当前蛋白身份：O15527
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EBM CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE (HOGG1) BOUND TO A SUBSTRATE OLIGONUCLEOTIDE 提交 2000-01-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 325)
|
突变：K249Q | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, sodium cacodylate, calcium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.263 |
| 1FN7 COUPLING OF DAMAGE RECOGNITION AND CATALYSIS BY A HUMAN BASE-EXCISION DNA REPAIR PROTEIN 提交 2000-08-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM calcium acetate, 16-18% PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 1HU0 CRYSTAL STRUCTURE OF AN HOGG1-DNA BOROHYDRIDE TRAPPED INTERMEDIATE COMPLEX 提交 2001-01-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 OXG 8-OXOGUANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.245 |
| 1KO9 Native Structure of the Human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 提交 2001-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–345（345 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 4.6；277 K；PEG 4000, Ammonium Sulphate, Sodium citrate, pH 4.6, Microbatch, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.252 |
| 1LWV Borohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized with 8-aminoguanine 提交 2002-06-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12-327)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ANG 8-AMINOGUANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.269 |
| 1LWW Borohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized with 8-bromoguanine 提交 2002-06-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 BRG 8-BROMOGUANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.257 |
| 1LWY hOgg1 Borohydride-Trapped Intermediate without 8-oxoguanine 提交 2002-06-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.258 |
| 1M3H Crystal Structure of Hogg1 D268E Mutant with Product Oligonucleotide 提交 2002-06-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
片段：core fragment (residues 12-325)
|
突变：D268E | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, cacodylate, Calcium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.282 |
| 1M3Q Crystal Structure of hogg1 D268E Mutant with Base-Excised DNA and 8-aminoguanine 提交 2002-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
片段：core fragment (residues 12-325)
|
突变：d268e | CA CALCIUM ION × 1 ANG 8-AMINOGUANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, calcium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.268 |
| 1N39 Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 提交 2002-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
|
突变：D268E | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16-18% PEG 8000, 200mM Ca(OAC)2, 100mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.273 |
| 1N3A Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 提交 2002-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
|
突变：D268Q | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；cacodylate, calcium acetate, 16-18% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.262 |
| 1N3C Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 提交 2002-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
片段：3.2.2.-, 4.2.99.18
|
突变：D268N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000 (16-18%), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.273 |
| 1YQK Human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked with guanine containing DNA 提交 2005-02-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase
|
突变：N149C | CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 1YQL Catalytically inactive hOGG1 crosslinked with 7-deaza-8-azaguanine containing DNA 提交 2005-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase
|
突变：N149C,K249Q | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 1YQM Catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to 7-deazaguanine containing DNA 提交 2005-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase
|
突变：N149C,K249Q | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 1YQR Catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to oxoG containing DNA 提交 2005-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-OXOGUANINE DNA GLYCOSYLASE
|
突变：N149C,K249Q | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.43 Å R-free 0.251 |
| 2I5W Structure of hOGG1 crosslinked to DNA sampling a normal G adjacent to an oxoG 提交 2006-08-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–323（312 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, AP lyase
|
突变：N149C | CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；16-18% PEG 8000, 150 mM CaCl2, 100 mM sod. cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 2NOB Structure of catalytically inactive H270A human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：N149C,K249Q,H270A | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, Ca(OAc)2, Na cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.258 |
| 2NOE Structure of catalytically inactive G42A human 8-oxoguanine glycosylase complexed to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：G42A,K249Q | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, Ca(OAc)2, Na cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.269 |
| 2NOF Structure of Q315F human 8-oxoguanine glycosylase proximal crosslink to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：N149C,Q315F | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.270 |
| 2NOH Structure of catalytically inactive Q315A human 8-oxoguanine glycosylase complexed to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：K249Q,Q315A | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, Ca(OAc)2, Na cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.242 |
| 2NOI Structure of G42A human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to undamaged G-containing DNA 提交 2006-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：G42A,N149C,K249Q | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.259 |
| 2NOL Structure of catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase distal crosslink to oxoG DNA 提交 2006-10-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：K249Q,S292C | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.250 |
| 2NOZ Structure of Q315F human 8-oxoguanine glycosylase distal crosslink to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
|
突变：S292C,Q315F | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.275 |
| 2XHI Separation-of-function mutants unravel the dual reaction mode of human 8-oxoguanine DNA glycosylase 提交 2010-06-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–345（345 aa）
|
突变：YES | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.55 Å R-free 0.265 |
| 3IH7 Crystal structure of catalytically active human 8-oxoguanine glycosylase distally crosslinked to guanine-containing DNA 提交 2009-07-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
片段：UNP residues 12-325
|
突变：S292C | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；63 mM Magnesium acetate, 12.6% PEG 8000, 90 mM Sodium cacodylate, 10 mM Sodium acetate pH 4.6, 60 mM Sodium fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.267 |
| 3KTU Structure of human 8-oxoGuanine Glycosylase 1 bound to fluorninated oxoG-containing DNA 提交 2009-11-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
片段：sequence database residues 12-325
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；277 K；Calcium Chloride, Sodium Cacodylate, pH 6.0, PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.257 |
| 5AN4 Crystal structure of the human 8-oxoguanine glycosylase (OGG1) processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology 提交 2015-09-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
12–323（312 aa）
片段：UNP RESIDUES 12-323
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M SODIUM CITRATE, PH=5.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 24 % PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
11–327（317 aa）
|
未记录 | K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
11–327（317 aa）
|
未记录 | K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 CCC
11–327（317 aa）
|
未记录 | K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 DDD
11–327（317 aa）
|
未记录 | K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 EEE
11–327（317 aa）
|
未记录 | K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 6W0M Human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked with oxoG lesion containing DNA 提交 2020-03-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
|
突变：E122Q, Y207C, K249Q | MG MAGNESIUM ION × 2 S5Y 2-(2-ethoxyethoxy)ethanethiol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM MgCl2, and 18 % polyethylene glycol 8000.
