当前蛋白身份：O43914
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2L34 Structure of the DAP12 transmembrane homodimer 提交 2010-09-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
35–67（33 aa）
片段：UNP RESIDUES 35-67
链 B
35–67（33 aa）
片段：UNP RESIDUES 35-67
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 (dimer) mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAP12 transmembrane peptide-1, 20 mM sodium phosphate-2, 25 mM SDS-3, 250 mM Foscholine-14-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 (dimer) mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAP12 transmembrane peptide-5, 20 mM sodium phosphate-6, 25 mM [U-100% 2H] SDS-7, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-8, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 (monomer) mM [U-100% 15N; U-100% 2H] DAP12 transmembrane peptide-9, 0.5 (monomer) mM [U-100% 13C] DAP12 transmembrane peptide-10, 25 mM [U-100% 2H] SDS-11, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-12, 20 mM sodium phosphate-13, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 (dimer) mM [U-10% 13C] DAP12 transmembrane peptide-14, 25 mM [U-100% 2H] SDS-15, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-16, 20 mM sodium phosphate-17, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L35 Structure of the DAP12-NKG2C transmembrane heterotrimer 提交 2010-09-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
35–67（33 aa）
链 B
35–66（32 aa）
片段：UNP RESIDUES 35-66
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAP12-NKG2C TM-1, 0.5-1 mM DAP12 TM-2, 25 mM SDS-3, 250 mM Foscholine-14-4, 20 mM sodium phosphate-5, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM DAP12-NKG2C TM-6, 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DAP12 TM-7, 25 mM SDS-8, 250 mM Foscholine-14-9, 20 mM sodium phosphate-10, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAP12-NKG2C TM-11, 0.5-1 mM DAP12 TM-12, 25 mM [U-100% 2H] SDS-13, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-14, 20 mM sodium phosphate-15, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM DAP12-NKG2C TM-16, 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DAP12 TM-17, 25 mM [U-100% 2H] SDS-18, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-19, 20 mM sodium phosphate-20, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-100% 15N; U-100% 2H] DAP12-NKG2C TM-21, 0.5-1 mM [U-10% 13C] DAP12 TM-22, 25 mM [U-100% 2H] SDS-23, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-24, 20 mM sodium phosphate-25, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5-1 mM [U-10% 13C] DAP12-NKG2C TM-26, 0.5-1 mM [U-100% 15N; U-90% 2H] DAP12 TM-27, 25 mM [U-100% 2H] SDS-28, 250 mM [U-100% 2H] Foscholine-14-29, 20 mM sodium phosphate-30, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4WO1 Crystal structure of the DAP12 transmembrane domain in lipid cubic phase 提交 2014-10-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
链 D
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
|
突变：M21V 突变：M21V | CA CALCIUM ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.07；293 K；0.1 M bis-tris propane chloride pH 6.07, 19.7 %w/v PEG 3350, 0.27 M calcium chloride
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.296 |
| 4WO1 Crystal structure of the DAP12 transmembrane domain in lipid cubic phase 提交 2014-10-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
链 C
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
|
突变：M21V 突变：M21V | OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.07；293 K；0.1 M bis-tris propane chloride pH 6.07, 19.7 %w/v PEG 3350, 0.27 M calcium chloride
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.296 |
| 4WOL Crystal Structure of the DAP12 transmembrane domain in lipidic cubic phase 提交 2014-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
链 B
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
链 C
35–67（33 aa）
片段：UNP residues 35-67
|
突变：M21V 突变：M21V 突变：M21V | K POTASSIUM ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；12.4% w/v PEG 3350, 0.149 M potassium thiocyanate
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.223 |
| 7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 JJJ
88–107（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 LLL
88–107（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 KKK
88–107（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 GGG
88–107（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 III
88–107（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 7Q5W The tandem SH2 domains of SYK with a bound TYROBP diphospho-ITAM peptide 提交 2021-11-04 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 HHH
88–107（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30 mM sodium nitrate, 30 mM dibasic sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate, 100 mM Tris/BICINE, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |