当前蛋白身份：O14842
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4PHU Crystal structure of Human GPR40 bound to allosteric agonist TAK-875 提交 2014-05-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–211（211 aa）
片段：UNP O14842 residues 2-213, UNP P00720 residues 2-161, UNP O14842 residues 214-300
链 A
214–300（87 aa）
片段：UNP O14842 residues 2-213, UNP P00720 residues 2-161, UNP O14842 residues 214-300
|
突变：L42A,F88A,G103A,Y202F,S211G,G212S,C1154T,C1197A 突变：L42A,F88A,G103A,Y202F,S211G,G212S,C1154T,C1197A | 2YB [(3S)-6-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy]biphenyl-3-yl}methoxy)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 8；294 K；29-31% Peg 400,100 mM Tris pH 8.0. 0.2 M Na Malonate,200 uM TAK-875
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.2；294 K；39.8 % Peg 400, 100 mM Bis-Tris-Propane pH 7.2, 0.1 Ammonium Phosphate (monobasic), 200 uM TAK-875
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.233 |
| 5KW2 The extra-helical binding site of GPR40 and the structural basis for allosteric agonism and incretin stimulation 提交 2016-07-15 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–211（211 aa）
链 A
214–300（87 aa）
|
未记录 | 6XQ (3~{S})-3-cyclopropyl-3-[2-[1-[2-[2,2-dimethylpropyl-(6-methylpyridin-2-yl)carbamoyl]-5-methoxy-phenyl]piperidin-4-yl]-1-benzofuran-6-yl]propanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；298 K；0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 30% PEG 400, 0.2 M ammonium formate.
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分辨率 2.76 Å R-free 0.273 |
| 5TZR GPR40 in complex with partial agonist MK-8666 提交 2016-11-22 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–211（211 aa）
链 A
214–300（87 aa）
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突变：L42A, F88A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R 突变：L42A, F88A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R | NA SODIUM ION × 1 MK6 (5aR,6S,6aS)-3-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}methoxy)-5,5a,6,6a-tetrahydrocyclopropa[4,5]cyclopenta[1,2-c]pyridine-6-carboxylic acid × 1 MLI MALONATE ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.7；293 K；25-28%PEG 400, 0.2M sodium malonate, 0.1M Tris pH7.7
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分辨率 2.20 Å R-free 0.228 |
| 5TZY GPR40 in complex with AgoPAM AP8 and partial agonist MK-8666 提交 2016-11-22 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–211（211 aa）
链 A
214–300（87 aa）
|
突变：;L42A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R,L42A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R,L42A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R ; 突变：;L42A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R,L42A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R,L42A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R ; | OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 MK6 (5aR,6S,6aS)-3-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}methoxy)-5,5a,6,6a-tetrahydrocyclopropa[4,5]cyclopenta[1,2-c]pyridine-6-carboxylic acid × 1 7OS (2S,3R)-3-cyclopropyl-3-[(2R)-2-(1-{(1S)-1-[5-fluoro-2-(trifluoromethoxy)phenyl]ethyl}piperidin-4-yl)-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl]-2-methylpropanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.5；293 K；22% PEG 400, 0.37M potassium nitrate, 0.1M MES pH6.5
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分辨率 3.22 Å R-free 0.287 |
| 8EIT Structure of FFAR1-Gq complex bound to DHA 提交 2022-09-15 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
2–300（299 aa）
|
未记录 | HXA DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.80 Å |
| 8EJC Structure of FFAR1-Gq complex bound to TAK-875 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
2–300（299 aa）
|
未记录 | 2YB [(3S)-6-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy]biphenyl-3-yl}methoxy)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8EJK Structure of FFAR1-Gq complex bound to TAK-875 in a lipid nanodisc 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
2–300（299 aa）
|
未记录 | 2YB [(3S)-6-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy]biphenyl-3-yl}methoxy)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8T3V Cryo-EM structure of the DHA bound FFA1-Gq complex 提交 2023-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
1–279（279 aa）
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 HXA DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 9K1C Cryo-EM structure of the DHA bound FFA1-Gi complex 提交 2024-10-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 R
1–300（300 aa）
|
未记录 | HXA DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |