当前蛋白身份：P00751
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DLE FACTOR B SERINE PROTEASE DOMAIN 提交 1999-12-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
470–764（295 aa）
片段：SERINE PROTEASE DOMAIN
链 B
470–764（295 aa）
片段：SERINE PROTEASE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG-1000, MES, TRIS, SODIUM CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 1Q0P A domain of Factor B 提交 2003-07-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
254–476（223 aa）
片段：sequence database residues 254-476
|
突变：C267S | MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% Jeffamine, 0.05M Ceseium Chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.259 |
| 1RRK Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B 提交 2003-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
243–764（522 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT
|
突变：F428C, N435C, C267V | IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 CO COBALT (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEGMME 2000, NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.245 |
| 1RS0 Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B complexed with Di-isopropyl-phosphate (DIP) 提交 2003-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
268–764（497 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT
|
突变：F428C, N435C, C267V | IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEGMME 2000, NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 1RTK Crystal Structure Analysis of the Bb segment of Factor B complexed with 4-guanidinobenzoic acid 提交 2003-12-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
268–764（497 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT
|
突变：F428C, N435C, C267V | IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEGMME 2000, NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 2OK5 Human Complement factor B 提交 2007-01-16 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–764（739 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 1500, 0.02 M Malic acid, 0.04 M MES, 0.04 M TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 2WIN C3 convertase (C3bBb) stabilized by SCIN 提交 2009-05-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 J
260–764（505 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764
链 L
260–764（505 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；75 MM SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 8.0% PEG 3350, 50 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 6.5
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.268 |
| 2WIN C3 convertase (C3bBb) stabilized by SCIN 提交 2009-05-13 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 I
260–764（505 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764
链 K
260–764（505 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B BB FRAGMENT, RESIDUES 260-764
|
未记录 | BMA beta-D-mannopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；75 MM SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 8.0% PEG 3350, 50 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 6.5
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.268 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
35–764（730 aa）
片段：RESIDUES 35-764
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
35–764（730 aa）
片段：RESIDUES 35-764
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
35–764（730 aa）
片段：RESIDUES 35-764
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
35–764（730 aa）
片段：RESIDUES 35-764
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
26–764（739 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B
|
突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4；pH 4.0
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.281 |
| 2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
26–764（739 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B
|
突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4；pH 4.0
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.281 |
| 2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
26–764（739 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B
|
突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4；pH 4.0
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.281 |
| 2XWJ Crystal Structure of Complement C3b in Complex with Factor B 提交 2010-11-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
26–764（739 aa）
片段：COMPLEMENT FACTOR B
|
突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4；pH 4.0
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.281 |
| 3HRZ Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
26–764（739 aa）
片段：residues 26-764
|
突变：D279G,N285D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 3350, PEG 400, Na/K Phosphate, Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.226 |
| 3HS0 Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
26–764（739 aa）
片段：residues 26-764
|
突变：D279G,N285D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.243 |
| 3HS0 Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
26–764（739 aa）
片段：residues 26-764
|
突变：D279G,N285D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.243 |
| 3HS0 Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B 提交 2009-06-10 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
26–764（739 aa）
片段：residues 26-764
链 I
26–764（739 aa）
片段：residues 26-764
|
突变：D279G,N285D 突变：D279G,N285D | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.243 |
| 6QSW Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine. 提交 2019-02-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 JGT ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.188 |
| 6QSW Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine. 提交 2019-02-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 JGT ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.188 |
| 6QSW Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor N-(2-bromo-4-methylnaphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine. 提交 2019-02-22 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 CCC
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 JGT ~{N}-(2-bromanyl-4-methyl-naphthalen-1-yl)-4,5-dihydro-1~{H}-imidazol-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.188 |
| 6QSX Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor ((2S,4S)-1-((5,7-dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)-4-methoxypiperidin-2-yl)methanol. 提交 2019-02-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 JGN [(2~{S},4~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]-4-methoxy-piperidin-2-yl]methanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 mM sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.220 |
| 6QSX Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor ((2S,4S)-1-((5,7-dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)-4-methoxypiperidin-2-yl)methanol. 提交 2019-02-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 JGN [(2~{S},4~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]-4-methoxy-piperidin-2-yl]methanol × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 mM sodium acetate (pH 4.6), 2 mM inhibitor
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.220 |
| 6RAV Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor 4-((2S,4S)-4-ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-04-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 JGQ 4-[(2~{S},4~{S})-4-ethoxy-1-[(5-methoxy-7-methyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24 % (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 2mM inhibitor
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 6RAV Complement factor B protease domain in complex with the reversible inhibitor 4-((2S,4S)-4-ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-04-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 JGQ 4-[(2~{S},4~{S})-4-ethoxy-1-[(5-methoxy-7-methyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24 % (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 2mM inhibitor
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 6RUR Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to properdin 提交 2019-05-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 J
260–764（505 aa）
链 L
260–764（505 aa）
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 18 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM MgAcetate 50 mM Mes 6.5 5 % w/v PEG 10K
|
分辨率 6.00 Å R-free 0.272 |
| 6RUV Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to Properdin and a the non-inhibitory nanobody hFPNb1 提交 2019-05-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 J
260–764（505 aa）
链 L
260–764（505 aa）
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 21 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；100 mM NaCl, 5 % (w/v) PEG4000, 10 mM MgCl2, 100 mM Sodium Cacodylate trihydrate pH 5.8.
