当前蛋白身份：P01042
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2WOK Clavulanic acid biosynthesis oligopeptide binding protein 2 complexed with bradykinin 提交 2009-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
381–389（9 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.223 |
| 4ASQ Crystal structure of ANCE in complex with Bradykinin 提交 2012-05-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
381–389（9 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FLC CITRATE ANION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；100 MM HEPES 1.3 M SODIUM CITRATE, pH 7.5
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.200 |
| 4ASR Crystal structure of ANCE in complex with Thr6-Bradykinin 提交 2012-05-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
381–389（9 aa）
|
突变：YES | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FLC CITRATE ANION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；100 MM HEPES 1.3 M SODIUM CITRATE, pH 7.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.200 |
| 4ECB Chimeric GST Containing Inserts of Kininogen Peptides 提交 2012-03-26 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
498–507（10 aa）
片段：unp residues 1-49, kinonogen 498-507, 50-228
链 B
498–507（10 aa）
片段：unp residues 1-49, kinonogen 498-507, 50-228
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM KCl, 35% Pentaerythritol propoxylate, 0.1 M ATP solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.248 |
| 4ECC Chimeric GST Containing Inserts of Kininogen Peptides 提交 2012-03-26 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
498–510（13 aa）
片段：unp residues 1-49, kinonogen 498-510, 50-228
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；(1)0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes, 25% PEG 3350 (2)0.2 M Lithium Sulfate, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.269 |
| 6F27 NMR solution structure of non-bound [des-Arg10]-kallidin (DAKD) 提交 2017-11-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
380–388（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.6；295 K；离子强度（mmCIF原始值）111；压力 ambient
NMR样品组成
3 mM DAKD, 50 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6F3W Backbone structure of free bradykinin (BK) in DDM/CHS detergent micelle determined by MAS SSNMR 提交 2017-11-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
381–389（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；200 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 1
NMR样品组成
0.36 ug/uL [U-13C, 15N]-F8R9 Bradykinin (BK), 50 mM not labeled HEPES, 100 mM not labeled NaCl, 2 mM not labeled EDTA, 4 % w/v not labeled DDM, 100% H2O | 100% H2O
NMR样品组成
0.36 ug/uL [U-13C, 15N]-P2P3G4F5S6P7F8 Bradykinin (BK), 50 mM not labeled HEPES, 100 mM not labeled NaCl, 2 mM not labeled EDTA, 4 % w/v not labeled DDM, 100% H2O | 100% H2O
|
分辨率未提供 |
| 6F3X Backbone structure of Des-Arg10-Kallidin (DAKD) peptide in frozen DDM/CHS detergent micelle solution determined by DNP-enhanced MAS SSNMR 提交 2017-11-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
380–388（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 7.6；110 K；离子强度（mmCIF原始值）175；压力 1
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] K1 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] R2S7 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] P3 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] P4 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] G5F6 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
300 uM [U-13C; U-15N] S7P9 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
|
分辨率未提供 |
| 6F3Y Backbone structure of Des-Arg10-Kallidin (DAKD) peptide bound to human Bradykinin 1 Receptor (B1R) determined by DNP-enhanced MAS SSNMR 提交 2017-11-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
380–388（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 7.6；110 K；离子强度（mmCIF原始值）175；压力 1
NMR样品组成
312.5 uM [U-13C; U-15N] K1 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
312.5 uM [U-13C; U-15N] R2S7 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
312.5 uM [U-13C; U-15N] P3 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
312.5 uM [U-13C; U-15N] P4 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
312.5 uM [U-13C; U-15N] G5F6 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
NMR样品组成
312.5 uM [U-13C; U-15N] S7P9 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol | 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
|
分辨率未提供 |
| 7QOT Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
583–613（31 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；288 K；0.1M Tris pH8, 1.5M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.284 |
| 7QOT Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
583–613（31 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；288 K；0.1M Tris pH8, 1.5M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.284 |
| 7QOX Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
582–609（28 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；288 K；Morpheus screen H9 condition:
0.1M amino acids, 0.1M buffer system 3 pH8.5, 30% precipitant mix 1.
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.253 |
| 7QOX Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
582–609（28 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；288 K；Morpheus screen H9 condition:
0.1M amino acids, 0.1M buffer system 3 pH8.5, 30% precipitant mix 1.
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.253 |
| 8VJX Structure of Human Neurolysin in complex with bradykinin peptide 提交 2024-01-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
381–389（9 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.255 |