当前蛋白身份：O05209
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CZ4 NMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA) 提交 1999-09-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–183（183 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN: M1 TO E183 FOLLOWED BY A DIGLYCINE SPACER
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT
NMR测量条件
pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.4 MM VAT-NU-15N,13C; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
NMR样品组成
1.2 MM VAT-N U-15N; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
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分辨率未提供 |
| 1CZ5 NMR STRUCTURE OF VAT-N: THE N-TERMINAL DOMAIN OF VAT (VCP-LIKE ATPASE OF THERMOPLASMA) 提交 1999-09-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–183（183 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN: M1 TO E183 FOLLOWED BY A DIGLYCINE SPACER
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT
NMR测量条件
pH 5.9；320 K；离子强度（mmCIF原始值）80 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.4 MM VAT-N U-15N,13C; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
NMR样品组成
1.2 MM VAT-N U-15N; 40 MM PHOSPHATE BUFFER NA; 90% H2O, 10% D2O
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分辨率未提供 |
| 5G4F Structure of the ADP-bound VAT complex 提交 2016-05-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–726（726 aa）
链 B
1–726（726 aa）
链 C
1–726（726 aa）
链 D
1–726（726 aa）
链 E
1–726（726 aa）
链 P
1–726（726 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ADP；pH 7.5；50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ADP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING, DETAILS- SAMPLE HELD AT 4 DEGREES CELSIUS BEFORE FREEZING
|
分辨率 7.00 Å |
| 5G4G Structure of the ATPgS-bound VAT complex 提交 2016-05-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
6–726（721 aa）
链 B
6–726（721 aa）
链 C
6–726（721 aa）
链 D
6–726（721 aa）
链 E
6–726（721 aa）
链 F
6–726（721 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ATPGS；pH 7.5；50 MM HEPES, 100 MM NACL, 5MM ATPGS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
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分辨率 7.80 Å |
| 5VC7 VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT) - conformation 1 提交 2017-03-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 C
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 D
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 E
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 F
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 G
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot for 4 seconds before plunging
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分辨率 3.90 Å |
| 5VCA VCP like ATPase from T. acidophilum (VAT)-Substrate bound conformation 提交 2017-03-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 M
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 N
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 O
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 P
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 Q
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
链 R
183–745（563 aa）
片段：UNP residues 183-745
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot for 4 seconds before plunging
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分辨率 4.80 Å |
| 7DBO DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum 提交 2020-10-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–91（91 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate
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分辨率 1.90 Å R-free 0.264 |
| 7DBO DPBB domain of VCP-like ATPase from Thermoplasma acidophilum 提交 2020-10-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–91（91 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM citrate / phosphate pH5.0, 1.4M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.264 |