO
2protein/1cocktail (0.2 ul total)
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.238 |
| 8GM5 Functional construct of the Eukaryotic elongation factor 2 kinase bound to Calmodulin, ADP and to the A-484954 inhibitor and showing two conformations for the 498-520 loop 提交 2023-03-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–358（289 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EKI 7-amino-1-cyclopropyl-3-ethyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrido[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295.15 K；Cocktail:16.55% PEG-3350, 0.2 M NaF, 100 mM BisTris-Propane
Protein solution: 10.3 mg/mL 20 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 1mM TCEP, 1.5 m Inhibitor , 3.1 % DMSO
2protein/1cocktail (0.2 ul total)
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.225 |
| 9OCW A constitutively active construct of eukaryotic elongation factor 2 kinase 提交 2025-04-25 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
71–358（288 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；2 ul of protein were mixed with 1 ul of a 18.8% PEG3350 (Hampton Research) and 314 mM magnesium acetate (pH
not adjusted) solution in a 24 wells plate at room temperature
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.257 |
| 9PCQ Phosphorylation of a Conserved Aspartate at the Eukaryotic Elongation Factor 2 Kinase Catalytic Site 提交 2025-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–358（289 aa）
链 A
490–725（236 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298.15 K；Protein was mixed 1/1 with 100 mM BisTrisPropane, 80 mM NaF, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |