当前蛋白身份：O14786
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1KEX Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 提交 2001-11-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
片段：b1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；PEG 8000, MES, zinc acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.266 |
| 2QQI Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-1 提交 2007-07-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–586（314 aa）
片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.201 |
| 2QQM Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-1 提交 2007-07-26 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
141–586（446 aa）
片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 2QQN Neuropilin-1 b1 Domain in Complex with a VEGF-Blocking Fab 提交 2007-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
片段：F5/8 type C 1 domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；25% PEG 1500, 4% tert-butanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.207 |
| 3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
片段：domain B1, F5/8 type C 1
|
未记录 | 8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
片段：domain B1, F5/8 type C 1
|
未记录 | 8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
274–429（156 aa）
片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
链 B
274–429（156 aa）
片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.267 |
| 4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
274–429（156 aa）
片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.267 |
| 4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
274–429（156 aa）
片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.267 |
| 4RN5 B1 domain of human Neuropilin-1 with acetate ion in a ligand-binding site 提交 2014-10-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
片段：B1 domain (UNP residues 273-427)
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；100mM MES, 200mM Zinc Acetate, 10% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.201 |
| 5C7G Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in complex with a bicine molecule 提交 2015-06-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
片段：B1 DOMAIN, UNP residues 273-427
|
未记录 | BCN BICINE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG550 mme 5%, PEG 20 000, 60mM MgCl2, Na-Bicine 100 mM, pH 8.5
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.172 |
| 5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
片段：b1 domain, UNP residues 273-427
|
未记录 | HRG L-HOMOARGININE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.213 |
| 5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
片段：b1 domain, UNP residues 273-427
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.213 |
| 5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.187 |
| 5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
|
未记录 | R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.187 |
| 5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
|
未记录 | AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
273–427（155 aa）
|
未记录 | AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
273–427（155 aa）
|
未记录 | AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.169 |
| 5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
|
未记录 | AAG N-ALPHA-L-ACETYL-ARGININE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.169 |
| 5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.193 |
| 5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
|
未记录 | 6JY N~2~-(benzenecarbonyl)-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.193 |
| 5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | 6K8 N-(benzenecarbonyl)glycyl-L-arginine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 5L73 MAM domain of human neuropilin-1 提交 2016-06-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
628–813（186 aa）
片段：UNP residues 628-813
链 B
628–813（186 aa）
片段：UNP residues 628-813
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 BCN BICINE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；289 K；0.06 M MgCl2
0.06 M CaCl2
0.1 M Tris (base), 0.1 M
BICINE pH 8.0
12.5 % MPD
12.5 % PEG 1000
12.5 % w/v PEG 3350.
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.228 |
| 6FMC Neuropilin1-b1 domain in complex with EG01377, 0.9 Angstrom structure 提交 2018-01-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride
|
分辨率 0.90 Å R-free 0.132 |
| 6FMF Neuropilin-1 b1 domain in complex with EG01377; 2.8 Angstrom structure 提交 2018-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.292 |
| 6TKK Neuropilin 1-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB186 peptide 提交 2019-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride
|
分辨率 1.06 Å R-free 0.149 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
273–427（155 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
273–427（155 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
273–427（155 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.250 |
| 7O1N Crystal Structure of Human Neuropilin-1 b1 Domain mutant - Y297A 提交 2021-03-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
|
突变：Y297A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Precipitant of 20% PEG4000, 0.1M Tris (pH 8.5), 0.2M Lithium Sulfate.
Protein concentration used is 10 mg/mL, mixed 1:1 with precipitant for hanging drop over reservoir of 1 mL.
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.209 |
| 7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
273–427（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 BBB
273–427（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
271–586（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic
16 % w/v PEG 8000
20 % v/v Glycerol
(JCSG Plus: D12)
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.314 |
| 8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
271–586（316 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic
16 % w/v PEG 8000
20 % v/v Glycerol
(JCSG Plus: D12)
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分辨率 2.70 Å R-free 0.314 |
| 8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
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突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E | ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol
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分辨率 1.35 Å R-free 0.210 |
| 8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
273–427（155 aa）
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突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol
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分辨率 1.35 Å R-free 0.210 |
| 9EOU Crystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in complex with a peptide. 提交 2024-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
273–586（314 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium malonate pH 6.0,
9% w/v PEG 3350
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分辨率 1.55 Å R-free 0.202 |
| 9F6B Human neuropilin-1 in a complex with a quinoline based antagonists 提交 2024-04-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
273–427（155 aa）
链 B
273–427（155 aa）
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未记录 | A1IAT (2~{S})-2-[[3-[[6-[3-(aminomethyl)phenyl]quinolin-8-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium Chloride, 14% PEG3350
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分辨率 1.57 Å R-free 0.239 |