|
分辨率 6.15 Å R-free 0.271 |
| 6T8U Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine 提交 2019-10-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
474–764（291 aa）
|
未记录 | MVZ 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.239 |
| 6T8U Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine 提交 2019-10-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
474–764（291 aa）
|
未记录 | MVZ 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.239 |
| 6T8U Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine 提交 2019-10-25 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 CCC
474–764（291 aa）
|
未记录 | MVZ 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.239 |
| 6T8V Complement factor B in complex with (S)-5,7-Dimethyl-4-((2-phenylpiperidin-1-yl)methyl)-1H-indole 提交 2019-10-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 MVK 4-[(2~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 5 mM inhibitor
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.254 |
| 6T8V Complement factor B in complex with (S)-5,7-Dimethyl-4-((2-phenylpiperidin-1-yl)methyl)-1H-indole 提交 2019-10-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MVK 4-[(2~{S})-1-[(5,7-dimethyl-1~{H}-indol-4-yl)methyl]piperidin-2-yl]benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 5 mM inhibitor
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.254 |
| 6T8W Complement factor B in complex with (-)-4-(1-((5,7-Dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-10-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 MVW 5,7-dimethyl-4-[[(2~{S})-2-phenylpiperidin-1-yl]methyl]-1~{H}-indole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M
AMMONIUM SULFATE, 0.1 MM ZNCL2, 1 mM inhibitor
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 6T8W Complement factor B in complex with (-)-4-(1-((5,7-Dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid 提交 2019-10-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
474–764（291 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MVW 5,7-dimethyl-4-[[(2~{S})-2-phenylpiperidin-1-yl]methyl]-1~{H}-indole × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M
AMMONIUM SULFATE, 0.1 MM ZNCL2, 1 mM inhibitor
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7JTN Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 29 Bases 提交 2020-08-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–764（764 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M bis-tris,
0.2 M ammonium acetate,
25% peg-3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.241 |
| 7JTN Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 29 Bases 提交 2020-08-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–764（764 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M bis-tris,
0.2 M ammonium acetate,
25% peg-3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.241 |
| 7JTQ Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 31 Bases 提交 2020-08-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–764（764 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5),
0.2 M ammonium acetate,
25% (w/v) peg-3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.257 |
| 7JTQ Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 31 Bases 提交 2020-08-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–764（764 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5),
0.2 M ammonium acetate,
25% (w/v) peg-3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.257 |
| 7NOZ Structure of the nanobody stablized properdin bound alternative pathway proconvertase C3b:FB:FP 提交 2021-02-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 F
35–764（730 aa）
|
突变：D279G | MAN alpha-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.265 |
| 8ENU Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin 提交 2022-09-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
2–764（763 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 8EOK Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin and factor Xa 提交 2022-10-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
2–764（763 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 8UIN Structure of the C3bBb-albicin complex 提交 2023-10-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 J
260–487（228 aa）
链 X
260–487（228 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；10 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.86 Å |
| 9U62 AP pathways C3 convertase C3bBbP and C3 complex 提交 2025-03-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
260–764（505 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NI NICKEL (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |