当前蛋白身份：O13033
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JBW Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (with NBD, no symmetry) 提交 2015-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10 mM CaCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.464 |
| 3JBX Cryo-electron microscopy structure of RAG Signal End Complex (C2 symmetry) 提交 2015-10-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.415 |
| 3JBY Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (C2 symmetry) 提交 2015-10-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10 mM CaCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.431 |
| 6DBI Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS nicked DNA intermediates 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.478 |
| 6DBJ Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS nicked DNA intermediates 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.384 |
| 6DBL Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.410 |
| 6DBO Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.452 |
| 6DBQ Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.22 Å R-free 0.441 |
| 6DBR Cryo-EM structure of RAG in complex with one melted RSS and one unmelted RSS 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.417 |
| 6DBT Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.443 |
| 6DBU Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.451 |
| 6DBV Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.29 Å R-free 0.433 |
| 6DBW Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS substrate DNA 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å R-free 0.386 |
| 6DBX Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS substrate DNA 提交 2018-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
271–1031（761 aa）
链 C
271–1031（761 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.421 |