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.266 |
| 6W0R Human 8-oxoguanine glycosylase interrogating fully intrahelical undamaged DNA 提交 2020-03-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–323（312 aa）
|
突变：E122Q, Y207C | NA SODIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 3 S5Y 2-(2-ethoxyethoxy)ethanethiol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM NH4NO3, and 20 % polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.249 |
| 6W13 Human 8-oxoguanine glycosylase interrogating fully intrahelical oxoG lesion DNA 提交 2020-03-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–325（314 aa）
|
突变：E122Q, Y207C, C253W | MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 2 S5Y 2-(2-ethoxyethoxy)ethanethiol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.1, 200 mM MgOAc, and 17 % polyethylene glycol 8000
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.271 |
| 7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
11–327（317 aa）
|
未记录 | SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
11–327（317 aa）
|
未记录 | SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 CCC
11–327（317 aa）
|
未记录 | SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 DDD
11–327（317 aa）
|
未记录 | SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 EEE
11–327（317 aa）
|
未记录 | SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 8VWT OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map) 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–345（345 aa）
|
突变：Q249K | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VWV OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map) 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–345（345 aa）
|
突变：Q249K | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8VX4 Human OGG1 bound to a 35-bp DNA with an 8-oxoG in the middle 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–345（344 aa）
|
突变：K249Q | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–345（344 aa）
|
突变：K249Q | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XWC Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the substrate 8-oxoguanine DNA at pH 8.0 under 277 K 提交 2024-01-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–345（334 aa）
|
突变：K249H | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Sodium cacodylate, MgCl2, PEG 4000, glycerol
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.179 |
| 8XWU Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the reaction intermediate derived from the crystal soaked into the solution at pH 4.0 under 277 K for 24 hourss 提交 2024-01-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–345（334 aa）
|
未记录 | A1LXK [(2~{R},3~{S},5~{S})-5-[2-azanyl-6,8-bis(oxidanylidene)-1,7-dihydropurin-9-yl]-2,3,5-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；sodium cacodylate, PEG 4000, MgCl2
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.213 |
| 8XXG Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the reaction intermediate derived from the crystal soaked into the solution at pH 4.0 under 277 K for 2.5 hours 提交 2024-01-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–345（334 aa）
|
突变：K249H | A1LXK [(2~{R},3~{S},5~{S})-5-[2-azanyl-6,8-bis(oxidanylidene)-1,7-dihydropurin-9-yl]-2,3,5-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；PEG 4000, MgCl2, Sodium cacodylate, glycerol
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.194 |
| 8XXK Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the reaction intermediate derived from the crystal soaked into the solution at pH 4.0 under 298 K for 3 weeks 提交 2024-01-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–345（334 aa）
|
未记录 | A1LXK [(2~{R},3~{S},5~{S})-5-[2-azanyl-6,8-bis(oxidanylidene)-1,7-dihydropurin-9-yl]-2,3,5-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；MgCl2, PEG 4000, Sodium Cacodylate, glycerol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 9EOZ Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0 提交 2024-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–345（344 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9KKY Co-crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase N149C mutant with DNA containing photocaged 8-oxoguanine 提交 2024-11-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
11–327（317 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 6000, calcium chloride, sodium cacodylate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.262 |
| 9KL8 Co-crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase N149C mutant with DNA containing photocaged 8-oxoguanine after deprotection 提交 2024-11-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
11–327（317 aa）
|
突变：N149C | CA CALCIUM ION × 9 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 6000, calcium chloride, sodium cacodylate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.251 |
| 9NZ8 Crystal structure of human OGG1 in a DNA-free state 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
12–327（316 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；288 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 22% PEG6000, 5% ammonium sulfate (saturated)
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.199 |
| 9NZ9 Crystal structure of product-bound human OGG1(WT) 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；288 K；50 mM MES, pH 6.0, 16-23% PEG6000, cryoprotectant: 25% ethylene glycol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.242 |
| 9NZA Crystal structure of human OGG1 (WT) in a product bound state in the presence of the agonist F01 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
12–327（316 aa）
|
未记录 | OXG 8-OXOGUANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；50 mM MES, pH 6.0, 16-23% PEG6000, 4.5 mM F01, cryoprotectant: 25% ethylene glycol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |